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德川幕府參戰後，東江軍又增兵五萬，防務完全交給民兵中精銳者接手。同時新版戚家光也從海路出發，進攻已經被薩摩藩侵占的原琉球北部的奄美群島。由於出兵規模較大，明朝再次宣布進入戰時狀態，這時候軍事化變革已經初步轉變了社會風氣，科舉加入軍事內容以後第一代的有相當帶兵練兵能力的童生已經成長起來，舉人、進士更是其中勝出的強者，因此沒有第一次那樣的阻力。
和針對後金的不同，這次戰爭明軍從一開始就保持和武器裝備上的優勢，最新研製生產的一批兩萬支燧發槍已經達到曆史燧發槍頂峰，英國“褐貝斯”燧發槍的性能，有效射程達到200米。望遠鏡和火炮用的也是高配版，比鄭芝龍軍中使用的高出一大截。
最厲害還是崇禎式二型火箭（黑爾火箭），最遠已經飛行4500多米，達到了這種武器曆史性能的顛峰。換成三尾翼旋轉了以後，精度也增強了，這比之前茅元儀腦洞出來的“火龍出水”效果強大太多了，“火龍”其實是明軍時存放火箭用的圓形筒子，隻是口設計成了龍頭形，就是一個存放武器的架子。
茅元儀的腦洞把這個武器架子作為一級火箭發射出去，等動力耗儘時，裡麵的火箭才點火作為第二線發射增加射程，現代有愛好者作過實驗，二級火箭沒錯，射程也夠，隻是精度太差，落點遠近參差不齊，難以形成密集覆蓋打擊的效果，實戰效果有限，崇禎火箭二型則可以作為遠射程集火武器。
當然作為海戰遠程壓箱底的武器，不會輕易暴露出來，這次使用的隻是射程2000米左右的版本，夠用就行，隻是比鄭芝龍軍中所使用的一型康格裡夫火箭強得多，這樣就已經在多次海戰中一邊倒碾壓日軍了，戰果比萬曆朝鮮戰爭收尾的露梁海戰好得多，露梁海戰島津第五軍團成功救出了小西行長撤回了日本，而且在交戰過程中明軍水師副將鄧子龍、朝軍水師主將李舜臣陣亡，總體來說還是日軍占了上風。
萬曆朝鮮戰爭明軍的兵力就遠少於日軍，還打出了碧蹄館之戰這樣被十倍兵力的日軍圍攻成功突圍的戰例，現在明軍戰鬥力已經今非昔比，所有士兵都已經練成了龍象般若功第二層，攻防體力大增。除了遠程火器，中程佛朗機炮，近程毒火噴筒、釘篷火箭都是本來就有的明軍製式海戰武器，隻是質量性能都有改進。
因為五毒教的加入，毒火噴筒的更新了配方（當然是保密的），殺傷力大增。釘篷火箭就是射中船篷後倒須張開，能釘在船逢上燃燒，不會落地的火箭，船篷比起船體其他地方更加容易燃燒，成了燒船的利器，露梁海戰明軍燒毀日軍戰船的主力武器還是這個，而不是“火龍出水”，現在改成了十支一匣的連弩擊發，效率大增。各類近戰跳幫格鬥冷兵器當然更加不缺。
而日軍的戰力和武器比起萬曆年間沒有多少長進，日軍使用的鐵炮（火繩槍）最大射程150米，有效射程隻有50到80米，隻能破開當初明軍八毫米的盔甲，現在不僅火力遠不是明軍對手，就連擊中也破不開明軍升級後的戰甲了。還有一隊約500人手持五六丈長矛的長矛兵，近戰衝擊力很大，可是還沒有近戰的機會就被炮火和毒火噴筒重創。
戰事前後延續了一年多，明軍重創集結的各路日軍主力，退回本藩，薩摩藩兵力更是損失大半，包括藩主島津光久在內的島津氏族人都有五個被擊殺，家臣更是傷亡數十人，收複了被薩摩藩侵占的奄美群島。解救出了被薩摩藩扣為人質琉球王室成員回國。
戰爭是以解救被日本欺壓的琉球王國的名義開始的，這個目標達到以後也沒有再咄咄逼人，開始了停戰談判。不過日本的災難並沒有結束，薩摩藩財富積累幾乎掏空還不夠支付明方和琉球提出的賠償數額，雪上加霜的是朝鮮也趁火打劫，提出了萬曆年間入侵造成破壞的統計和賠償。
明朝當然也不會真的為琉球打白工乾賠本買賣，崇禎和內閣商議又與沈飛交流以後，決定實行經濟殖民的策略，要求日本開放對明朝的商業貿易，允許明朝和琉球、朝鮮商人在日本開社商號、購買日本房產和土地、購買日本礦產開采權、允許雇傭日本當地民眾工作為條件抵消賠償不足部分。
礦產開采權少不了很多穿越小說裡提到的石見山的銀、還有一些銅、煤、石英、火山灰、琉黃等資源，這段時間日本民間租稅極重，而且各地藩府向農民逼租都手段殘酷，過幾年就因此釀成了“島原之亂”，以十六歲的天草時貞為首的借天主教的外皮反抗幕府的日本曆史上最大規模農民起義，不追求天堂，提出建立地上神國。
現在提前幾年以商業手段雇傭部分日本農民是很好的拉攏乃至控製日本民間的辦法，時間一長就是要求日本民間親明雇員倒幕都不成問題。明朝還加強琉球王田的武裝，把一部分明軍淘汰下來的火繩槍、虎蹲炮和冷兵器援助給了琉球。日本鎖國之後禁止天主教，隻允許明朝和荷蘭商船到長崎貿易，荷蘭人之前已經被鄭芝龍重創，現在更是幾乎讓明朝獨占了對日本貿易。
這次對日一戰主要是海戰，戰爭過程和總結推演資料也交給了國子監軍校進行研究，其中一部分交給了宣化司作為素材。其中也討論過如果是在陸戰中遇到那五百人式的超長矛方陣該怎麼應付的問題，經過推演認為還是近距離人力集中投擲手榴彈（擊賊神機石榴炮），或者潑喜軍似的小規模投石機部隊拋擲手榴彈，配合火銃和虎蹲炮和弓弩遠程打擊。
“拓北侯”劉興祚已經開拓領土超過了明初奴爾乾都司的地盤，把苦葉島納入了版圖。把一些特有的海鮮運到了北京，少數作為貢品，大部分賣到各大酒樓裡掀起了一陣美食風潮，不少南方商人和酒樓聽說後也大量求購，大大賺了一筆，沈飛和完顏萍也吃了一次，就是後世稱為阿拉斯加帝王蟹的巨蟹，東北政府和地方宣化司編寫的介紹北方環境、風光和特產的文章也成了暢銷書，也吸引了不少士子遊興和富商的投資意向。
流落各地遼民已經陸續回到了遼東，也有一部分陝北、河南等災區居民在官府組織下移民到了遼東，當然也有一部分富商到遼東投資和定居。遼東各部落漢化的推進也已經有了初步成果，第一批學習有成的部落領子弟已經使用了漢名，進入了當地官學和軍校。
女姓教育和公職人員考試選拔的問題也進行了幾次，沈飛看見了一些比較熟悉的名字，比如方維儀的堂妹、同樣擔任方家“清芬閣”私立大學教授的方維則，清芬閣已經也了桐城當地官學的一部分，專門招收女性學生，還有方維儀的堂姐方孟式，《紉蘭閣集》已經編寫出版。
除了方家三姐妹以外，還有《雅騷》裡在張原麵前整天甜甜地喊“張公子哥哥”的那對小蘿莉姐妹，商景蘭、商景薇，還有張原的“小師妹”王端淑，考試後水平直逼方維儀。還有後來組建女性蕉園詩社的徐燦，原來上23歲就去世的薑淑齋，在西湖賣字畫的黃媛介都被挖掘了出來。
當然還有阮麗珍，閻應元回京後不久就在崇禎賜婚下結為夫妻，加入宣化司成了專業編劇。就連名妓出身的草衣道人王微也辦理了脫籍手續出任了公職，當然還有一大批沈飛不熟悉的名字，或許沈飛孤陋寡聞，或許這些人在曆史上本來就沒有什麼名聲被埋沒了。
畢竟明代從呂坤開始就主張變革女姓教育，現在效果爆發出來了。經過幾次內部測試，水平並不輸於同科男姓進士和公職人員，像方家三姐妹和黃端淑這種頂級高手和曆次一甲進士比都能排在前列。已經有人提議下次文史料科舉進行不生性彆統一考試了，內閣和禮部正在討論中，沈飛還是支持的，不過需要進行一些準備。
沈飛專門設計融合了一套適合女姓的武功心法，主體還是葵花寶典和玉女心經的複合體，取消了自宮和雙修的條件，又加上了全真派內功呼吸行走坐臥都能修煉的特點，又根據九陰真經“體用雙修”思想設計一些外功動作，也是以桃花島優美招式為藍本，加上減配版的禹步，以養生功法的名義在女性公職人員內部進行推廣。這份內功比起江湖司基層人員的全真大道歌還高得多，算得上高級內功了，練個十年以上，再修煉其他武功會相當輕鬆。以後女性公職人員也可以學習軍事和武藝知識，逐步在科舉考試選拔中實現男女一致。
結束了對日本的戰爭以後，大大展示了一下朝廷的海戰能力，改漕為海也已經基本完成，海運士兵也經常進行一些軍事訓練，隨身可以轉換成海戰軍事力量，台灣也已經移民完成建立了官府，更重要的是，朝廷已經依附於鄭芝龍培養出了一大軍海戰和與歐洲的外交、貿易人才。
趁熱打鐵，朝廷正式向鄭芝龍提出了收回海權的要求，向鄭芝龍展示了地儀球，建議鄭芝龍率軍攻打被荷蘭和西班牙人占領的印尼、菲律賓等地，朝廷可以繼續支援鄭芝龍武器和錢糧，隻要等擊敗殖民者開疆拓土攻打下這些地方，朝廷可以按劉興祚的例子封他為拓南侯，並且以後鄭氏船隊在大明控製的海域經商享受半稅待遇。
攻打日本這一仗的一個目標就是為了震懾鄭芝龍，東江軍和戚家區的海戰實力和所用的精良武器確實嚇了鄭芝龍一大跳，如果朝廷要對他動手估計能一戰徹底打崩他，權衡利弊以後，還是接受了朝廷的命令，交出了關稅權利，整軍準備南征。
不過鄭芝龍提出要求鄭成功也和他一起走，朝廷提出會全力培養鄭成功成為頂級人才，將來會委以重任。沈飛帶著鄭成功親自麵見鄭芝龍和他進行交流，並且讓十歲的鄭成功演進了一下初成的武功，之後鄭芝龍就沒有再說要再走鄭成功，隻說以後經常走動一下。
原來一些受命派遣進入鄭芝龍集團學習海戰、貿易和西班牙語、葡萄牙語的人分離出來，重新回歸朝廷編製，組建各地市航司海關和外貿司，也有一部分分流進入貨殖院翰林學士繼續培養相關人才。為了避免引起鄭芝龍更強的不滿情緒，倒是沒有“策反”更多的鄭氏核心成員分割他的勢力，不過也招攬了一些非嫡係勢力，甚至就有小說裡號稱“浙閩沿海的海盜，七十二島總盟主碧海長鯨”鄭起雲。