＂傳說中在鈴鈴塔被燒毀時，有三隻精靈被燒死在了塔中。後來被鳳王救活，並給予能量變成了水君、炎帝和雷皇。從這點就可以看出鳳王擁有給予其他精靈力量，使其個體受到優化的特殊能力。”大木博士向小智、花子、皮卡丘講述自己的猜測，“假如鳳王用這個能力優化了小智，那一切就解釋的通了。而且常磐市附近也有一個人看到空中有一隻紅色精靈飛過，雖然沒有照片，但也讓小智的話的可信度提升了。”
接著，就是一係列繁瑣的身體檢查，確定小智和皮卡丘沒有變成其他物種以後，才和已經放心了的花子回到小智家中。
雖然鳳王是罪魁禍首的說法漏洞百出，但無論是大木博士還是花子都完全相信了這種說法。
畢竟在排除所有假象後，無論剩下的答案多麼荒繆，但那肯定就是真相了……才怪。
還有一種可能，那就是——還有一個更荒謬的真相！
“雖然當初剛穿越的時候，確實感覺靈魂要被撕成兩半了…”小智捂著臉說到，“但沒想到真被撕成兩半了。”
“彼此彼此，我也沒有發覺記憶缺了一部分。”皮卡丘也用小短手做出了一個捂額頭的動作，“虧我還去對小智的人品進行觀察，誰知道完全做了無用功…”
之前說過的吧，當初穿越的時候主角覺得自己要被分成兩半了。其實，也確實被分成兩半了。
大約70的靈魂穿越到了皮卡丘身上，剩下的30…則潛伏在了不遠處的小智身上。
本來嘛，隻憑30的靈魂，主角是不可能從已經在這個身體裡呆了10年的小智手裡搶過身體的。實際上，彆說搶身體了，進入小智的身體後10分鐘，那30的靈魂就開始沉睡了。
70的靈魂可以自由的用皮卡丘的身體裡活動，不代表30的靈魂可以長時間保持清醒狀態。
一直沉睡了三天，那30的靈魂才略微恢複了一點，在受到皮卡丘的兩次電擊刺激以後才醒了過來。
然後，在穿越時就進入主角靈魂的某係統出問題了。係統是靈魂綁定的，自然和靈魂一起被劈成兩塊了，但和不少雙胞胎一樣，兩個係統也能互相感應的，發覺還有另一個係統存在，可本質上還是一個，係統就想重啟再變回一個係統。
但現在和係統綁定的靈魂又有兩個，變回一個以後又不知道改到哪個靈魂裡去，就想把小智體內30的靈魂抽出來，丟到皮卡丘的身體裡去。
但皮卡丘和人類是不同物種，對靈魂的容量沒有人類那麼大，裝一個人類70的靈魂就是極限了，再塞也塞不進去。
然後係統就想把兩部分靈魂一起裝到小智的身體裡去。但是之前再皮卡丘身體裡的係統已經根據其神奇寶貝的身份設置好了，變成小智以後這一部分的係統就沒法用了。就算重啟也不能把已經設定好的係統完全推倒重來，隻能略作修改。可再修改也不能用。
所以，係統經過長時間的死機以後，決定基本保持已經在皮卡丘體內生成好的係統，再把小智體內那部分生成一個子係統。把這個問題勉強應付過去了。
順便說一下，原小智的靈魂，應該已經在係統的這一通亂搞之下，徹底崩潰，變成子係統讓小智體內那部分靈魂恢複的養料了。小智身體的改變，則是為了讓那部分靈魂能更好的適應身體。
至於第二次昏迷，是係統讓兩個靈魂之間聯係加深而搞出來的。順便把兩部分靈魂的記憶共享了一下。
“嗯，這樣一切都解釋的通了。但”小智吊著死魚眼看著皮卡丘，＂你為啥知道的那麼詳細？＂
皮卡丘什麼都沒說，隻是在小智麵前調出改版後的係統光屏。靈魂覺醒後，小智雖然不能操作主係統，但也看得見主係統的光屏。皮卡丘也看得見小智的子係統的光屏，但不能對子係統進行操作。
無視了寫著《百萬技能係統20》的標題，小智看著那長長的係統通知，眼皮直跳。
＂叮，宿主靈魂完全恢複，係統更新……＂
＂叮，宿主靈魂異常，係統重置……＂
＂叮，重置失敗，失敗原因宿主70靈魂所在軀體無法完全容納。係統分析處理方法……＂
＂叮，係統更改處理方法……＂
＂叮，重置失敗，失敗原因係統類型錯誤，無法啟動。係統分析處理方法……＂
＂叮，係統更改處理方法……＂
＂叮，子係統生成完畢，檢測到崩潰狀態靈魂能量，對宿主靈魂修複中……＂
＂叮，係統更新……＂
＂更新完畢＂
＂叮，對宿主兩部分靈魂進行記憶共享完畢。＂
＂叮，本次更新1生成子係統（宿主櫻井智），原係統更新為主係統。2新增商城功能。3主係統宿主數據化程度加深，自我鍛煉提升效果減弱。4任務欄改版，自由屬性點獲得更簡單，每日放送日常任務，觸發特殊事件發布支線任務。5取消特殊技能[探測術],但可以再係統中查看友軍戰力。
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