海防的重要性，朱由校是深刻的了解的。殊不知後世華夏被歐美各國的航空母艦頂在家門口的那種屈辱，他是絕對不想再次承受一遍的。
經過幾個時辰的長談，朱由校終於被他們的真誠和決心所打動。在宮禁前，他給予了戚興國和沈有容一個滿意的答複，表示會全力支持海軍的發展，並下達了一係列重要的旨意。
第二天，朱由校通過內閣正式下旨給遼寧、山東、江蘇、浙江、福建、廣東六省的船廠，宣布新一輪的十年造艦計劃。這個計劃規模宏大，目標明確：在未來十年內，大明要建造2000噸級的蓋倫船60艘、1000噸級120艘、500噸級240艘、200噸級480艘，以及輔助船隻1000艘。此外，還特彆提到要建造可一次性裝載步兵1000人的800噸級運兵船100艘，以增強海軍的遠洋作戰能力和運輸能力。
為了確保這批新式軍艦的順利建造，帝國兵部還需要重新招募大量的海軍官兵。根據計劃，將招募十二萬名海軍官兵，他們將接受嚴格的訓練，成為大明海軍的新生力量。
這一係列舉措顯示了朱由校對海軍建設的高度重視和決心，也為大明的海防事業注入了新的活力和希望。
沒有了天災的拖累，不管是陸軍還是海軍的軍備發展，不管是朱由校還是朝廷重臣們都會全力配合加以滿足。
不過，心急吃不了熱豆腐，如此龐大的造艦計劃，需要花費的時間是非常之久的。但是這並不影響陸海兩軍在天啟二十六年的出兵計劃。
在天啟二十五年1645年）的最後幾天時間裡，朱由校和內閣連續下達了幾份影響深遠的旨意。
首先，他深思熟慮後，決定將這廣袤的地域劃分為五個戰區。其中，北部戰區涵蓋了直隸省、山東省、河南省、山西省、陝西省、甘肅省以及蒙古自治領。這個戰區包含了京畿地區，地域遼闊，資源豐富，戰略地位十分重要。
東北戰區則包括了遼寧省、吉林省、黑龍江省、遠東省、西伯利亞、喀爾喀自治領以及日本地區。這個戰區不僅擁有豐富的自然資源，還是連接亞洲和歐洲的重要通道。
南部戰區則由江蘇省、安徽省、浙江省、江西省、湖南省、湖北省、福建省、台灣省、廣東省和廣西省組成。這個戰區經濟發達，人口密集，是國家的重要經濟支柱。
西南戰區包括四川省、貴州省、雲南省、西藏自治領、青海自治領以及西域自治領。這個戰區地勢複雜，民族眾多，具有重要的戰略意義和文化價值。
最後，東南亞戰區則包括菲律賓省、越南省、南掌省、柬埔寨省、馬來省、印尼省以及澳州。這個戰區位於東南亞地區，是國家對外交流和貿易的重要窗口。
隨後，朱由校任命了周遇吉、孫得功為北部戰區正副中將司令；多爾袞、馬祥麟、盧象升為東北戰區正副中將司令，盧象升1主要負責日本地區；顧肇跡、潭弘業為南部戰區中將正副司令；滿桂、濟爾哈朗為西南戰區上將、中將正副司令。辛棟、祁秉忠為東南亞戰區上將、中將正副司令。
在新設軍區之後，朱由校又將陸軍都督府與京軍都督府合並為了陸軍都督府。分彆任命英國公張世澤、克勤郡王博爾濟吉特·吳克善為左右都督。
完成陸軍都督府的合並事宜之後，隨即朱由校便將為日本準備的預備役部隊二十萬人新編成了136155師，一股腦的被分派到了日本，加強了在日本的軍事力量。同時，又給在日本督導作戰的盧象升去了一封聖旨，要求其務必在天啟三十年1650年）完成日本征服戰。為此，哪怕是將日本打成一片廢墟都在所不惜。
除了兵力上的增加，未來幾年內全國兵工廠生產的新式武器都將加強給駐日明軍。不光如此，朱由校還暗示盧象升，在日明軍可放開了打，什麼燒殺辱掠、屠城、雞犬不留等等朝廷都當看不著。並且許諾他，完成任務之時，便是他封侯之日。
朱由校之所以暗示盧象升，蓋因其接任秦良玉之後的這段時間裡，打的太文明了。誠然，駐日明軍的軍糧和軍餉由日本地方的各種礦產支付，但是這場戰爭打的太久了，雖然明軍二十多個師已經輪換了一輪，但畢竟是跨國作戰，士兵思想日久，恐會生變。而且朱由校希望盧象升能從儒將蛻變成他想要的悍將，那種不達目的誓不罷休的那種。
盧象升的文官包袱還是太重了！
除了給在日本的盧象升下旨，朱由校還分彆給東北、北部、西南、東南亞四個戰區司令都去了一封聖旨。
並且與此同時，還詳細地給出了四個戰區在接下來的五年時間裡的進攻計劃。對於這期間具體的實施過程，無論是朝廷還是朱由校本人都不會去過問。這實際上就是一種變相的授權，給予了各個戰區的司令們便宜行事的權力，讓他們能夠充分發揮自己的才能和策略，有機會在戰場上大顯身手。
尤其是在東南亞地區，自從鄭成功在澳洲找到了一個合適的落腳點之後，僅僅兩年時間裡，明軍就在澳洲展開了一係列的軍事行動，造成了相當規模的殺戮。雖然沒有確切的統計數據，但據不完全統計，截至天啟二十五年1645年）底，澳洲原住民的數量已經從最初的90萬驟降至60萬，而漢人移民的數量則從0迅速增長到了50萬。
不僅如此，鄭成功還在葡萄牙人的協助下，成功地抵達了南美洲的巴西，並在那裡建立了數個重要的落腳點。這些成就無疑證明了鄭成功的軍事才能和領導能力，也不枉朱由校賜予他延平侯的爵位。
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