第二階段叫『躬耕南陽』，起始時間是197年。
這段時間的天下大事是『袁術稱帝』，曹操討伐張繡失敗，袁紹占領冀、青、幽、並四州。此時諸葛玄去世，少年諸葛亮隱居於隆中。
第三階段叫『臥龍出山』，起始時間是207年。
這段時間的天下大事是『三顧茅廬』，曹操大破烏桓，統一北方，並準備南征劉表。此時的諸葛亮開始參與到天下大事中。
第四階段叫『托孤之臣』，起始時間是223年。
這段時間的天下大事是曹操與劉備相繼病逝，諸葛亮作為丞相，開始南征孟獲、北伐中原。
玩家可以任選其中一個階段開始遊戲，但通關的目標都是一樣的，那就是完成『匡扶漢室』的最終目標。
這款遊戲發生的故事背景可以看成是一個魔改版的三國，妖魔橫行，附身到了這些曆史人物的身上，而這些妖魔的目標，就是殺死兩個至關重要的天命人：劉備和諸葛亮！
而這也正是《天命臥龍傳》這個名字的由來。
玩家扮演的諸葛亮，主要可以進行兩個操作。
第一是常規的內政和軍事玩法。
當玩家的勢力中有其他的武將時，可以根據這些武將的屬性給他們安排不同的內政和軍事任務。
但這些武將具體怎麼執行，主要靠係統運算，玩家隻能給一個大方向，並不能去操作具體的細節。
第二是遊戲的原創玩法，叫做『臥龍策』。
作為天命人和臥龍先生的諸葛亮，有七種獨特的『臥龍策』，這些策略都擁有非常強大的效果。
『觀星』：在1年時間內可以持續查看目標武將的各項數據以及詳情狀態。
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