九月份，徐鴻儒糧儘援絕，突圍不成而被俘。除了其本人被押解到京師斬首示眾之外，白蓮教一乾主犯六千餘人被山東巡撫趙彥在曲阜斬首，他還把戰死的起義民眾以及無辜被殺的平民屍體都收集起來，築為“京觀”，立碑為記，借以恐嚇民眾，“稗後之人觀之曰，此固向者妄竊名號，自乾天誅者也，其誰複敢逞狼心而奮螳螂哉！”
曆時七個月的白蓮教起義徹底被官軍剿滅，一時之間，鄒、滕、鄆、嶧一帶，戶口大減，一片“流亡壁立少炊煙”的殘破景象。
據不完全統計，此次起義，包括地震傷亡，死傷叛軍、官軍、百姓共約三十萬餘人，白蓮教脅從五十萬餘人將被分彆押往遼東、遠東以填補兩地。
戰前人口為六百八十萬的山東，在天啟三年人口統計時，不光人口增長到了八百萬，連田畝都比戰前多了三百萬畝，光孔孟兩家就貢獻了一百五十萬畝。
這些人口與田畝僅僅隻是遭受兵災、地震禍害的魯南地區，這樣擴散至全國，還有多少倍藏匿的田畝和人口？
對此，朱由校是大發雷霆，他更是揚言要派新軍去全國十七個省徹查田畝、人口之事，為了安撫皇帝的情緒，以及堵住天下悠悠重口，無奈的內閣在天啟三年中開始了長達三年的理清全國田畝、人口的普查工作，不過這也隻是後話了。
......
叛亂終於得以平息，衍聖公的傳承不能斷，雖然文官集團對於救援不力的皇帝頗有怨言，但最終還是胳膊肘擰不過大腿，隻能在孔係子孫中尋找繼任者，經過一番查找，還真找到了一位。那就是萬曆四十七年進士科榜眼孔貞運，這位孔子第六十二代傳人。
這也是朱由校非常認可的一位官員，崇禎皇帝在煤山吊死之後，此人與衍聖公孔胤植做出了不同的選擇，他悲壯的為大明朝殉葬了。所以，同樣是孔子傳人，沒道理在主脈完全斷掉的前提下，不能由他來繼承衍聖公的爵位。
沒有任何猶豫，朝廷最終封孔貞運為第六十三代衍聖公。
當孔貞運踏入曲阜一個月之後，他主動上書朝廷，言明，希望朝廷恢複衍聖公兩千公頃祿田，換算下來不過才二十萬畝而已，不僅如此，連佃租戶也恢複到五百戶。也就是說，他主動提出將多出來的八千公頃曆代衍聖公強取豪奪而來的田產還給百姓，同時，更是與十萬佃租戶取消雇傭關係，還他們自由。
雖然，孔府與孟府千百年來所做的種種行徑，借著這次叛亂之機迅速傳遍了大江南北。那些曾經隱藏在深宅大院背後的肮臟勾當和腐朽不堪的行為，如今都赤裸裸地暴露在了世人麵前。這件事無疑給儒家思想帶來了極其沉重的打擊，其影響力之深遠簡直難以估量。而對於士紳階級來說，他們長期以來賴以維係地位和特權的根基開始動搖；至於大明王朝的統治，則更是因此受到了無法預估的衝擊。
但是孔貞運得行為，極大地挽回了全國百姓對衍聖公一係的感觀，麵對知錯能改的衍聖公，全國上下無不是感覺朱由校所托非人，連帶著皇帝都在全國百姓心中的威望都得到了提高。
然而，身處旋渦中心的朱由校對此卻並未多言一語。他深知，由於官軍救援不力導致這場災難的發生，已經讓朝中百官對勳貴乃至他這位皇帝心懷不滿，但又隻能敢怒不敢言。經此一事，雙方之間的矛盾愈發尖銳，彼此間的梁子可謂越結越深。但朱由校堅信，隻要自己能夠堅定信念、勵精圖治，終有一天定能化解這場危機，重振大明王朝昔日的輝煌。
為了平息朝野上下那熊熊燃燒的怒火，可憐的山東巡撫趙彥被迫背起了救援不力這個沉重的黑鍋。於是乎，這位倒黴蛋就這麼“被貶”到了遙遠的廣東，走馬上任成為新一任的巡撫大人。而原來的廣東巡撫陳邦瞻則得到了內閣信任，榮升為兩廣總督，肩負起了至關重要的使命——負責整個兩廣地區的新軍編練、建造強大的海軍艦船，並且大力推廣那具有深遠意義的改土歸流國策。
與此同時，朝廷還做出了一項重大決策：撤銷了登萊巡撫一職，並將其與山東巡撫進行合並。經過一番深思熟慮後，最終決定由德高望重的徐光啟出任合並後的直、魯總督，而登州知府孫元化也得以高升，成為新任的山東巡撫。上任伊始，孫元化便雷厲風行地在山東展開了一係列行動，以雷霆萬鈞之勢嚴厲打擊土地兼並現象，堅定不移地推行各種利國利民的新政。不僅如此，他還對登萊新軍進行了大刀闊斧的改革和整編，將其正式更名為魯軍，並迅速擴編至令人矚目的六萬大軍規模！
另外，那位在賑災工作中立下赫赫戰功的濟南知府徐從治也獲得了新的任命。他被調往山西擔任巡撫一職，身上同樣背負著打擊土地兼並、積極推行新政以及編練新軍等艱巨任務。更為關鍵的是，他要想方設法將大同鎮的邊軍徹底納入新軍體係之中，使之成為一支真正能夠保家衛國、扞衛邊疆安寧的精銳之師。
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這一連串緊鑼密鼓的人事調整，無疑向世人釋放出一個強烈的信號：年輕有為的皇帝朱由校已經開始將自己的影響力逐漸延伸到地方各個角落。無論是繁華富庶的沿海地區，還是相對偏遠落後的西北、西南邊陲，如今都有了他所信賴和倚仗的最高長官坐鎮一方。這些官員們猶如朱由校手中的棋子，分布在帝國廣袤版圖之上，共同為實現國家的繁榮昌盛、長治久安而努力拚搏奮鬥，為這些地方率先開展土地、人口普查奠定了結識的基礎。
......
天啟二年三月初一，陽光明媚，春風和煦，壬戌科進士考試在眾人矚目中拉開帷幕。來自全國各地的三千餘名舉人懷揣著夢想與期望齊聚京城，共赴這場決定他們仕途命運的重要考試。
然而，此次科舉卻因皇帝朱由校的意外介入而變得波譎雲詭。原來，近千名本應參加考試的江南舉人未能如願入場。這一變故極大地影響了考試的格局和走向。加上一年前朱由校秘密邀請的那三百名特殊人物——他們皆是被選入新軍擔任政委一職的江南才俊之士。如今，隨著眾多江南舉人的缺席，這些政委們無疑獲得了更為廣闊的施展才華的空間和機遇。而對於東林黨來說，除了那一千舉人被發配之外，為數不多的精英分子，也被朱由校的新軍洗了一年的腦，這些人還算不算東林黨也未必可知了。
負責主持此次科考的考官團隊亦是備受關注。由主考徐光啟領銜，首輔葉向高、次輔孫承宗、閣臣史繼偕、禮部尚書何熊祥以及都察院王象晉等六位大臣共同組成。這個陣容不僅彙聚了朝堂之上的各方勢力代表，更巧妙地兼顧了朝中三大黨派之間的平衡。如此精心安排，既顯示出朝廷對此次科舉的高度重視，也透露出政治局勢的微妙與複雜。
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