有人選擇臣服，有人選擇反抗，這對李旦來說並不覺得有什麼稀奇的。此時的明軍剛在馬尼拉站穩腳跟，並不適合即刻出兵討伐那些不臣的勢力。
不過，路上的事情他管不了，但海麵上那就是他責無旁貸的責任了。
於是，他將四十艘巨艦分成了十支分艦隊，其中兩支往返於廣東與菲律賓之間，負責為來往的商船保駕護航，兩支駐紮在馬尼拉港內外，負責保護明軍在菲律賓的落腳點。
另外六支分艦隊配備了數十艘四、五級戰艦後，在華人向導的帶路下，開始了打擊菲律賓群島非法武裝的任務上。對於明人來說，任何不願意臣服於己的勢力都被安上了敵人的稱謂。自然而然的，他們的船隻、城池便都成了明軍打擊的目標。
對於群島上的土著來說，捕魚是他們生存的唯一途徑，沒了船隻就等於斷了他們的生路。在他們的首領的率領下，這些土著們乘著小船勇敢的衝向了侵略者。
對於這些螳臂當車的土著，明軍隻有用炮彈才能宣示自己的存在。在四處激射的炮彈中，無數的土著及他們的小型船隻被擊沉在群島各處海域。
直到十二月底，第一任菲律賓總督洪承疇到任時，短短五個月時間，明軍艦隊共擊沉大小土著船隻上千艘，俘虜兩千餘艘。並打死了敢於反抗的土著萬餘人，俘虜兩萬餘人。
而這五個月的時間，兩萬步兵也沒有閒著，他們以營為單位，開始了自己在呂宋群島上的征戰之路。他們往北征服了依哥洛特諸部，打死兩千餘土著，俘虜了八千餘人，自身僅付出了五十餘人的傷亡。
隨後，他們又征服了更為北麵的伊洛克部落。除了少數逃入深山老林的土著之外，大部分均被明軍俘虜，成了總督府免費的礦工。呂宋島北部自古以來盛產黃金，在西班牙殖民的這幾十年時間裡，他們以無畏的抗爭，使得兵力不足的西班牙人始終無法在該地站穩腳跟。
而明國人一來，卻能如此迅速勢如破竹的拿下這些地區，主要還是當地貴族仰慕天朝上國的基因在作祟。對於可以團結的力量，總督府自然也不會將他們往敵人的懷抱裡推。
對於土著，總督府隻有一個明確的方針，那便是二十多年前未參與殘殺華人的貴族地主階級，隻要真心擁護明國的統治，便可以到總督府領取明人的戶籍。隻有領取了戶籍的土著，才可以將他們的子女送往總督府在各地區成立的各級學校，學習漢人知識，學說漢語，使用明國的貨幣——龍元。
能成為光榮的明人，這在菲律賓土著眼中那是八輩子修不來的福分。於是，各地都出現了貧民、奴隸舉報某某貴族曾經參加過針對華人的屠殺事件。隨即，總督府便派出軍隊前往逮捕那些罪犯。作為被舉報的家族，你不反抗還好，一旦反抗，便成為了軍隊首要鎮壓的目標。即便是事後發現是無效檢舉，總督府也不會再放這個家族重回故土，而是轉移至其他地區安置。
在一番連敲帶打的組合拳下，各地方固有的勢力不斷瓦解。而更多的，來自福建、廣東、浙江沿海的漢人被充實到菲律賓各個地方，即便是來自這幾個省份的普通老百姓，也會在總督府的照應下，搖身一變，成為了菲律賓人上人。
天啟八年二月，就任三個月總督的洪承疇，親率八千火槍兵，踏上了討伐不臣勢力——棉蘭老島的馬京達瑙蘇丹國。
在得到明軍討伐不臣的消息，頓時，棉蘭老島徹底沸騰。無數個土著部落緊密的聯合在了馬京達瑙蘇丹的周圍，同時這個聯盟也招募了上萬士兵，準備與來自明國的侵略軍殊死一搏。
此時，早已投靠明國的蘇祿蘇丹國自然不會放過這個表現的機會，他們的蘇丹同樣集結了千餘人的士兵，從棉蘭老島南部登陸，配合明軍來了個南北夾擊。
對於同為伊斯蘭教蘇丹國，蘇祿蘇丹國的背叛，棉蘭老島聯軍是始料不及的，他們被打了個措手不及。在短短的半個月時間裡，明蘇聯軍迅速擊潰了反抗勢力的主力部隊，打死、俘虜土著兩萬餘人。
隨後的半年時間裡，源源不斷的來自呂宋的明國土著軍抵達棉蘭老島，總督洪承疇發動了對群島的焦土之戰。對島上的不臣之摩洛、米沙鄢等土著部落展開了瘋狂的屠殺。
棉蘭老島的地形以山地高原為主，85的土地為山地，平原僅分布在沿海地區，森林覆蓋率較高，達到了66。幾乎等於說，明軍隻要占領了全部沿海地區的平原，土著們要想活命，就得往深山老林裡鑽，而這些原始森林裡還有無數的毒蟲蛇蟻在等待著他們的到來。
明軍在棉蘭老島發起的焦土之戰，一直持續到了天啟十一年，這場耗時將近三年的戰役，使得原本有著五十萬人口的棉蘭老島最後僅有不到二十萬活了下來。在占領了全部平原地區之後，洪承疇果斷的派出了數千裝備了火繩槍的土著軍負責絞殺叢林中的土著部落。他將以夷製夷的策略運用到了爐火純青的地步，因此，使得在島明軍士兵少死了數千人。
洪承疇在菲律賓省的聲望空前高漲，其對菲律賓土著的心狠手辣，以及對大明子民的寬宏大量，形成了鮮明的對比。被菲律賓無數土著視為魔鬼的他，直到天啟十五年離任時，菲律賓再也沒有發生任何大規模的反叛。
正是在他的高壓統治之下，原本有著兩百萬人口的土著，最後在天啟十五年時，僅活下來不到七十萬。而數千座原本生活著的數百個部落、民族，均被其強製性遷徙、安置到了呂宋島明人活躍的區域。
而幾乎被屠戮一空的棉蘭老島，其則遷徙來數十萬明國移民，以及數萬朝鮮、日本人以及其他東亞人種。
天啟十五年，菲律賓全年累計運往國內的黃金達到了一百萬兩，銅五百萬斤，各種香料無數。天啟十六年，洪承疇晉升為南安侯，世襲罔替。這也是朱由校對其在菲律賓八年辛勤耕耘的回報。
而那個時候的菲律賓，已經成為了大明在南海的轉運站，幾座大型島嶼上，生活著三百萬來自明國、朝鮮、琉球、日本、安南的移民，這些人成為了明朝在菲律賓的統治基礎。借由這些移民的幫助，明朝牢牢掌控了這個南海的窗口，直至數百年之後。
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