十一月，三省總督朱燮元收到了朝廷下達的聖旨和公文，他第一時間火速令人前往雲南傳達聖旨。並召集了已經馳援到位的秦佐明、秦拱明和四川提督杜文煥。
軍事上，他需要仰仗三人手中的兵馬守住成都一線，而民事上，他更需要仰仗三人手中的兵馬為四川打出一個朗朗乾坤。
雖然，內閣公文中給四川四個師的軍隊編製，可朱燮元又不是大鬨天宮的孫悟空，他無法一下子變出數萬兵馬交付三人。現如今，成都城中隻有周邊數個府、州、衛所、土司增援過來的一萬八千兵馬，加上成都原有的兩千兵馬，勉強能湊出兩支萬人軍隊。
於是，他命令杜文煥整編馳援來的八千援軍加成都兩千人馬，組建川軍第一師；令馳援而來的石柱土司參將秦佐明的石柱白杆兵一萬人為川軍第二師；光杆司令秦拱明在他身邊候命，等其他州府援軍抵達之後再行組建第三師。
如今的四川形成了東、南、西三方夾擊叛軍之勢，東邊以四川巡撫徐可求為首的川東重鎮重慶，其麾下擁有著馳援到位的秦良玉五千酉陽土司兵，湖廣總兵林兆鼎領銜的三萬兵馬，以及重慶周邊衛所、標兵六千餘人，合計四萬餘人。
西邊以他所在的成都為首，擁兵兩萬之眾。南邊以貴州總兵張彥芳一萬貴州土司兵為首，如今正在圍攻赤水衛。後續的黔軍魯欽部、滇軍沐昌祚部、楊愈茂部、雲南土司兵龍世榮部都還未完成集結。
正當朱燮元準備令川軍秦佐明部出成都往瀘州進發時，重慶來的急報到了。
原來，奢崇明所部樊龍、張彤二人領兩萬精兵東出，接替了圍攻重慶數月無功的奢寅所部，繼續猛攻重慶。
被撤換下來的奢寅所部四萬餘人並沒休整，直接往兵力空虛的成都而來成都已有一萬八千援軍之事，叛軍並不知曉，隻當成都僅有數千雜牌軍鎮守。）
奢崇明親自率領六萬大軍準備與子奢寅所部彙合，共同攻擊成都，準備一鼓作氣拿下成都，進而消滅大明朝廷在四川的核心組織機構。
十二月初，十萬叛軍抵達成都府，並將成都團團包圍。
在叛軍還未抵達之前，朱燮元令羅綱、龍安、鬆、茂等道兵力火速來援，又將成都城附近兩百裡的粟收入城中，布置下屬分守四麵。叛軍圍城時，成都城內已經集結了白杆兵一萬，其他道援兵一萬六千餘，以及蜀王散財招募的民兵萬餘，以及成都標兵兩千、衙役一千，總兵力達到了四萬人。
叛軍以障革包裹竹牌，鉤梯攀登城牆，並壘砌土山，建設蓬蓽，用弩箭向守軍發動攻擊。朱燮元指揮守軍以火器退敵，年前剛從京師歸來的秦拱明接手了火器部隊的指揮權，以三段擊的陣型，打的攻城叛軍潰不成軍。
二年元月，苦守月餘的守軍火器由於火藥消耗殆儘，終於熄火。士氣大振的叛軍蜂擁而至，踩著簡易雲梯發起了瘋狂的攻擊。一連數日攻勢不休，逼得城中的蜀王都披上鎧甲上城牆督戰，數日間，雙方死傷無數。但成都城仍然屹立不倒。
幾日間的廝殺，讓朱燮元眉頭緊皺。自古攻城戰的戰損率都是一比三。但守軍除卻精銳的萬餘白杆兵，和三千其他土司的土兵外，餘下的兩萬餘人皆為成都周邊衛所以及城中臨時招募的農民，可以說毫無戰力可言。
一個多月的守城戰，土司兵已經戰損三千，兩萬餘民兵也隻剩下一萬五千餘人。而且，所有還能站立的士兵各個都帶傷，連總督朱燮元的左臂也中了一箭，可以說局勢岌岌可危。
不過好消息是，敵軍外圍四川稍遠地方馳援而來的八千援軍已經到位，由於成都被圍，使得這部分兵馬隻能在叛軍大營外圍朝著成都乾瞪眼。
靈機一動的朱燮元，派人通知這股援軍，決都江堰水灌注城壕，迫使叛軍修橋。計策非常成功，叛軍無奈減緩攻勢。
成都城獲得了難得的喘息之機，騰出手來的朱燮元隨後派人誅殺城中通敵的叛徒。要知道，奢家盤踞西南近千年之久，盤根錯節的關係根本無法理清，知道此時不是仁慈的時刻，所以朱燮元決定寧殺錯不放過，將成都城內與奢家聯姻的、交好的通通抓了起來，抄家、滅族，將所有的隱患扼殺在了搖籃中。
解決了內患之後，他召募了數百死士，連夜出城，焚毀叛軍在城外的望樓，並擊殺偽元帥袁衣鏽、總兵楊撰、焦之仁三人。
二年元月末，成都援軍逐漸趕來，並傳來更多捷報，叛軍外圍已經集結了一萬五千餘援軍，逼得叛軍隻得采取圍三缺一的戰法，抽調了兩萬餘兵馬與援軍對峙，四麵被圍的成都城終於出現了轉機。
但叛軍的勢力隨著時間的推移也日漸壯大。一日，突然有數千叛軍跟隨一座“長五十丈”的呂公車抵達城下，因其形體巨大，使得守城軍民極為驚恐。朱燮元一麵鎮靜人心，一麵利用呂公車行動笨重，易受攻擊的弱點，調動巨木作為機關，“轉索發炮，飛千鈞石”，又用寶貴的大炮轟擊拖車的牛，群牛受驚逃散，叛軍敗退。
二月初，朱燮元通過被叛軍俘獲的諸生招降了叛將羅象乾，並以誠相待。羅象乾感激不已，在此後不斷將叛軍的情報告知明軍。
朱燮元於是派部將詐降，引誘奢崇明來到城下。奢崇明發覺伏兵，當即逃脫，羅象乾放火奪取敵營。奢崇明父子敗走瀘州，羅象乾率部投降。
成都之圍，曆時一百零二日，自此解除。
此戰，十萬奢崇明叛軍，被殺三萬餘人，投降三萬餘人，潰敗逃入山中上萬。奢崇明父子逃到瀘州清點兵馬時，殘兵隻剩下了三萬餘人。
而成都守軍也不輕鬆，四萬餘兵馬戰死四千餘人，傷六千餘人。以一萬對七萬的戰損率，明軍打贏了成都保衛戰。
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