不過仁宗在位不足一年，遷都南京中途夭折。宣宗即位後，他不讚成遷都，但繼續維持仁宗的部分做法，仍然稱北京為“行在”，而稱南京為“京師”。
直到英宗即位後，才在製度層麵明確了兩京的關係，再次以北京為首都，南京為留都。此後，兩京製形成定製，直至大明滅亡。
當然，大明的兩京與其他王朝不同，有其固有的特點，其中最顯著的就是官製。其他王朝在留都一般僅設“京兆”、“留守”一類的地方最高長官，而不是成建製地設立各級官署。
而大明南京的官製，則基本上是北京的複刻，且南京諸官連品級也與北京一樣。不過為了加以區彆，南京的官員頭銜上照例要加上“南京”二字。
南京遠離皇權，皇帝自然要派重臣、心腹作為政權的絕對核心。然而，畢竟皇帝隻有一個，南京就沒有必要像北京那樣設置一個內閣，以備皇帝顧問。所以相較於南北兩京的六部，內閣還是具備獨特性、唯一性。
既然要在南京設置重臣，那麼大明在當時便先設了南京守備、協同守備、守備太監和參讚機務四個官職，組成一個領導機構叫“南京守備廳會議”，以管理南京以及南直隸的相關事務。
永樂十九年遷都北京後，命中軍都督府掌事官守備南京，當時的官名為“節製南京諸衛所”。
仁宗即位後，以襄城伯李隆鎮守南京；宣德時期，改“鎮守”為“守備”，並規定南京守備例由公、侯、伯等勳貴擔任，同時南京守備還要兼領中軍都督府。
對於南京守備的職能，是有具體記載的：“凡南京守備一應機務，每日會同參讚官於守備廳署理。每月朔望日，守備、參讚等官及各府堂官會同內守備，議合行事務。”
從這裡不難看出，“南京守備廳會議”便是最高的權力機構，故而後來《明史》中才有了“南京以守備及參讚機務為要職”的說法。
具體而言，參讚機務的設置是晚於守備的，最早應該是在正統初年才有。根據記載，宣德十年：“英宗即位，命少保、南京戶部尚書黃福參讚機務。”
明中期時，朝廷認為南京高層的權力還是過於集中，便於景泰三年增設協同守備一人，也以公、侯、伯等勳貴擔任。按例，協同守備也會兼領五府事。
成化時期，朝廷下旨令南京兵部尚書兼任參讚機務一職，此後形成定製。如此一來，南京兵部尚書的地位得以提高，位列南京六部之首。
眾所周知的例子是，在原曆史上明朝滅亡前後，南京兵部尚書史可法被推舉為南京首腦人物，原因無他，正是因為史可法兼著參讚機務的要職。
明代皇帝對文官的態度比較奇怪，依賴的同時又用各種手段限製，信任的同時又非得找人製衡，這也正是宦官得以乾預朝政的原因。（www.101novel.com）