上古時期，神魔大戰，魔族屢戰屢敗，經弱水逃往阿修羅界，此處乃惡靈生存之所，又有劇毒無比的弱水為屏，天神無法進入，魔族得以在此安身。蒼天上帝在位後期，天神因權力之爭發生了內訌，分為三派勢力，分彆以丹俊、玉堅、共工為首，諸神貌合神離，彼此明爭暗鬥。如此一來，正好給了下界的妖魔可趁之機，洞庭湖女妖修蛇反叛天庭，統一了南方的妖族，阿修羅界的魔族也伺機反撲，準備重返人間。蒼天上帝正為此事煩惱，豈料一波未平一波又起。世人受到邪神沙旦的蠱惑，背離了天道，變的自私貪婪，人與人之間爾虞我詐，部落之間互相殺伐，妖魔鬼怪出沒傷人，大地上到處腥風血雨。
時有預言神獸重現人，告誡世人，三界將會麵臨一場巨大的浩劫，眾生在劫難逃。預言在人間傳開，引起了很大轟動。早有日、夜遊神報上天庭，蒼天上帝與眾神商議，欲阻止浩劫。由於神和人合力開創了天地，也隻有神和人合力才能挽救天地，蒼天上帝於是派東皇太昊和地母女媧轉世人間，希望他們將來統一天下，教化世人，然後合人、人之力阻止浩劫。水神共工不希望天下統一，因為他怕人類過於強大，會跟海界分庭抗禮，於是暗中泄露了天機。太昊轉世為風伏犧，他的父親叫風允婼，是風兗部落的首領，母親是華胥。伏犧還未出生之前，風允婼在部落的仇殺中被謀害，風允婼的弟弟風明當上首領後，垂涎於華胥的美色，逼迫華胥改嫁於他，華胥誓死不從。然而，巫師的女兒雀鳴喜歡風明，對華胥又嫉又恨，屢次陷害華胥。巫師利用神權公報私仇，把部落的災難歸咎於華胥。風明野心勃勃，一心想統一天下，他本來想保護華胥，可是當他得知華胥肚裡的孩子是未來的天下共主時，怕他將來與自己爭奪天下，於是便想斬草除根。巫師宣判了華胥火刑，眼看華胥第二天就會被燒死，就在當天夜裡，庸成氏的軍隊偷襲羅奉，陰差陽錯的救了華胥。庸成氏的首領是天下共主，見華胥可憐，派人把她送回了娘家部落。
由於華胥受到仇維氏部眾的擁戴，其父虘趘準備傳位於華胥，遭到其兄華陽的反對。後來華陽繼承了首領之位，把華胥趕出了部落，華胥再次獨居山洞。華陽屢次派人謀害其妹，好在華胥吉人自有天相，每次都能逢凶化吉，並且在山洞裡生下了一個兒子，取名為伏犧。後來申彌氏偷襲成紀，華陽戰死，部落裡的精壯男子全部陣亡了，隻剩下老弱婦孺，華陽之妻自儘而亡，留下一個女嬰，正是女媧轉世。華胥臨危受命，成了新首領，收養了亡嫂留下的遺孤，取名為雲裡犧。如此一來，伏犧和裡犧便成了兄妹。華胥率領部族東遷，開辟了新的家園。
阿修羅界的魔族伺機重返人間，主宰大地，與天神分庭抗禮，魔頭波旬得知救世主降生人間，派魔鬼到處追殺伏犧兄妹。伏犧兄妹從小就異於常人，智慧過人，但是阿修羅界的波旬，海界的共工，風兗部落的風明，他們都想置伏犧兄妹於死地，伏犧從小就遭到神、魔、人的共同追殺。好在伏犧兄妹吉人自有天相，屢次化險為夷，後來拜太上教主為師，在獨秀山修成金身正果。由於伏犧、裡犧降妖伏魔，造福眾生，所以被世人稱為二聖。太上教主為了把文字、八卦傳到人間，派二聖去太極山取河圖洛書，途中結識了碧霞仙子，一並結伴而行。三仙一路闖關，同甘共苦，力戰神魔，救苦救難，曆經千辛萬苦，總算取到了河圖洛書。碧霞深愛伏犧，可惜伏犧的姻緣是天命所定，因此遭到師門的反對。
伏犧創造文字，製定八卦，以此造福眾生，最終統一了天下。碧霞不顧師門反對，與伏犧相愛，因此遭到了天譴，就在她與伏犧成親的當天，突然昏倒不醒。二聖得知身世，因天命不可違，於是結為夫妻。海界與人類的戰爭終究未能幸免，水神共工向二聖發難，準備水淹大地，二聖合五嶽、大地諸神之力，終於擊敗了共工。玄天上帝繼位之後，隨著浩劫的來臨，天塌地陷，造成了洪荒之災。二聖煉石土，女媧補天，太昊治地，雖然製止了洪荒之災，然而由於天柱的倒塌，天界失去了平衡。伏犧為了挽救三界眾生，化為支天之柱，為人類獻出了高貴的生命。三十年之後，隨著歸墟的沉淪，四海頻臨乾涸，人類大禍臨頭，裡犧化為鎮海之石填補歸墟，也獻出了高貴的生命。碧霞仙子醒來之際，早已物是人非。二聖死後，他們的兒子風鹹為了完成父母的遺願，協助天庭討伐魔族，並且最終封印了阿修羅界，從此人間太平。
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