那次是力天使入侵，碇真嗣駕駛初號機在千鈞一發之際撞碎了指揮大廳的牆壁，將力天使從指揮大廳中打了出去。
對於這段戰鬥他的印象還是比較深刻的，在一次次和使徒的對戰之中，這也算得上是他的高光時刻了，單挑最強使徒，然後借用發射eva的彈射裝置硬生生把兩個人送到地麵，避免了進一步破壞。
在沒有其他兩位駕駛員支援的情況下，獨自麵對力天使甚至是差一點戰而勝之，如果不是後來沒電了，他真的有可能靠著自己的力量將力天使的s2機關摧毀。
不過也是因為後來沒電了，力天使成了諸多使徒之中死的最慘的一個，被硬生生的吃掉了，現在初號機體內正在使用的s2機關，也正是力天使的那一個。
對那場戰鬥印象深刻的碇真嗣，自然也清晰的記得指揮大廳內部的地形圖，事實上那場戰鬥距離現在並沒有太久時間，指揮大廳的一側牆壁上還能夠看到臨時將大洞修補起來的預製板。
初號機輕鬆的將這層臨時補上去的牆壁拆開，在指揮大廳的下方，就是三賢人係統的主機，即便是已經被淹沒，指揮大廳的地麵還閃爍著一陣陣微光，那是設備指示燈，作為人類最重要的堡壘之一，這裡的防護是足以對抗核打擊的，即便是第三次衝擊，也沒能讓這裡的設備停機。
初號機從自己的身上取下特質的大號改錐，開始對基地進行拆除，隻要將指揮中心的艦橋拆除下來，就可以取出裡麵的主機了。
作為在這裡生活學習了許久的駕駛員，他對於這片區域還算是比較熟悉，巨大的指揮中心艦橋。此時在他的眼中大小也不過就相當於車輛的引擎蓋，隻要把幾個固定區域的螺栓撬開，就可以將裡麵的主機取出來了。
隻是他並沒有注意到主機正在運轉，甚至還保留了對基地的相當程度的操控能力。
正常人也不會覺得，已經泡在水裡的主機還能做些什麼，能讓指示燈亮起來就已經相當誇張了。
與此同時，一個隱秘的空間之中，一塊塊石碑浮現出來，石碑上麵是一張擁有七隻眼睛的麵具，蛇，以及蘋果，同時還有若隱若現的大腦圖桉浮現在上麵，不同的數字編號代表著不同的人，此時正在這片空間之中交流著。
他們正是新世紀福音戰士這個世界中最神秘的組織之一，seee
一直以來這些人都在暗中掌控著人類，各國的政府內部都有他們的眼線和臥底，科技水平更是首屈一指，技術領先全人類的nerv，也隻不過是他們推到前台的特務機構罷了。
此時這些石碑正在閃爍之中交流。
“劇本出現了問題，這次又不是我們期待的結局。”
“那儘快進行重啟吧”
“那孩子正在嘗試拯救這個世界，初號機被重新啟動了，這也不在劇本之中。”
“不必管他，繼續進行重啟，儘快派出量產機打撈莉莉絲遺體，亞當胚胎正在蘇醒，當他蘇醒後，人類就無法成為融合的主導者了，不要節外生枝。”
“但三賢人係統似乎正在作出反應。”
“那個瘋女人嗎隨他去吧。”
完成了這一係列對話之後，石碑又重新暗澹了下去，仿佛什麼都沒有發生一般，然而，在巨型綾波麗砸出的大坑之中，正有一隻隻禿鷲一般的量產機，在天空中盤旋，手持量產版的朗基努斯之槍，俯衝到海水之中，嘗試對莉莉絲的身體進行打撈。
藍諾已經觀測到了這一幕，不過並沒有打算出手，seee能夠在一次又一次重啟的過程中，將自己的記憶保留下來，那他們自然也可以找到辦法將記憶保留。
正好世界重啟也可以讓那些因為使徒而死去的人複活過來，未必就是一件壞事，阻止seee和這個世界其他的災難，完全可以在重啟之後進行。而且這剛好可以作為對碇真嗣的一場考驗
nerv的指揮大廳之中，綠色的指示燈閃爍的越來越急促，緊接著指示燈竟然驟然轉化成了紅色，整個指揮大廳之中都亮起了醒目的紅色燈光，似乎是意味著即將有什麼危險要發生。
碇真嗣也感到了極度不安，隻覺得整個基地仿佛都對他充滿了惡意，此時他已經成功拆除了指揮大廳的外殼，麵前那個直徑五六米的球體，就是係統的主機了。隻要把這東西帶回地麵，就算任務完成。
然而一聲聲爆炸和斷裂的聲音在他的耳邊響起，鋼筋斷裂摩擦的聲音接連不斷，指揮大廳的棚頂也開始扭曲起來，原本就已經隻剩下殘垣斷壁的基地，這時候仿佛是要徹底崩潰掉了一般。
碇真嗣一把抱住主機，將上麵連接的電纜全部扯了下來，隨後朝著房間的角落翻滾而去，不得不說，作為一個地震多發的國家，有關於遇到地震之後應該如何躲避的教育已經深入人心，碇真嗣下意識的就來到了房間的角落，在這裡就算是棚頂塌下最多也就是將他困在這個角落之中，牆角的結構可以有效的保護他，然而他不理解的是，剛剛基地為什麼突然啟動了自爆程序，那接連不斷的爆炸聲明顯不是正常現象。
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