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人工珍珠的價格在宋代比在明代更高，沈飛南下以後隨便出手了幾串珍珠，就在嘉興置辦了產業，先買下了一棟大宅子。並且也打算做點什麼事情從側麵影響一下南宋的社會狀態，沈飛選擇了一個介入點，就是講學。宋朝的文化業比起前代極其發達，杜甫以“讀書破萬卷，下筆如有神”自詡，這在唐代確實是很了不起的，可是在宋代就不稀奇了，宋代出名的文化學者和知識分子，個個破萬卷。一個重要原因就是宋代推廣印刷術以後，書比前代多得多了，民間私人書院和講學的風氣也逐漸興起。沈飛想起了某寶創立者建的那個“湖畔大學”，又想到嘉興南湖在現代史上的特殊地位，湖心的煙雨樓在《射雕》中就爆發過大戰，無論從哪方麵看都是一處重要名勝，就略帶著一點惡趣味砸錢建了一座“湖畔書院”。
講學內容的藍本沈飛選擇了理學，朱熹雖然生前受到皇帝宋寧宗和宰相主持的官方掀起慶元黨禁聯合打壓，這時也早就已經平反，史彌遠也已經死了。後世流傳的朱熹各種黑材料基本上是官方和民間編造的謠言的集合體，因為其中一些事情迎合了人們的八卦獵奇心理極感興趣而廣泛流傳千年。最著名的一例就是嚴蕊事件，嚴蕊是貪官唐仲友公款包養的六七個官妓之一，唐仲友是宰相王淮的姻親，憑這個關係貪贓枉法，橫行鄉裡。嚴蕊等官妓也倚仗唐仲友的關係經常替人活動關係，趁機索取賄賂，是唐仲友很多罪行的證人和參與者，被朱熹在彈劾奏疏中提及，就引起了傳說。
唐仲友除了一般的地方官土皇帝式的罪行以外，最為嚴重的一條就是窩藏一個偽造貨幣的罪犯蔣輝，阻撓外地公職人員對他抓捕，軟硬兼施逼迫他繼續為自己偽造貨幣，這是寫進了不少《中國貨幣史》的案例。朱熹在任朝廷欽差巡視台州時，先是在路上遇上了一些從台州逃出來的流民告狀，知道了唐仲友的罪行。到台州深入調查時更是查獲了大量的事實和證據，嚴蕊和蔣輝就是查獲的幾個重要證人，而且審問嚴蕊的也不是朱熹本人，是台州當地的通判，而且一審問就輕易交代了。
朱熹接連上疏六次彈劾唐仲友，五份被王淮壓下，隻把最早的一次還是剛聽流民講述，還沒有查獲什麼證據的奏疏給宋孝宗看，說隻是不同學派“爭閒氣”，不僅唐仲友順利過關（最後在朱熹一再堅持下免職），連那幾個同案犯，蔣輝和嚴蕊最後都不明不白地放了。流傳極廣故事中那首《卜算子》詞也不是嚴蕊寫的，作者的唐仲友的親戚高宣教。一年後王淮讓人上疏反對朱熹的學說，就是開始對朱熹的報複，這些事情的經過本來各種史料記載都很明確。
朱熹通過嚴刑審問嚴蕊逼迫她攀咬唐仲友的故事，最早出自唐仲友密友洪邁的誌怪小說《夷堅誌》，後來周密的《齊東野語》轉載，周密說故事傳說出自“天台舊家”，就是唐仲友和嚴蕊的家鄉。第一次大規模流傳是明末通俗小說家淩蒙初在《二刻拍案驚奇》裡以上麵這則傳說為材料創作了一篇《硬堪案大儒爭閒氣甘受刑俠女著芳名》，小說最後說嶽霖擔任浙東提刑時重審案件，嚴蕊創作那首《卜算子》詞獲釋。其實嶽霖的生平和當時任提刑的官員都是有明確記載可查的，嶽霖從來沒有擔任過這個職務。這則故事後來還被極有地位的魯迅引用作論據，在上世紀七十年代的特殊時期，“羅思鼎”在國家機關報上又大肆宣揚這則故事，並且在當時出版的普及性讀物《宋詞選》中選進高宣教的這首詞，署名嚴蕊，把這則故事放進注釋裡作為背景介紹。這是南宋慶元黨禁以後，又一次動用官方國家機關和媒體的力量對朱熹進行大肆抹黑和打擊。
理學的內容可以從內部外部兩方麵展開，從外部講就是“格物窮理”，研究各種事物的原理，並且把這一點提倡成一種責任，是一種科學思想。沈飛看過《中國古代天文學家》書中，張載和朱熹都是單獨列出一章介紹的，“博學之，審問之，慎思之，明辨之，篤行之”也被科學史家席澤宗稱為一種科學方法。從內部講就是“扞格”，排除物欲對人的乾擾，作為一種精神修養的方法。是目前沈飛除了日常走禹步布罡踏鬥以外另一種可以增漲精神的途徑。
相比之下，近幾年大熱的王陽明的心學則有些言過其實。《明儒學案》的觀點“陽明先生之學，有泰州、龍溪而風行天下，亦因泰州、龍溪而漸失其傳”，為什麼“風行天下”最後卻“漸失其傳”？就是因為沒有學出什麼大的成果來，王陽明的思想方法不具備普遍性適用。按後世的詞語說就是有些“主觀主義”和“經驗主義”的傾向，那些是王陽明個人的特殊經曆形成的經驗，對彆人並不適用，彆人參照學習自然效果並不理想。而朱熹的思想方法則是更具有普遍性，按朱熹的思想方法訓練而成的思想家層出不窮，這一點沈飛在《笑傲》世界就有過感受，和王陽明同時代的羅欽順，直到明末的朱舜水、呂留良都是。
更加重要的是，把軍事學和理學思想合一是明代軍事家的普遍現象。俞大猷從理學思想出發解釋棍術，戚繼光也從理學思想出發解釋軍事理論和論述練將練兵，用《中庸》、《大學》原文解釋《孫子兵法》“道者，令民與上同意”，強調練將首要“正心術”，練兵首要“練膽氣”，膽氣分成發自內心的“真氣”和依仗外物的“客氣”，這麼看來沈飛自己在上個世界購買大量武器存放在空間中作為底牌也隻能算是膽氣裡的“客氣”而非“真氣”，戚繼光給薊鎮軍校選定的教材裡就有大量儒學和理學篇目經典。這些論述沈飛基本上照搬，強調目前局勢麵臨的兵禍危險，需要重視軍事學，但是一些核心的技術機密還沒有透露。
沈飛的講述摻雜了大量還沒有出現的明代各派理學、氣學等觀點，又不惜成本砸錢刊印宣傳，不久以後就形成了廣泛的影響。沈飛也自己編了個字號，古代名和字都有相應的聯係，帶“飛”字的比如嶽飛的字“鵬舉”，沈飛想著自己修煉道家功法，就選了“衝舉”為字號，在思想文化界漸漸聲明遠播，經常有許多文人學者來拜訪交流，來書院講座，或乾脆在書院擔任正式和客座教授。與之相應的，在南方武林中的名聲，沈飛反而因為沒有什麼表現而默默無聞。幾年下來隨著書院的擴大和規範化，專門的教材編定，第一批核心弟子的培養成熟沈飛親自開講的次數逐漸減少。
沈飛在這段時間也托人找到了穆念慈和楊過的下落，把楊過和其他一些兒童收進了書院裡，沈飛專門砸錢為當地部分兒童免費教育，也並不顯眼。在家訪時也試探過穆念慈的意思，說也可以專門教楊過武功，不過穆念慈表示楊過已經拜了郭靖為師（新修版《射雕》末情節）拒絕了，沈飛也無所謂，可以見到郭靖之後再作打算。這期間在楊過十一歲時，穆念慈得病，沈飛出手將其治愈。
又過了兩年，沈飛算著日子，差不多到小說開篇時。安排了書院事務和代課老師，就走了出去，到了南湖邊上，果然在一排柳樹下麵見到了身穿杏黃色道袍，看上去才二十多歲的道姑，對著煙水蒙蒙的湖麵，聽著采蓮曲輕歎，似乎在懷念往事。
沈飛走上前去，說“李姑娘還在追憶往事嗎？陸展元與何沅君夫妻都早已經過世，李姑娘怕是來晚了”。
那道姑正是李莫愁，聽到沈飛“李姑娘”的稱呼，而且還提到何沅君，勃然大怒，說“你知道我的身份？那你知不知道我曾立過重誓，誰在我麵前提起這賤人的名字，不是他死，就是我亡。我曾在沅江上連毀六十三家貨棧船行，隻因他們招牌上帶了這個臭字，這件事你可曾聽到了嗎？你犯我忌諱，可怨不得我”！說完揮起拂塵就朝沈飛頭頂擊落，沈飛閃身避開塵絲，一伸手抓住拂塵頂向前一捅，當成長槍使，直接捅在李莫愁身上，把李莫愁震飛了出去，拂塵還留在沈飛手上，這還是沈飛出手輕，否則這一擊就可以要了李莫愁的命。
沈飛看著驚駭的李莫愁說“李姑娘莫非以為沒有何沅君，你就能與陸展元長相廝守了嗎”？
李莫愁滿臉戾氣與怨毒，說“當然是，當年陸郎與我情深意重，如果不是何沅君這個賤人，陸郎怎會拋棄與我？你武功再高，也休想為那賤人開脫”！
沈飛說“你與陸展元情深意重？或許是吧。隻是李姑娘，世人思慮和所求的事絕不是隻有男女之情一樣。陸展元或許對你有情，一直保留著你送他的定情信物。可是你在繡的那塊絲帕上以紅花自比，想讓他成為配你的綠葉，想明白這其中含義之後世上有幾個男人願意結成如此女主男輔的愛侶關係？古墓派自祖師林朝英起就性子好強，一生都要與王重陽相爭，力求武功壓過王重陽一頭，隻怕正是這種好強的性子使男人不敢親近，把人嚇跑了。雖然當年林朝英企盼和王重陽長相廝守也未能如願，可是畢竟因爭強好勝修成了絕世武功，這份成就，也足以令天下武林景仰。李姑娘你卻一直苦苦追求男女之情，因此而入了魔障，人生在世再無其他成就，你以為值得嗎”？？
沈飛的意思說白了就是陸展元拒絕李莫愁而娶何沅君的原因和陳家洛放棄超級女強人霍青桐選擇喀絲麗，石清也避開女強人梅芳姑選擇師妹閔柔一樣，出自古墓派，不自覺遵循古墓派這種好強女子傳統的李莫愁掉進了坑中難以自拔。
李莫愁聽了沈飛的話，呆呆地呢喃“是我太好強嚇跑了陸郎”？一陣哭一陣笑，似乎瘋癲了一般。最後低語“玉女心經、王女心經，我也要像祖師婆婆那樣”，轉身一陣狂奔離開。
忽然沈飛聽到身後傳來一句話“沒想到名滿江南的大儒衝舉先生也是絕世高手”。