馬裡亞納海溝的深淵比北極的永夜更顯死寂，水壓表的指針在1100個大氣壓的刻度上劇烈震顫，林淵透過深海探測器的舷窗，看見無數發著幽藍熒光的生物在漆黑的海水中遊弋，它們扭曲的形態和身上斑駁的金屬紋路，無不昭示著這裡已被青冥宗的業力汙染侵蝕。
“深度10916米，已抵達目標海域。“陳墨的聲音從衛星通訊中傳來，帶著電流的雜音，“根據最新解析的地圖，"深淵回響"基地位於海溝底部的一座活火山內部。不過...探測器顯示，那裡的磁場強度是地表的三萬倍，常規設備根本無法靠近。“
蘇晚晴的鮫人血脈在深海中格外活躍，她的魚尾在特製的抗壓艙內輕輕擺動，鱗片間流轉著微光：“阿淵，我能感覺到...有股熟悉的力量在下方召喚，像是...我父親的氣息。“她頸間的鮫人淚吊墜突然發出尖銳的鳴響，映出艙外飛速掠過的巨型機械章魚——那些章魚的觸須上纏繞著鎖鏈，每個鏈節都刻著青冥宗的符文。
楚雲飛拍了拍操作台上的改裝型青冥劍，劍身經過神農架一戰後，融入了部分靈植的特性，此刻正發出嗡嗡的低鳴：“管它什麼磁場，先把這些機械怪物的觸須削乾淨再說。“話音未落，深海探測器突然劇烈晃動，一隻直徑超過二十米的機械章魚用觸須纏住了艙體，金屬摩擦的刺耳聲響讓眾人耳膜生疼。
林淵迅速取出天工之鑰，鑰匙在深海中化作一柄金色的切割器，功德金光在水中形成一道璀璨的光刃，精準地斬斷了纏住探測器的觸須。被斬斷的觸須掉入深海，傷口處湧出的不是血液，而是泛著紫色光芒的業力流體，這些流體在海水中迅速凝結成新的小型機械生物，朝著探測器蜂擁而來。
“係統，分析這些機械生物的弱點！“林淵大喊。
【檢測到機械生物核心由血魔晶核驅動，需用純淨靈氣或功德金光摧毀】
趙淩雲將手中的能量槍切換到靈氣模式，槍口噴射出藍色的靈火，將靠近的機械生物一一焚毀。然而，更多的機械生物從海溝深處湧來，它們組成了一道密不透風的金屬屏障，擋住了探測器前進的道路。
就在眾人陷入困境時，蘇晚晴突然閉上雙眼，口中念念有詞。她的鮫人淚吊墜光芒大盛，整個人仿佛與深海融為一體。片刻後，無數真正的海洋生物從四麵八方遊來，它們用身體撞擊著機械生物，形成了一股生物浪潮。
“它們...在幫我們？“楚雲飛震驚地看著眼前的一幕。
“鮫人可以與海洋生物溝通。“蘇晚晴睜開眼，臉色略顯蒼白，“但這些機械生物太多了，我們必須儘快找到基地的入口。“
林淵運轉“望氣術“，在功德金光的加持下，他的視線穿透了重重黑暗，看到遠處的海溝底部，一座由黑色玄武岩和發光晶體構成的巨型建築若隱若現。建築的外形酷似北歐神話中的海姆冥界大門，兩扇巨大的石門上雕刻著猙獰的海怪和扭曲的人類麵孔，在石門中央，鑲嵌著一顆跳動的心臟模樣的晶體——那正是整個基地的能量核心。
當探測器靠近基地時，石門緩緩打開，內部湧出的不是海水，而是一股帶著刺鼻腥味的黑色霧氣。係統發出尖銳的警報：【檢測到高濃度業力毒氣，接觸即死！建議立即佩戴防護裝置】眾人迅速戴上特製的防毒麵具，但麵具上的過濾裝置在接觸毒氣的瞬間，就開始發出不堪重負的嗡鳴。
進入基地後，他們發現這裡的空間結構極為複雜，通道蜿蜒曲折，牆壁上流淌著類似血管的發光紋路。林淵的天道羅盤瘋狂旋轉，指針指向了基地的最深處，那裡有一股強大的力量正在覺醒，讓他的五德之器都產生了共鳴。
在一個巨大的圓形大廳中，他們終於見到了青冥宗的殘餘勢力。大廳中央的高台上，站著一個身披黑袍的身影，他的身體半透明，隱約可見內部跳動的機械零件和纏繞的血魔觸手。在他腳下，是一個巨大的陣法，陣法中央懸浮著一個巨大的蛋狀物體——那是比南極冰層下更加完整的混沌之卵。
“林淵，你果然來了。“黑袍人轉過身，露出一張似曾相識的臉——那是林淵在現世的大學同學，李明。“當年在實驗室的那場"意外"，不過是我們計劃的開始。你以為你能阻止我們？看看這個！“他揮手間，大廳四周的牆壁上投影出一幅幅畫麵：世界各地的靈氣節點正在被破壞，業力汙染如同瘟疫般蔓延，無數人在痛苦中變異成怪物。
“混沌之卵即將完全蘇醒，到那時，整個世界都將成為我們的實驗場。“李明狂笑著，“而你，天道藥師，將成為卵體最合適的養分！“隨著他的命令，大廳中的機械守衛紛紛啟動，這些守衛的身體由深海礦物和修士骸骨鍛造而成，手中的武器閃爍著冰冷的寒光。
林淵握緊天工之鑰，五德之器在他身邊懸浮旋轉，散發出耀眼的光芒：“李明，你已經迷失了本心。醫道的真諦是救死扶傷，而不是製造災難！“他率先發動攻擊，功德金光化作無數金針，射向機械守衛。蘇晚晴則召喚出巨大的水龍，在大廳中翻湧咆哮；楚雲飛兄弟揮舞著青冥劍，劍氣縱橫；陳墨通過衛星遠程操控著基地外的深海探測器，用高能激光支援戰鬥。
戰鬥中，林淵注意到李明時不時地看向混沌之卵，似乎在等待著什麼。他突然意識到，李明在拖延時間，等待卵體的完全覺醒。林淵運轉“因果回溯“技能，短暫地回到一分鐘前，這一次，他改變了攻擊策略，不再與機械守衛糾纏，而是直接衝向高台。
就在林淵即將接近混沌之卵時，李明突然化作一道虛影，攔在了他的麵前。他的身體開始膨脹變形，最終變成了一隻巨大的機械海怪，海怪的口中噴出紫色的業力火焰，所到之處，金屬都被腐蝕出一個個大洞。
“晚晴，用水靈珠製造水幕！楚雲飛，攻擊它的眼睛！“林淵指揮道。他自己則將五德之器合一，形成一把巨大的金色戰戟，戰戟上流轉著強大的能量波動。當水幕擋住業力火焰的瞬間，楚雲飛的青冥劍如同一道閃電，刺入了機械海怪的左眼。林淵趁機揮動戰戟，狠狠刺向海怪的心臟。
隨著一聲震天動地的嘶吼，機械海怪轟然倒地。但它的死亡並沒有結束這場危機，混沌之卵開始劇烈震動，表麵出現了一道道裂痕，一股毀滅的氣息從卵體中彌漫開來。林淵知道，必須在卵體孵化前將其封印，否則一切都將前功儘棄。
他將全部的功德金光注入天工之鑰，鑰匙化作一道金色的光柱，直衝混沌之卵。同時，蘇晚晴、楚雲飛等人也將自己的力量彙入光柱。在眾人的努力下，金色光柱逐漸包裹住卵體，開始修複那些裂痕。
然而，就在封印即將完成時，青冥宗掌門的殘魂突然從卵體中鑽出。他的聲音充滿了怨恨和不甘：“林淵，你以為這樣就能阻止我們？混沌之卵的核心已經與地球的地脈相連，就算你封印了它，業力汙染也會繼續蔓延！“
林淵沒有被他的話動搖，反而更加堅定：“那我們就淨化每一處汙染，修複每一條地脈。醫道之路，本就沒有捷徑可走！“他運轉“萬物回春“技能，功德金光化作無數細小的光點，散落在基地的每一個角落，開始淨化業力汙染。
隨著時間的推移，混沌之卵終於被成功封印，化作一顆散發著柔和光芒的水晶球。林淵將其收入懷中，知道這隻是暫時的解決辦法，真正的挑戰還在後麵。
基地開始崩塌，眾人在混亂中尋找出口。在一個隱秘的房間裡，蘇晚晴終於找到了她一直在尋找的東西——她父親敖璃的日記。日記中詳細記錄了青冥宗的陰謀，以及他為了阻止宗門所做的努力。原來，敖璃早就知道林淵是天道藥師的轉世，他所做的一切，都是為了引導林淵走上正確的道路。
當眾人逃出基地時，海麵上的陽光透過海水，灑在他們身上。林淵看著手中的水晶球和敖璃的日記，心中已經有了新的計劃。係統提示音適時響起：
【主線任務更新：淨化全球靈氣節點，徹底消除業力汙染】
【支線任務：尋找散落的天道意誌碎片，修複天道法則】
【特殊獎勵：解鎖“天道共鳴”技能，可與天地萬物溝通】
林淵望向遠方，那裡是下一個靈氣節點的方向。他知道，這場與業力汙染的戰鬥遠未結束，但隻要有一絲希望，他就會繼續前行，因為他是天道藥師，是這個世界的守護者。
“我們走吧。“林淵對同伴們說，“下一站，亞馬遜雨林。在那裡，羽蛇神廟的秘密等待著我們去揭開。“眾人點點頭，乘坐著深海探測器，向著新的征程出發。而在他們身後，被淨化的深海逐漸恢複生機，五彩斑斕的魚兒在珊瑚叢中穿梭，仿佛在訴說著新的開始。