十月初二，天順帝朱祁鏞下令軍機處，組建四個和六部平級的新部門，
其一是，宗教部，
由禮部下麵的僧錄司、道錄司?，改組建而成！
負責統一管理全國的道教、儒教、佛教、西洋天主教等教派。
同時負責收錄各教派經典文學語錄，為科舉用書《大明新語》一書的編寫提供素材。
由內閣閣臣工部尚書高穀，
轉任宗教部，擔任宗教部部長，為正二品，
升工部左侍郎王竑，為工部尚書，負責工部。
同時，命新科狀元張釴，榜眼柯潛，兩人佐之。
其二是，理藩院
由鴻臚寺?、提督四夷館，組建而成。
理藩院負責人稱為“管理院務大臣”，正二品，
由軍機大臣吏部尚書王直，轉任為理藩院大臣，原吏部左侍郎李賢升為吏部尚書，負責吏部。
同時提拔新科探花劉升，進士馬文升，餘子俊，三人佐之，
理藩院可以直接管理蒙古，遼東，西藏，新疆，陝西，雲南，貴州，四川，廣西，湖廣九省之地，大明設置的各民族宣慰司，
對於各地宣慰司的行政建置、官員任免、立法、司法等等，擁有全權；
各地的宣慰司長官，都要向理藩院述職。
其三，是科學院，
主要負責研發，創新新技術，
同時負責科技發展規劃編製、科研項目管理與實施、科技成果轉化與獎勵、科研平台建設與管理、產學研合作、知識產權管理、人才培養與交流、質量管理體係建設、科研保密管理、科普宣傳等方麵的工作。
由內閣閣臣刑部尚書陳循，
轉任科學院，擔任科學院院長，為正二品，
升刑部左侍郎江淵，為刑部尚書，負責刑部。
同時升原工部下麵營繕所正九品的所丞蒯富，為科學院正三品左侍郎，具體負責。
現工部侍郎黎叔林，兼任科學院右侍郎，
共同管理科學院，以培養科技人才！
任命新科進士蒯祥，佐之！
其四，是發改部，
現主要負責大明的稅製改革，
天津港、青島港兩地港口和船舶司的建設，
關稅、商稅的征收，
北方之地人丁、田畝的統計丈量，
西北馬政、馬市的開設等工作。
發改部，由首席軍機大臣、內閣次輔、戶部尚書彭時，擔任部長，為正二品
軍機大臣左、內閣閣臣，禮部左侍郎代行禮部尚書權的商洛，擔任副部長，為正二品。
由戶部左侍郎丘浚，戶部郎中王佐，兩人具體負責。
四部之中，發改部和理藩院，兩部職權最重，