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烏丸蓮耶被捕後,組織內部的矛盾徹底激化，再加上臥底們和被暗中策反的水貨們拚命地攪混水，哪怕後來琴酒和朗姆都發現了其中的不對勁,再補救也來不及了。
有了福爾摩斯的名單，僅僅三個月,黑衣組織的高層幾乎儘數落網，包括平時被組織藏得很深的那些研究人員。
在針對朗姆的抓捕行動中，摻了水的貝爾摩德協助有功,所以警方並沒有以她是黑衣組織成員這個理由逮捕她,隻是有了這個秘密案底，她以後的生活也會陷入監管之中。至此，除了琴酒逃脫圍捕至今在逃外,黑衣組織的高層基本上被一網打儘,就連混在高層裡麵的各國臥底，都有因為知道的還不夠多而差點把彆國臥底乾掉的。
這棵盤踞在世界各地半個世紀之久、在陰暗處吞噬了無數人的巨樹,此刻終於如傾塌的大樓般被伐倒。
毫不知情的人們一如往日過著或快樂或頹廢的生活,沒有人知道曾有這麼一個龐然大物在他們未知的角落消亡，酒吞童子的百鬼夜行造成的混亂似乎也並沒有對大眾的生活造成什麼影響。
是該這樣的,他不是早就猜到了嗎
從同事口中聽說在百鬼夜行那天街上出現了一夥以破壞和殺戮為教義的邪教組織,那場百鬼夜行中被怪物殺害的人在他人口中成了邪教成員刀下的亡魂,而為維護秩序對抗百鬼夜行而犧牲的警察們,死在了對抗徒的鬥爭裡。
在特異點中死去的人不會再活過來,於是他們在世人眼中以常世的方式死去。
真相被封存在僅有的幾個近距離接觸過魔術這個密辛的人腦海裡,這些警察們舉行葬禮的時候，他因為組織還沒有被攻破而無法去參加,甚至也不能做出任何親近他們的舉動,但是在組織已經基本破滅、隻剩那麼幾個人在逃的現在,他已經可以光明正大地去墓地看望這些統一戰線上的同事們了。
雲層漸散，陽光從天際灑下，透過層層疊疊的枝葉，灑下一層碎金。
天開了，雲散了，終於有這麼一天，他再次站在了陽光之下。
隨著黑衣組織的毀滅，潛伏在組織裡的臥底們和暴露身份後遊離在外的臥底們，都回到了自己真正所在的組織。一直隱藏在暗處的諸伏景光也終於恢複了自己警察的身份，光明正大地和警視廳的同事們打起了招呼。
這天，休沐的諸伏景光回長野看望自己哥哥的時候，忽然在路上聽到旁邊的店裡傳來廣告的聲音
驚爆新晉少女漫畫家竟是當年忽然隱退的知名漫畫家
諸伏景光下意識回頭一看，隻見店裡一個小女孩正在看一台放在店裡的小電視，上麵的配圖正是羅曼本人。
電視聲音並不大，隻是他耳力好並且離得近，才聽到了電視裡的聲音。
羅曼的漫畫在上一周剛剛進入完結篇，隻不過因為會社公開了「草莓蛋糕」就是「dr草莓」的事，導致他這段時間特彆火。
他現在最大的樂趣之一就是看羅曼的漫畫放鬆，畢竟沒有哪一部漫畫裡麵能同時迫害琴酒、他的幼馴染降穀零、曾經的黑麥威士忌現在的赤井秀一、在公安和fbi之間左右逢源的江戶川工藤新一柯南，以及他的同期鬆田陣平。甚至赤井秀一還被迫害了兩次
雖然漫畫裡那個女警官的眼型好像有點像自己，但比起鬆田的卷毛，果然還是對方的明顯多了吧
新的劇情裡銀子已經通過盧托的幫助從fbi的審訊室逃了出來，但是曾經被fbi抓到過的銀子已經不再像過去那樣備受首領信賴，首領擔心她向fbi吐露了什麼組織的情報，派人帶去問了不少次話。
這個問話的對象地位很高，長得有點醜，還鑲著一隻義眼，一看就知道是在向朗姆致敬。
盧托這次不僅救人成功，還給fbi造成了巨大損失看到這一段的降穀零狠狠地點了個讚，由此徹底進入的boss的視線，地位隨之水漲船高。
相對的，被脫逃中的銀子和盧托逮著懟的黑井秀人這次身受重傷，在銀子被首領以新的任務的名義打發到日本的時候，他十分堅忍地帶著傷暗中跟到了日本，再次與高中生偵探黑羽柯南搭上了關係。
在一係列的推理漫劇情之後，黑羽柯南成功晉級成了銀子的新任宿敵。
在最新的一話中，黑羽柯南和黑井秀人在無數的線索中推理出了組織首領的真實身份，並鎖定了首領所在的大致位置。
為了徹底解決組織的首領，日本公安與fbi難得合作，布下了針對組織首領的天羅地網。
事情發展到這個地步，為了抵抗紅方勢力的追捕，作為組織1的銀子再次被重用，被首領投放到了抵抗的前線，借助基地複雜的地形且戰且退為首領斷後。而作為組織新貴的盧托則被首領安排在自己身邊保護自己。
以主角的視角來看，銀子的處境相當危險前方火力猛烈，人數眾多，而己方人數不多不說，守在監控室為她敵方人員位置的人都有退縮之意。終於，在附近的監控攝像頭都被破壞之後，守著監控線索的人徹底放棄治療斷開了通話連接。
還擋在前線斷後的銀子唾罵了一聲，慢慢地後退在首領沒有下達可以撤退的命令之前，忠誠於組織的殺手就必須將紅方的人的擋下來。