伊恩和綾波麗一起進入了莉莉絲的裡麵，莉莉絲的身體中包含著無數的生命訊息。
伊恩看到了黑之月降臨到地球的場景。
那是生命的誕生，黑之月撞擊到地球的表麵，緩緩沉下。
無窮無儘的生命之水從黑之月中湧動出來，然後，生命誕生了。
植物、動物、人類.生命自莉莉絲誕生，占據了這顆星球上的土地，野蠻生長。
這便是第一次衝擊。
而先於莉莉絲墜落到地球的亞當和白之月，卻因為朗基努斯之槍的限製而失去了孕育“使徒”能力。
在同一顆星球上，本來隻能有一顆“月”來孕育生命，但錯誤的發生，使得自亞當誕生的生命，即使徒，開始尋求淨化。
擁有生命之果的使徒是完整的個體，不需要繁殖，也不需要向外界汲取能量，但是它們缺乏智慧，而擁有智慧之果的人類是莉莉絲的後代，富有智慧但是沒有單一的個體，生命短暫。
創造了黑之月和白之月的“神”，不允許生命之果和智慧之果同時出現在同一個個體上，不允許與“神”同等存在的生命誕生，所以設置了“朗基努斯之槍”這一限製。
而SEELE，他們想做的事情，就是打破這個限製。
他們要讓所有人類，所有自莉莉絲誕生的生命，回歸伊甸園，回歸到人類的母親莉莉絲之中。
AT力場，心之壁，就是這個東西，讓人類從完整的一分裂成了無數的個體。
隻要消除AT力場，人類的意識就會重新回於全。
SEELE渴求的進化，是消除人類個人的意誌，消除人與人之間的隔閡，所有人將回到完整的世界，所有的人，將成為新誕生的“神”，即便月亮、太陽和地球有一天消失，“神”也能永恒地存在下去。
這就是人類補完計劃的最終目的。
為此，SEELE要清除亞當的使徒，要讓莉莉絲吞噬亞當。
當補完計劃完成，人與人的心靈之間，就不再存在心之壁，每一個人都能做到互相理解，因為他們已經成為了一個整體。
當初號機與莉莉絲接觸，那麼真正的“神”便誕生了，屆時就是人類補完計劃的完成。
乍一聽，似乎是很完美的計劃。
但其實隻是SEELE自己心中的完美，他們完全沒有考慮過其他人類，沒有考慮過在第二次衝擊失去的人，沒有考慮過不願意接受的人，他們傲慢而自大，僅僅數人就要決定全人類的命運。
身處儀式中心的碇真嗣，正在與許多人的靈魂融合。
反AT力場，從初號機身上爆發。
莉莉絲從最終教條區起身，一個突破天際的巨人，用雙手籠罩了初號機。
此刻，莉莉絲終於凝聚出物質性的實體。
隻要是這個世界誕生的人類，都無法阻止儀式的進行。
但是，伊恩，他本就是沒有AT力場的艾爾迪亞人。
所以SEELE稱呼他為異端，想儘心思要把他給處決。
伊恩與莉莉絲一同抵達了高空，他無法和莉莉絲融為一體。
在莉莉絲變成實體的那一刻，綾波麗將他送到了最上方，送到了莉莉絲的肩膀上。
他是SEELE計劃之外的，唯一的變數。
“不能讓異端接觸到朗基努斯之槍，那是阻止第三次衝擊的唯一的道具。”
“就在這裡把異端處決，他是異類，和我們不是同一種生命。”
“按照原來的計劃，借以神的力量，殺死他！”
Keel議長，下達了指令。
EVA量產機的體表膨脹出無數的腫泡，就像是細胞分裂一般，它們借用初號機的力量分裂成新的個體。
它們的數量變得更多，但同樣的，體型變得更小。
伊恩製造出使徒的分身，打算和之前一樣，用魔法來打敗魔法，但是，當他製造出分身之後，他發現了一件事。
使徒的AT力場，在這個區域內失效了。
EVA量產機，它們降落到莉莉絲的體表，用利齒將伊恩製造出的分身撕成了碎片。
“這是專門為你準備的時刻！”
SEELE的眾人看到這一幕，終於露出了笑容。
“隻不過是偷盜使者力量的竊賊罷了，在這個神聖的領域之中，所有的AT力場都不能再存在，很快全人類都將被神聖領域籠罩，人類將迎來福音，迎來沒有死亡和痛苦的伊甸園！”
“去吧，吾等仆從，EVA量產機，把那個異端殺死！！！”
伊恩很快明白了這一事實，使徒的AT力場失效了。
真嗣看到了這一幕，他的靈魂掙紮而扭曲。
“住手！住手！住手！！！”
然而被朗基努斯之槍束縛的真嗣，卻什麼也做不了，他隻能看著。
EVA量產機騰空而起，六台EVA量產機分裂成了洋洋灑灑的數十台，朝著站在莉莉絲脖子上的伊恩撲去。
初號機發出尖銳的悲鳴，雙手握住了朗基努斯之槍，卻無法撼動那把槍分毫。
在EVA量產機快要撲擊到伊恩的那一刻，金色的閃電爆發了！
一共九道閃電，先後落下。
一波撒石陣，如炮彈般射出，把擋在前方的EVA量產機全部貫穿。
那是野獸巨人投擲出的透明石塊，猩猩般的野獸巨人，站在莉莉絲的肩膀上，將戰錘巨人製造的石塊一把把投擲出去，動作仿佛職業的棒球選手。
另一邊，一個比EVA量產機還要大上許多的超大型巨人成形在半空中，直接撲了出去，將擋在自己麵前的所有EVA死死抱住，朝著地麵重重地摔下去。
顎之巨人單獨與EVA量產機作戰，惡狠狠地咬下EVA量產機的頭部，鮮血迸發出來。
進擊的巨人則是扛起戰錘製造的石柱，如耍棍子一般揮舞，砸碎了EVA量產機的腦漿。
鎧之巨人，擋在伊恩的身前，替他承受了最後一波衝擊。
連女巨人和最初的始祖巨人也在這裡。
始祖尤彌爾，她展現出自己的巨人形態，和EVA量產機戰鬥。
原本，伊恩就能為她製造出一個結晶身體，隻是那個身體不能吃不能喝，還不如魂體來得方便，所以祖奶奶一直都沒有用過。
“還真是高呢。”野獸巨人吉克從莉莉絲的肩膀上望下去，抓起新的彈藥：“這有多少？幾千米？幾萬米？”
“這裡就交給我吧！”鎧之巨人米克擋在伊恩的身前。