回到聯盟總部，守護者們立刻向高層彙報了此次事件的經過。聯盟決定召集各路高手，組成特彆行動隊深入調查此事。林羽等人也加入其中。
他們沿著之前發現的線索追尋，來到了一個偏僻的星雲之中。在這裡，他們發現了一座隱藏在暗物質後的巨大基地。正當他們靠近時，卻觸發了基地的防禦係統，無數小型飛行器如蜂群般湧出。
守護者們冷靜應對，各施手段。艾麗召喚出元素精靈助陣，李浩利用科技裝置製造乾擾磁場。林羽則帶領影風直搗黃龍，衝向基地內部。
在基地深處，他們終於發現了幕後黑手——一個妄圖統治宇宙的瘋狂科學家。他創造出那種危險的能量晶體，並改造機械戰艦。就在雙方對峙之時，科學家卻露出得意笑容，原來他早已在聯盟總部埋下炸彈。
林羽等人心中大驚，緊急聯係總部疏散人員。而後他們合力對抗科學家，一番激鬥之後，成功將其製服，解除了總部的危機，宇宙的和平暫時得以維護。雖暫時製服了科學家，但林羽知道隱患仍存。他在科學家的資料庫中查找關於能量晶體和機械戰艦的所有資料，準備徹底銷毀。然而科學家冷笑一聲：“你們以為這就完了？我的研究成果早已散布出去。”眾人臉色一變。
這時，聯盟傳來消息，多個星球檢測到異常能量波動，疑似新型能量晶體引發。林羽決定再次出發，其他守護者紛紛響應。他們兵分幾路前往各個星球。
林羽到達一顆資源豐富但武力薄弱的星球，這裡已被機械生物侵占。他施展高強武藝，配合當地反抗力量一路殺進核心區域。竟發現這裡的主腦也是那位科學家的作品，它正吸收星球能源轉化為新的危險晶體。林羽拚儘全力摧毀主腦後，告知當地居民防範措施。
其他守護者也陸續成功解決各自麵臨的危機。最後大家重新彙聚，商議建立更為嚴密的監控體係，防止類似事件重演，守護宇宙和平成為他們永恒的使命。儘管建立了監控體係，但平靜並沒有持續太久。一天，聯盟的監控係統突然全麵失靈。緊接著，各地傳來警報聲，無數黑洞憑空出現並釋放出強大吸力。林羽意識到這必然又是那個科學家留下的後手。
眾人迅速集結，通過特殊設備朝著黑洞源頭進發。當接近後才發現，原來是那科學家早就研發出一種可以扭曲空間的裝置，以此來製造黑洞發動攻擊。而裝置周圍還有一層保護罩，普通攻擊難以突破。
林羽思考片刻後，聯合幾位功力深厚的守護者，將自身內力彙聚成一股超強力量，其他人則以各種能力輔助。隻見一道耀眼光芒閃過，保護罩被擊破。林羽毫不猶豫衝進裝置內部，以高超的武藝破壞關鍵節點。隨著一陣劇烈爆炸，黑洞逐漸消失。
經此一役，聯盟更加謹慎對待各類潛在威脅。林羽等人也時刻保持警惕，不斷提升自己的實力，隨時準備應對下一次未知的挑戰，堅定地守護著宇宙和平。日子一天天過去，聯盟看似恢複了平靜。然而林羽卻總是隱隱不安。這天，他獨自外出曆練，來到一顆神秘的古老星球。這裡充滿了奇異的能量波動。
林羽剛踏上這片土地，就感覺有股無形之力在窺視自己。他小心前行，發現一處隱秘的山穀中有座古老的神殿。進入神殿，牆壁上刻滿了奇怪的符文。當他觸碰其中一個符文時，一道光影浮現，竟是曾經那個瘋狂科學家年輕時的模樣。
原來這是科學家早年探索此地留下的影像記錄。影像中的科學家提到一種遠古的超級力量，如果融合這種力量，可以實現任何願望。林羽意識到若此力量落入歹人之手，後果不堪設想。
此時，暗中覬覦這股力量的邪惡勢力感應到林羽的到來，朝神殿趕來。林羽決定先下手為強，憑借自身高深的武學造詣解讀符文奧秘。就在敵人趕到之時，他成功啟動了神殿的封印之力，將超級力量永遠封禁起來。敵人見狀隻能悻悻離去，林羽鬆了口氣，再次踏上返程，繼續守護宇宙和平之旅。林羽返回聯盟不久，聯盟收到來自遙遠星係的求救信號。那裡是一個高度文明的星球，卻遭遇不明生物侵襲。這些生物形似巨獸，皮糙肉厚，常規武器難以傷其分毫。林羽主動請纓前去救援。
抵達該星球後，林羽發現這些巨獸並非毫無弱點。它們的眼睛是能量的聚集點，隻要擊中就能造成巨大傷害。於是，林羽運用輕功身法，穿梭於巨獸之間，尋找機會攻擊其眼部。
然而，巨獸背後的操控者現身了，竟然是被打敗的瘋狂科學家的弟子。他改進了師父的技術，控製這些生物來報複聯盟。林羽與他展開激戰，對方依靠強大的生物技術增強自身實力。林羽則以內力護住全身，同時使出淩厲的拳法。
關鍵時刻，林羽領悟到一種新的武學境界，力量瞬間提升。他以一招製敵，擊敗了科學家的弟子。隨後，他協助星球居民設置防護屏障，防止類似生物再次入侵。處理完一切後，林羽回歸聯盟，繼續為守護宇宙和平而不懈努力。
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