第468章 大基因組組裝_重啟2007,從學霸到學閥_思兔閱讀 
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第468章 大基因組組裝(1 / 1)

“對於二代測序ngs技術,在座的各位都已經了如指掌。目前可供選擇的並不算多,特彆是iuina測序,憑借著高通量、低成本,已經逐漸變成主流。”

“但隨著需求的變化,相信大家都能體會到,二代的讀長實在太短,常規模式隻能測pe150的長度。在這樣的背景下,三代測序技術應運而生。”

此句說完,下麵不少人都跟著點頭,顯然深有體會。在這裡聽報告的,不說全部都是做研究的教授學者,但起碼都是相關從業人員。

陸時羨沒說什麼虛頭巴腦的東西,隻有真正上手操作過測序工作才能切身體會到。

“小陸說的確實是實話,不過就目前而言,讀長短的劣勢可以運用軟件算法進行優化改良,最後呈現出來的效果也還算不錯。”台下顧洪雅教授小聲地說出了多數人心中的想法。

沒有人不怕麻煩,到了一定的年齡,人們探索新事物的動機就會下降,改為以經驗來看待事物,這樣就容易過於依賴經驗,滿足於用老經驗老方法來解決問題。

這也就是原來的東西隻要還能用,幾乎沒人願意花費大量精力去學習的原因。

話雖然這麼說,但沒人去反駁和打斷陸時羨。

成功者掌握話語權。

人家都用三代測序在基因重組上作出了新突破,並成功在頂刊上發表了,那肯定是你說什麼就是什麼。

顯然,這個時候要想引人注目,就必須得畫一個好看並且誘人的大餅。

於是陸時羨開始了他的畫餅操作。

“首先,我先介紹一下我在耶魯大學時的研究內容。"

“眾所周知,三代測序技術的實質是無需進行pcr擴增操作,實從而現對每一條dna分子的單獨測序。基於第三代測序技術的這個特點,我們通過有效基因具備的特殊編碼——起始密碼子、終止密碼子,以及編碼基因序列特征,組裝了數十個樣本和水稻的高質量基因組,繪製了首個芒屬基因組變異圖譜,構建了世界第一個高質量圖基因組。“

“然後我們通過係統發育和比較基因組學手段了解到這種植物遠緣雜交後的基本情況,解析了這個過程中的基因組變異過程。與此同時,我們根據基因組變異和水稻的表型組數據關聯,發掘出許多與表型顯著關聯的重要性狀相關位點,如控製葉綠素合成性狀的穀氨酸1半醛轉氨酶gsaat)基因等......“

“另外,正是通過這個實驗,我們真正了解到一種遠緣雜交植物的基因變異和物種進化過程。因為兼具芒屬和蘆竹屬的特點,後來我將其命名為歐洲蘆芒,目前已經在國際植物命名法規上注冊。”

陸時羨花了不到五分鐘的時間將之前發表在science上的成果簡單報告了一下。

而現場也不複之前的平靜,開始有一些討論聲出現。

不懂行的人,會覺得發現一個新物種並且給它起了一個國際通用的名字,這實在太酷啦!

而懂行的業內人士,思考的是這種方法在其他物種、甚至是其他領域的可能性,他們敏銳地感覺到這個技術的可塑造和發展性。

不愧能夠登上science的封麵文章,它有廣闊的未來。

陸時羨剛剛所說的部分,實際上這才算此次報告的開胃菜而已,他還有更大的乾貨即將拿出來,也即將解答這些人的疑問。

“下麵我將在這份成果的基礎上,做些許延申和展望。裡麵的許多內容都是我個人的一些想法,還未經過實驗證實,但它仍代表著我對三代測序技術未來發展方向的看法。”

陸時羨按動手裡的遙控器,大屏幕上的ppt開始切換,最後顯現出幾個大字。

【大基因組組裝】

“隨著基因組測序技術的發展,三代測序技術的成本會大幅度下降,通量會呈現指數倍增加,讀長也會以超過百倍的速度提升。”

“未來會有越來越多的生物已經完成了全基因組密碼破譯,那麼當類似歐洲蘆芒這種植物基因組大小僅有不到2.12gb的植物被研究完成,我且將其稱之為小型基因組。"

“那麼未來的發展趨勢就會逐漸轉移到裸子植物或者兩棲爬行動物這種大型基因組甚至是超大型基因組上。關於植物基因組的大小我猜測有兩個原因。”

“一個是多倍體或全基因組的複製,引起了植物基因組大小的增加,另外一個原因可能是是拷貝數的變化,會導致植物基因組大小發生變化,比如說dna重複序列在大多數植物中占據基因組dna序列的大部分,以幾百萬個拷貝的形式出現。”

陸時羨話音剛落下,全場就陷入了震撼中。

沒有人不感到震驚,因為這是很顯而易見的事情,並不難聯想下去。

既然植物可以進行高質量基因重組,繪製基因組變異圖譜,那麼運用到動物上並不是不可能。

更深一步想,人類自身是否也能借此建立出屬於自己的高質量參考基因組?

其實,這是一個非常嚴肅的問題。

陸時羨現在在這裡提出這個東西,也有這方麵的考量。

他在米國第一個提出三代測序技術的新應用其實也是無奈之舉。

技術是老米發明的,就算沒有他,人家遲早會發展出來,他很清楚這個時間並不會太晚。

倒不如成為第一個吃螃蟹的人,擁有先發優勢的他,也會擁有更大的影響力。

這樣或許能夠讓華國加入基因組領域最主要的兩個國際聯盟:國際人類泛基因組聯盟和國際t2t基因組聯盟。

就算是在後世,裡麵的重要成員都是來自國外的大學和研究所,我國研究機構和人員並不在內。

很少有人知道,就在數年前,在人類基因組計劃的基礎上,米國就已經正式提出全新的大科學計劃——精準醫學計劃。

這個計劃的最終目標是測定每一個人的基因組,也稱為“全民基因組計劃”。

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