起初，帝皇之子被稱為第三軍團，其新兵來自於神聖泰拉歐羅巴貴族家庭。
當時的歐羅巴貴族，將自己家族中最為優秀的年輕成員挑選出來，送給帝皇以表達他們被雷霆勇士擊敗
後對帝皇的致歉和敬意。
在歐羅巴貴族的帶動下，其他貴族家族也紛紛把自己的孩子送到第三軍團中去戰鬥。
據傳，這是第三軍團改名的來源，有帝皇的孩子之意，而在福根被找回後這個名字被再次確認。
和早期帝皇之子的一個區彆是，統一戰爭時期的第三軍團很願意和普通的帝國軍隊合作甚至領導他們投入戰鬥，這在其他軍團看來是一種值得鄙視的行為。
但對於這支“貴族軍團”來說，領導“較弱”的部隊似乎是一件理所應當的事情。
在原體和軍團重新統一前，第三軍團就以高效率的執行任務並往往能超出帝皇的期望而聞名。
大遠征時期，第三軍團經常被帝皇派去派去執行外交以及保護秘密大使的人物，並被有些人稱之為帝皇的使者。
第三軍團將他們的盔甲塗成紫色，以此象征他們的任務，並飾以雷電和烈日圖案。
在一次某星球歸順帝皇的儀式中，帝皇和第三軍團遭到了叛亂分子的攻擊，第三軍團xvi部隊的星際戰士為了保護帝皇被旋渦武器重創而犧牲。
之後帝皇將雙頭鷹授予第三軍團作為對他們的忠誠的嘉獎。
儘管第三軍團聲名顯赫，但在收複月球和與火星簽訂契約後，第三軍團遭到了滅頂之災：大量的基因種子在運往月球的途中因不明原因丟失，而且之後人們發現地球上的第三軍團基因種子庫遭到了月球基因教派的殘留分子的破壞和汙染。
這一切，導致第三軍團爆發了枯萎病，患病的士兵的器官開始出現萎縮化，並最終一一死去。
直到基因原體福根回歸軍團，這一可悲狀況才被終止，但軍團數量已經嚴重退化，必須在影月蒼狼軍團的庇佑下活動。
也正是因為這個原因，福根與他的兄長荷魯斯建立了親密無間的關係。
當荷魯斯宣布叛亂時，福根便很快被誘惑參與其中，成為了最早一批叛亂的軍團，他們首先在伊斯特萬三號上對軍團的忠誠派
進行了殘酷的清洗，隨後又在伊斯塔萬五號上參與毀滅三個忠誠軍團。
墮落的基因原體福根本人，更是在伊斯特萬五號上犯下弑親重罪，斬首了自己的好友和血親兄弟，鋼鐵之手原體費魯斯·馬努斯。
墮落後的第三軍團，很快整體投入到混沌邪神色孽的懷抱中，過去的帝皇之子有多麼榮耀，那麼現在的他們墮落就有多麼深重，以至於很多同為叛軍的軍團，都恥與他們為伍。
在圍攻泰拉的過程中，帝皇之子軍團並未參與對皇宮的攻擊，他們的目標對準了泰拉上數以百億記的居民。
各種瘋狂的行徑在他們入侵的地區發生，當荷魯斯被帝皇擊敗，叛軍一潰千裡時，帝皇之子卻是最完整撤出地麵的軍團。
他們的戰艦滿載著奴隸，朝著新的落腳點恐懼之眼直奔而去。
在這個過程中，第三軍團也因為內戰分裂出了許多小戰幫，但因為對歡愉和痛苦的病態渴望，即便是分裂後，他們也還是襲擊帝國最頻繁的混沌勢力之一。
所以當這個人說自己是第三軍團的連長時，除了索什揚以外的其他戰士，下意識的就要扣動扳機。
“放下槍。”
索什揚的聲音中斷了他們的攻擊欲望，戰士們雖然疑惑，但還是執行了命令。
他看著這個麵容憔悴，如同鬼魂般陰鬱的男人，問道：
“索爾連長，你記憶中最後的時間能告訴我嗎。”
索爾用那晦暗的雙眼掃了索什揚一會，低聲道：31，013。”
這幾串數字，每說出一個，這個男人都要喘一口氣，仿佛有千斤重擔。
索什揚聽完，知道自己的猜想果然印證了。41，912。”
索爾的眼睛猛地瞪大，望著索什揚，就好像在看一個怪物。
“你們……”
他有些顫抖的問道：
“來自一萬年後？”
“不。”
索什揚搖了搖頭。