劉沉香除了對軍製進行了改革，他的出發點是好的，為了加強中央軍權，但他低估了朝鮮國情，使得過於了理想化。雖然他的方案通過了朝議，可向全國頒布之後，引得一片嘩然。
朝鮮太祖立國時，定下了朝鮮王朝社會結構四層框架：王室家族居首，其次為貴族，平民位列第三，最底層為奴隸。五家作統製由中央政府欽定的五大家族構成，涵蓋世襲的宗室、文官及武將家族，它們曆經數代，與朝鮮王室保持著緊密的關聯。
五家作統製起源於朝鮮英宗時期，他實施政治改革，將政權交由慶安金氏、全州尹氏、南原李氏、鎮川楊氏和安東韓氏這五大貴族家族掌控。
五家作統製旨在強化中央集權，防王室權力過度集中致內亂，它確立了貴族家族的地位與特權，使其成為高層統治者，掌管地方行政與軍事。
然而，五家作統製亦麵臨難題，貴族家族權力日盛，漸趨濫用，剝削百姓，引發社會不公與民怨四起，加劇了朝鮮王朝末期的動蕩局勢。
此次軍事改革，幾乎將朝鮮國所有的兵權全部收入了原明人的手中。而朝鮮諸將直接被踢出了實權崗位，加上綾陽君李倧的頭號馬仔李曙的兄弟李晫、李昈，部將李起築、李義培等四人未能及時處理。
四人於五月初十這一天，在江源道的原州城中毅然決然地舉起了反旗！他們義憤填膺，打著為綾陽君李倧複仇的鮮明旗幟，振臂一呼，引得眾人紛紛響應。而被眾人公推為首領的，則是綾陽君李倧的長子——李??。此人隻是個十歲幼童，但是很快便吸引了眾多誌同道合之士前來投奔。於是乎，短短數日之間，這支義軍就如滾雪球一般迅速壯大，竟然聚攏了一萬餘名叛軍。
無獨有偶，就在五月十三日的時候，忠清道的防禦使李仁居也在忠州揭竿而起。他亦是高舉義旗，不過其所打的旗號卻是要擁立宣祖的第十個兒子興安君李瑅為主。此消息一經傳出，當地百姓群情激昂，紛紛加入到李仁居的隊伍之中。不出幾日功夫，這支叛軍竟也發展得聲勢浩大，人數多達兩萬之眾。
令人驚奇的是，這兩路大軍仿佛心有靈犀一般，居然不約而同地選擇在五月十六日這天，同時向著漢城進軍。一時間，旌旗蔽日，喊殺聲震耳欲聾。
待到五月十八日時，朝廷方麵終於接到了關於這兩路反叛軍起義的消息。刹那間，整個朝堂都陷入了一片恐慌之中。大臣們麵麵相覷，皆被這突如其來的變故嚇得不知所措。李瑛更是勃然大怒，急召群臣商議應對之策。
此時，雖然軍製改革已經頒布了半月餘，眾將也已經開始奔赴自己的新崗位，但是距離他們掌控軍權還為時尚早，就更彆提進京護駕了。
最終對付這兩路義軍，還得看跟著李瑛反正的原明朝將領手中掌握的四千精銳老兵。這四千老兵被劉沉香第一時間打散，編入了神樞營重甲騎兵營）和禁衛營。
李瑛為此發出勤王令，號召各地方軍隊阻擋義軍的步伐，結果並不理想，義軍勢如破竹，一路攻城掠地，六月初三，兩路義軍兵峰直逼漢城。李瑛無奈，於六月初八夜，奉仁穆大妃並率宗親百官倉皇逃往開州避難，劉沉香作為領議政被任命為漢城留守。
六月十一日，李晫、李昈兄弟率領的義軍抵達漢城以東。
六月十二日，李仁居率領的義軍抵達漢城以南。
東路叛軍已經發展到了兩萬人，而南路叛軍已經發展到了三萬人。而城中，除卻了神機營、神樞營、禁衛營，還有中營義興營）也已經完成了部分整編工作，四營合計一萬六千五百人，在兵力上雙方差距巨大。
但是，戰爭從來不是看人數多寡，而是看領軍的將領能力，士兵的令行禁止。在這兩方麵上，劉沉香手中的一萬多人那絕對是能率叛軍六條街的。
劉沉香與眾將商議過後，在六月十三日清晨，漢城東門緩緩開啟，神樞營一千五百名士兵在指揮使劉億壽的率領下，衝出東門直接對兩萬叛軍發動了衝鋒。在劉億壽眼裡，這些烏合之眾壓根就不需要後麵的神機營壓陣。
一千五百名身披重甲的騎兵跟隨著自己的主將嗷嗷叫的揮舞著戰刀，不斷加速衝向叛軍。從他們興奮的眼神中可以看出，他們仿佛回想起了二十年前與豐臣秀吉率領的日本軍隊戰鬥時候的榮光。
然而，事實證明他們的期望注定會落空。東路那兩萬叛軍大部分在起義之前不過是一群失業的農民和受儘壓迫的奴隸罷了，這些人何曾目睹過如此威風凜凜且裝備精良的重甲騎兵部隊呢？就在雙方剛剛交鋒之際，隻見那些手持鋤頭和木棍作為武器的叛軍瞬間便被全副武裝、武裝到牙齒的騎兵如狂風暴雨般衝擊得七零八落，整個隊伍立刻呈現出潰敗之勢，完全無法組織起有效的抵抗。
而當施文用率領著兩千名神機營的火槍兵們氣勢洶洶地衝出城門，滿心歡喜地準備端起火槍展開射擊之時，他們驚訝地發現，原本應該與之激烈對抗的叛軍此刻早已亂成一團糟，四處逃竄，口中不停地發出“阿西吧”之類的驚呼聲，仿佛見到了極為恐怖的景象一般，眨眼間便已作鳥獸散，消失得無影無蹤。
與此同時，南城這邊的戰況卻與東城截然不同。由賈琛和石潭東所統領的那支剛剛完成整編但尚未接受充分訓練的七千餘名中營官兵，遭遇了人數多達三萬之眾的叛軍。麵對數量遠多於自己的敵人，這七千名官兵毫不畏懼，奮勇作戰，但由於實力差距以及缺乏足夠的戰鬥經驗，他們很快就陷入了一場艱苦卓絕的鏖戰之中。
好在這路叛軍同樣大部分是由窮苦百姓組成的，真正有威脅的隻有忠清道的防禦使李仁居手中的三千所謂的精銳。
很快，焦灼的戰局就出現了轉機。完成突擊任務的神樞營轉道南門，對這裡的叛軍發起了衝鋒。同樣不到一個回合，叛軍潰不成軍，裹挾著李仁居往忠州方向逃去。
六月十六日，李晫和李昈被神機營火槍射死在了逃跑的路上，十七日，李起築、李義培及李??三人被反正的部下活捉，隨後就被趕來的施文用槍殺當場。
六月十八日，李仁居死於逃難中。同日，李瑛率百官從開州返回漢城。
六月二十日，反叛軍徹底被清剿乾淨。
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