登基和大清洗期間，開始了軍政整頓，首先當然是抓槍杆子，趙構南宋能立住主要就是重建了三衙禁軍和財政體係，在這三個月中，首先以教導連為教官，首先把皇城司5000人操練了一遍。皇城司雖然負有情報刺探職能，但是編製是禁軍，還是由最精銳的禁軍組成，主要任務是皇宮安全。
之後是訓練三衙禁軍，按《碧血劍》世界閻應元整頓京營的辦法，以要調防到前線為威脅，清退大部分混日子的無賴，又分彆調到四川、荊湖和兩淮前線部分，保留了大概四萬還過得去的開始狠狠操練。整頓軍紀是少不了的，嶽家軍的“凍死不拆屋、餓死不擄掠”是基本要求，還處理了一部分違紀官兵殺雞儆猴，這其中就有夏貴。
夏貴在曆史上前期對戰蒙古還是有不少戰果的，隻是晚節不保，丁家州之戰先是逃跑，後來乾脆投降，不過這個世界十多年後他兒子是個超級二世祖，現在提前把他免職了，理由是現成的，鄂州之戰他戰敗了，曆史記載他就是害怕被追究責任丁家州才先逃的。這是對軍隊的敲打，不是追封了一大批有戰功的先輩從此軍隊就可以為所欲為了。
還確立了一條法律，以後嚴禁罪犯充軍，軍隊從良家子中選拔。對已經充入軍中的罪犯一律清退，安排到修橋鋪路開礦蓋房需要勞動力的地方去。除非是立有戰功的，才清除罪犯身份保留軍籍，凡是參加過合州之戰、鄂州之戰的士兵一律視為有軍功，就成了軍中最後一批“前罪犯”，從此“賊配軍”不僅不是恥辱，還成了有戰功的榮譽證明。
教導連100人、皇城司選了200人，其中內侍禁軍各半，尚書內省88名在編女官普及修煉全本《神足經》，嚴禁他們泄露外傳，《神足經》隻增長內力，強化身體素質，武功上太監女官修煉《葵花玉女經》和辟邪劍法，禁軍練習《浩然正氣訣》、修羅滅世刀和少林絕技龍爪手、大金剛拳加丐幫趕路輕功。
這第一批班底全部每人一瓶五寶花密酒，藥酒積累最多是初版15年份和45年份的加強版，分彆有1000多瓶和5000多瓶。增加功力的藥酒和純陽丹全軍配發不可能，但是培養出一批親信還是可以的，這不僅是福利，也是速成一批馬上能乾活的人。
之後是整頓經濟，宋朝的紙幣是世界金融史上劃時代的發明，為了防偽刻印了精美的花紋和死刑的嚴厲處罰，並且有流通時限，過期作廢，不過普通百姓還是難以分辨，就發明新版“寶鈔”，規定以前的會子到期後成為唯一流通的紙幣，用《碧血劍》世界獲得萬曆後期發明適合古代的“餖版拱花”水印技術印製，防偽一目了然。
貨幣發行要穩定主要還是要有充足的準備金和貨物，為此還專門穿越回《戰狼2》世界，注冊了一個貿易公司，乾起了時空倒爺，把各個世界很容易獲得的名貴木材、中藥、水產之類賣掉，像黃花梨、紫檀木、紅木家具、茶葉、各類玉石這些可以走拍賣流程，反正不急，購入白銀、黃銅、糧食作為空間物資的後備。
整頓軍器監，嚴厲處置了一批蛀蟲，提拔經驗豐富的工匠製造質量過硬的兵器、火器、盔甲，把黑火藥最佳配方告訴了他們，這批人全部以三屍腦神丹控製，並且規定泄露出去按通敵滅滿門，軍工基地駐軍守衛，進入需要驗證身份，其他人打探消息以間諜論處。
另外一個亟待解決的問題就是賈似道發明的“公田法”，有些官員見賈似道靠山沒了，想趁機攻擊他廢掉公田法，被沈飛狠狠訓斥了一頓，處於大戰中，前線將士在拚命抵擋韃子，後方過安穩日子的人連點田產都不願意出，稱這些人“亡國大夫”，罵了個狗血淋頭，還祭出了對土地的大殺器：全部官營。
公田法和打算法一個針對文官，一個針對武將，前者是官方發行紙幣“購買”民間田產，雖然不至於像金元券，但是跌二十多倍是有的，打算法就是抓一批貪汙的抄家，都是財政緊張逼出來的操作。除了賈似道自己獻出了一萬畝作樣子，倒黴的基本上是中小地主。雖然貼補了財政，執行上的不公平引起叫苦連天，打算法整死了一批武將以外更是鬨出了劉整投敵事件。
沈飛的辦法是不動土地所有權，隻是經營權全部官府強製收回，原來的所有者隻等地土地產出分一筆紅就行了，宋朝已經普及占城稻，加上各種新的高產糧食和經濟作物種植下去，收獲以後所有者分紅不會比以前出租少。葛金芳從一些碑文統計宋代田租市場價格最高五成，這是連農具、耕牛都是出租者提供的租金，這些由承租者自理會更低，恐怕是明代三成差不多。
這其實是明末張獻忠義子孫可望的“大西”政權在雲南實行的營莊製，由官方充當經營土地的經理人，由退役的普及了“心意把”武功的前軍人充當各地管莊，並且向農民傳授“心意把”，農武合一，恢複農閒練兵的府兵製，提純硝、硫、炭黑火藥原料也交給官營農莊，定期由軍器監收購配製成各種黑火藥武器。
這種措施當然免不了有一些阻力，不過大部分農民是支持的，強硬的態度和手段下，所有阻撓者都成了南方無敵鴛鴦陣的練兵對象，清剿安上幾條罪名免職抄家流放，收拾掉幾個出頭鳥後就很順利推行了下去，還分流了一部分退伍軍人。
這麼乾沈飛有一點擔心，就是耽誤城市化進程。古代實行府兵製的北魏到隋唐中期是商業相對不發達時期，現代蘇聯農業集體化從農業取得貢賦後投資到城市工廠飛速擴張，很快就安排農民進城居住和工作，伴隨著大規模城市化，而中國實行集體農業後，“精簡下放”、“上山下鄉”都是人口以千萬計的反城市化，必須引起警惕，城市工商、娛樂產業也要大力扶持發展。
要建立軍事動員體係還有些配套的工作，首要當然是人口普查，基本數據是知道的，曆史上五年以後1264年有過一次人口統計，5696989戶，不過宋代平均每戶人口隻有2到3人，一般研究認為隻是“納稅人”，其他人口不加入統計，葛劍雄估算這一時期人口在5800萬到6400萬之間，但是還是要普查一遍，算是把5年後的工作提前做了，還調查人口的職業、文化水平。
第二是變革南宋法律體係，提高佃戶的法律地位。明代佃戶法律地位和出租方是平等的，反而是雇傭工人有些類似奴仆式的“人身依附”，而宋代民間訴訟有“先彆尊卑、再分曲直”的慣例，這不僅不公平，還隱匿了人口，宋代的佃仆佃客和農奴無異，有留存到現代的法律文書名義上是買賣土地，實際上是交易依附於這些土地上的人口，當然要進行這種掩飾，肯定是不合法的，也容易整頓，把先彆尊卑這一條去掉，清查非法交易就行了。
隨後是變革科舉內容，建立從中央到地方各級軍校，促成科舉文武合一，把格鬥、射箭、兵法、練民兵演習列入科舉測試內容。兵法包括守城知識，戰區即使行政文官也需要考察帶兵守城能力，不合格者撤換，戰爭時如果文官棄城而逃嚴厲處罰，之前合州之戰、鄂州之戰也有脫逃的文官，全部砍了抄家，確立“不死於戰，既死於法”的規則。
宣傳合州大戰時沈飛把全城軍民和山水地形納入一個九宮幻方中，以數學指揮作戰最終取得大捷，說明數學的重要性，在太學和科舉中把數學設為必修課目，讓息風、霽雨、止雪、拂霜前去教授阿拉伯數字數學符合體係，推廣複式記帳法、線性規劃節省原料的開銷，把理學理論升級到明代中期羅欽順、王廷相的水平。
建立初步的宣傳機構，外庭官員搜集蒙古西侵和滅金屠戮曆史，點出金國治下大部分是南渡後被拋棄的漢人。宮內則由王翠翹組織演員編演五胡亂華、金國和蒙古入侵是抗擊戲曲，宋代皇宮裡就有教坊專門藝術團體，趙昀時楊太後就是為後妃藝術表演的“則劇孩兒”出身，第一部曲目以馮夢龍《精忠旗》為底本稍作修改，首演後聯係民間戲班開始在臨安城中演出。
這些計劃方案形成並初步實施時，派去“連結河朔”的梁天德、張經回來了，張經帶回來了二十六個“陝南六寨”幸存者和交好的江湖人物，全部收入三衙禁軍。梁天德帶回來了他在華山的鄰居幾家子，有女真人後裔，還有兩戶蒙古人，不知道是不是《昆侖》裡隨梁蕭參加元軍和偽軍的那幾個狐朋狗友的父輩，不過現在他們注定隻能是小人物了。
合州大敗，蒙哥和所有名將十幾萬大軍幾乎全軍覆沒的消息傳到陝西，蒙古人也產生了恐慌情緒，聽說南下有好的生計，梁天德又出高價買下了他們的所有馬匹，提了示範作用，就跟著一眾鄰居一起來了，這也不奇怪，記得後來土土哈介紹他父親原來是欽察汗國的人，萬裡迢迢走到陝西就是想過安穩日子的，不想承擔風險。
隻要讓他們在南方生活一段時間，點亮了他們搶劫以外的其他謀生技能，破除了不入在河裡洗手洗澡、洗衣晾曬，誤認為這樣會引來電閃雷嗚觸怒神靈之類的迷信，自然可以把他們和那些生活在草原上的蒙古兵區彆開來，正好第一批合州的蒙古俘虜三千多人也運送回來了，選出10人加入軍事情報部門樞密院速機房，把他們打散了全都安排進各地官營農莊。
和梁天德一起回來的還有華山玄音道長和他的三個弟子，羽清羽靈和剛收下的了情（林慧心），了情已經收養了啞兒，他們屬於全真派，安排玄音道長主持杭州玉皇山福星道院，給了他和了情各一瓶五寶花蜜酒和全套全真、華山派內外武功，相當於暗中收服建立了一個江湖門派。