在自戰隊的幫助下，很快，他們就兵不血刃地占領了ERV。
之後，自戰隊恢複了ERV本部的一部分供電，勉強讓地下都市的生命維持係統重新工作起來。
但如此巨大的動靜，也引起了SEELE的關注。
他們安插在日本的勢力，迅速將情況告知了他們。
魂之座再次亮起，老人們怒不可遏。
“連黑之月都被占領了！”
“我提議對MA發起攻擊，不能讓他們這麼簡單就得到ERV！”
“可是現在才到第九個使者，莉莉絲契約還沒有完成。”
“朗努基斯之槍還在我們手上。”Keel議長低沉地說：“人造使徒和量產機的製作也到最終階段了，不要驚慌。”
“我們要做的，便是安靜地等待審判之時。”
“異端也不想引發第三次衝擊，那便借他們的手完成契約，之後，再完成我等之夙願。”
Keel議長一出口，老人們再次安靜下來。
“那便安靜等待審判之時。”
SEELE很不想這麼做，但是當前的狀況下，他們沒有彆的選擇了。
他們向回歸的碇源堂發起了通訊，碇源堂回收了朗努基斯之槍，正坐著回去的船，準備把槍帶回ERV。
“什麼！本部被占領！”碇源堂罕見地失態了。
“你把聖槍帶到德國去，在那裡等待指示。”SEELE對碇源堂說。
碇源堂沉默了良久，但也隻能不情願地答道：“是。”
通訊掛斷了，他緊捏拳頭，狠狠地錘了一下甲板上的欄杆，但這絲毫不能緩解他心中的怒意。
他長久以來的布局，全部都毀於一旦了。
都是那個人，他和那個人沒有過什麼交流，隻是簡單地見過幾麵。
他一直把SEELE當成自己最大的對手，卻沒想過會被突然冒出來的那個人，阻礙到這種程度。
ERV本部被日本政府控製了，ERV的舊員工們，全部被捕。
不過對於第三新東京市的居民們來說，倒沒感覺到特彆大的變化。
使徒和過去一樣被殲滅了，隻是留下來的破壞痕跡，拖了好一段時間才有人回來修複。
過去這些修複工作的資金，都是SEELE旗下的組織在出，但是現如今，日本和SEELE攤牌了，加持良治暫時離開了第三新東京市，他和政府一起，在國際社會上宣傳與第二次衝擊的真相，爭取拉攏盟友和資金。
“雖然你想讓我來當新司令，但是你也看到了，我現在脫不開身。”加持良治在電話裡和伊恩通話：“我們和SEELE已經進入冷戰了，他們沒有對我們的舉動有特彆大的表示，也沒有站出來發聲，但我們不可能再從他們那裡獲得任何的資金和支援了。”
“相比EVA，日本政府更願意信任你，如果使徒再次來襲的話，他們希望你能出擊，也就是讓你成為ERV本部的新司令，你可以調動周邊的軍隊和資源，來殲滅使徒，我是來征求你的想法的，你願不願接受這個職位？”
“這樣麼”伊恩琢磨了一下。
原本他對司令沒什麼想法，但現在好像的確也沒有合適的人選了。
反正使徒始終是要全部消滅的，這一點避不開。
“我明白了，一下子就給我升這麼大的官，那必須得辦一個慶祝會了呢。”伊恩說。
“總而言之，使徒就拜托你了，SEELE下一步準備做什麼，我會努力調查的。”加持良治說。
“彆死了啊，加持先生。”伊恩說。
“我死了，美裡會流淚的，所以我儘量不會死的。”加持開玩笑道：“就聊到這裡吧，我還有其它的事情要做，負責程序交接的人已經在路上了，他們會聯係你的。”
說完加持良治掛斷了電話，當天傍晚，政府方的人，來核對了他的身份，把手續辦好。
伊恩成為了ERV的新司令，他上任後的第一件事情，是把原在ERV工作的員工放了出來。
除了MA相關的員工，其他人都讓他們各自回到自己的崗位去。
這些人很多是不知情人，就算真的有SEELE的眼線，也無所謂，SEELE愛探情報，就讓他們探唄。
伊恩無所謂他們探不探情報，況且，對SEELE來說，消滅使徒也是必須完成的事情，如果使徒出現，SEELE絕不會讓自己的人搗亂，依然會把消滅使徒當做第一事宜。
伊恩大膽地用這些人，讓他們重新工作。
之後，他調用權限，把S2機關轉移到了過來，最關鍵的地方，他交給了自己人，讓漢吉隊長協助他。
碇真嗣也隨同S2機關一起，回到了第三東京市。
這個時候，已經是第九使徒被殲滅的第二周了。
“真嗣君，情況你都了解了吧。”伊恩與碇真嗣，回到了之前他們住過的公寓。
“但是.我真的可以走嗎？”真嗣有些膽怯。
“放心吧。”伊恩揉了揉真嗣的頭：“無論駕駛EVA還是不駕駛EVA，那都是你自己做出的決定，遵從你自己內心的想法就好了，現在不會有人強迫你的。”
“去收拾行李吧，今晚我們給你辦一個送彆會，綾波，明日香和美裡小姐都會來的，今天以後，你就像以前那樣，去你的老師那裡生活吧，不用擔心生活費，我會替你出的。”
碇真嗣站在空蕩蕩的門前，雖然一直說著要不想再駕駛EVA，但是真的到了這個時候，他卻覺得心裡空落落的。
就這麼走了，意味著他要和第三東京市的一切告彆，那些回憶也是。
他站了一會兒，聽到了伊恩的電話鈴響。
“是使徒，在印度洋上空發現了使徒，兩分鐘前突然出現在了衛星軌道上！”電話那頭傳來美裡的聲音。
“我知道了，我馬上過來。”伊恩點頭：“抱歉，真嗣，送彆會要延期了，你先去地下都市避難吧，處理完第十使徒，我會來找你的。”
(本章完)