同先期到達的郝搖旗等部會師，並聯合當地其他反清武裝，組成了夔東十三家軍。
最後在方圓150餘華裡的茅麓山高山之上、密林深處，建立起抗清根據地。
他實行屯田自給、予民休息的政策，關懷山中百姓疾苦，深得民心，都稱他“小闖王”。他多次率兵出擊，給清軍以沉重打擊。
永曆四年，李來亨與黨守素擊敗孫可望，屯兵竹山、房縣，出沒宜城、南漳、均州、穀城，晉封三原侯。
永曆五年，入巴、歸之間，屯兵巫山、施州，建帥府於湖北省興山縣的茅麓山，實行屯田自給、與民休息的政策，關懷山中百姓疾苦，深得民心。
永曆七年，收複夷陵。永曆八年，高一功卒，眾人推舉李來亨為帥，所部精銳三萬人。
永曆十年，永曆帝命文安之出師，李定國暗中聯絡故將，命提督禦前營，封征虜大將軍、太子少保、臨國公。
永曆十一年，攻遠安，蜀將不能抵禦。永曆十二年，屯施州。
永曆十三年，夔東十三家在李來亨帶領下，圍攻重慶，支援李定國，但是由於譚弘的背叛，隻好撤退巫、巴。
永曆十六年，清湖廣總督張長庚宣布永曆政權滅亡的消息，招降李來亨不應。
李來亨奉韓王朱璟溧為正朔，繼續抗清。七月，清四川總督李國英屯兵萬縣。
康熙二年，李國英、李長庚、總兵於大海集中秦、豫、楚、蜀四省十萬兵力，後勤二十萬人，分兵三路圍攻夔東農民軍。
一路自荊州、夷陵攻遠安、興山、巴東、歸州一路自興安、鄖陽攻房縣、竹山、竹溪一路自萬縣攻打夔州、建始、巫山、大寧今重慶巫溪、大昌。
次年春攻入茅麓山。李來亨放棄九蓮坪，將清軍誘入險地，斃傷敵約萬人，會同郝搖旗等挫敗了清軍圍攻，李國英僥幸逃回巫山。
康熙三年，清政府集中秦、豫、楚、蜀四省清軍和滿洲八旗兵，共十萬大軍在靖西將軍穆裡瑪的指揮下，圍攻茅麓山。
李來亨奮起迎敵，滿洲兵在李來亨的炮火、檑木、滾石的打擊下，紛紛墜崖落澗，傷亡慘重，高級指揮官賀布索、穆裡瑪之子蘇爾馬均被擊斃。
清軍改變策略，對茅麓山所有出口，嚴防死守，長期圍困，企圖困死明軍。
雙方相持數月，李來亨部物資消耗殆儘。
李來亨在六月曾組織兩次突圍，雖拚死奮戰，但寡不敵眾，無法突出重圍，知道已到最後關頭，決心與明朝的最後一片河山共存亡。
李來亨處死了清方派來招降的叛徒李有實。
8月4日，寨內彈儘糧絕。李來亨事先妥善安排了年邁母親的生路，後與妻、子等家人撲向熊熊烈火，壯烈犧牲，譜寫了一曲氣壯山河的千秋正氣歌。
雖然我們對李來亨的生年和早期情況都不清楚，甚至連他的兒姓名都無從考察，但英勇為民族獻身的精神確實令人欽佩不已。
李來亨父子犧牲後，部下士卒除少數投降外，都在混戰中壯烈捐軀。
清朝將領惟恐有明軍將士潛藏逃出，派了大批兵丁“四山搜剿”，窮凶極惡地實行斬草除根，用他們自己的話說是“掃穴無遺類”
至此，以原大順軍餘部為主體的夔東抗清鬥爭堅持了二十年之久，以失敗告終，大陸上公開以恢複明朝為旗幟的武裝抗清運動結束了。
南明滅亡、華夏民族被打斷脊梁昏睡三百多年的曆史也由此正式開始。
當然這是曆史上的李來亨，現在曆史進程已經被朱由檢改變，李來亨也沒有幾乎重新譜寫自己的悲壯曆史。
在李岩投靠大明後，將李來亨招到自己麾下，在大明攻打蒙古和盛京時，他率兵從甘肅前來支援。
本章完