小智一行人經曆了很多事情，現在他們旅途勞累，來到一個小山村尋找食物，然而，這裡的麵包店、蔬菜店通通是空的。原來，這個村莊的河道乾涸，使得農作物都沒有收成，堵住水流的罪魁禍首之一，便是熟睡的卡比獸。
用了很多方法都沒辦法將卡比獸弄醒。
這個時候武藏出了主意。
武藏想起了小時候看的童話故事，有一章就是講睡美人的，王子的吻能使沉睡的美女清醒。如果卡比獸是睡美人的話，就用王子寶可夢的吻將它喚醒吧。
小剛想到了小霞的墨海馬，小智也覺得它的嘴巴的確很像。雖然在沒水的地方，小霞不太樂意叫出最愛的墨海馬，但沒辦法，為了叫醒卡比獸，隻要叫這位王子出馬。
墨海馬是沒叫出來，倒是有個自戀的哥達鴨私自跑出來，馬上給了卡比獸深情一吻，然而什麼事情都沒有發生！
另外，火箭隊派出的是盛裝的喵喵，它的吻，讓卡比獸像是中毒、做了噩夢一樣，非常痛苦！
【希巴：哈哈，喵喵是不是吃了什麼不該吃的東西，連卡比獸都頂不住！】
【小剛：有可能，卡比獸可是很能吃的，吃過很多東西的，這樣都頂不住喵喵的吻！】
【喵喵：都怪武藏跟小次郎，還有你們笑什麼，小心我讓你們嘗嘗瘋狂亂抓。】
眾人看著小智一行人的旅途，既溫馨又有趣。
跟火箭隊之間的打鬨還是很搞笑的。
最後小智一行人找到方法將卡比獸弄醒。
補充了物資後，小智一行人重新踏上了旅途，解決了一些事，來到了一個嘉年華節，而他們也打算稱嘉年華節舉辦的這段時間裡放鬆一下。
他們遇到了魔術師馬健，但他的表演又失敗，被老板趕了出去。
而本來打算幫助馬健的小智，受到了馬健的蛋蛋的催眠術的緣故而開始服從馬健的命令，馬健看到有機可乘，於是偷偷帶著小智前往椰蛋森林，讓小智打敗椰蛋樹然後自己收服椰蛋樹，並打算用椰蛋樹集體催眠嘉年華會的人。
最後椰蛋樹集體中了自己的催眠術，對市區造成了很大的破壞，為了阻止椰蛋樹被炸彈給炸受傷，在小智的小火龍的幫助下終於沒有釀成大災禍。
另外，小火龍進化成了火恐龍。
小智當時看到小火龍進化了特彆的開心，就去抱它，結果進化成過恐龍之後和之前的性情完全不同了，小智一抱它，它直接給小智噴了一臉火。
【禦龍渡：不是，這個人的魔術連火箭隊都比不上，居然搞這些旁門左道，差點就釀成大禍。】
【希巴：你知道的，我很少站在火箭隊那邊的，這個馬健還利用單純小智，還好後麵沒有造成更大的損失。】
小智一行人來到了被稱為不夜城的霓虹鎮，遇到了一隻很可愛的胖丁，並且通過胖丁的聲音將城鎮的居民都給弄睡著了！
後麵，小智一行人來到了有著化石挖掘以及發現出名的大傻穀，並且遇到了自己的宿敵小茂。
原來小茂也來到這個地方挖掘化石，聽聞這裡有化石出現，所以小智一行人也加入了化石挖掘的隊伍，不過在挖掘化石的途中火箭隊三人組又又又出來搗亂了，因為炸藥引爆的關係，小智跟火箭隊一起跌落到了地穴底下。
在地穴中，小智以及火箭隊三人組遇到了在洞穴裡沉眠而蘇醒的化石寶可夢，分彆是化石盔、鐮刀盔以及菊石獸和多刺菊石獸。
它們都是被認為已經絕種的寶可夢，卻再次被發現，而為了自保，小智一行人跟鐮刀盔它們進行了決鬥，但是依然無法跟化石寶可夢們勢均力敵，就在不知道怎麼辦的時候，鐮刀盔們突然覺得有危險而離開，小智和火箭隊遇到了更危險的化石寶可夢——化石翼龍。
為了對付化石翼龍，小智派出了火恐龍跟化石翼龍進行對戰，但是還是不敵化石翼龍，在被化石翼龍的追趕中，地穴的洞隨之被炸開，而小智也正好被化石翼龍抓住。
而火恐龍以及皮卡丘這個時候也抓住了化石翼龍的尾巴逃離了地位，到了地麵上的化石翼龍還不忘嘲諷火恐龍，而經不起嘲諷的火恐龍也就在這個時候被化石翼龍氣到進化。
後麵因為胖丁唱歌的原因，化石翼龍睡著重新掉落進了地穴，地穴被重新封了起來，而小智則跌落到了噴火龍的背上，正好平安無事。
【小智：我的噴火龍就是從這裡開始不聽我的話！】
【艾嵐：那是因為小火龍進化了，等級實力都自身等級都提升到了一個高階段，而這個時候的你還隻是一個沒怎麼曆練的新手，所以火恐龍不怎麼搭理你。到進化成了噴火龍，噴火龍還是不會聽你的話，它跟化石翼龍打不打都隻是看它自己的心情而已。】
【禦龍渡：大概是這樣的！】
【小剛：要是噴火龍肯聽話，小智就不會止步石英大會十六強吧。】
【小智：沒事，現在噴火龍很聽話！】
輪到黑光幕播放。
黑小智一行人也正好來到了淺紅道館。
“這個房子很傳統誒！”
小霞看向四周靜悄悄的。
小智忽而看向隱藏在樹上的毛球，想了想，還是先進道館。
“小心點，裡麵很多陷阱！”
說到陷阱，小霞躲在小智身後，抓著小智的肩膀。
“難道是道館的測試？是想我們通過了陷阱之後才能挑戰道館？”
小剛推測道。
“大概率是。”
毛球走過來吸引小智他們。
他們也還是跟了上去。
不過黑小智可沒有像白小智那樣遭遇到那麼多陷阱。
有了波導之力的加成，黑小智提前知道淺紅道館設置陷阱的位置，沒有觸發過一次陷阱。
甚至還找到了阿雅隱藏的位置。
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