所謂三寶，指的乃是精、氣、神。精，是自身精血；氣，是自身法力；神，是自身心念神識。
這部真經由簡而繁地闡述了精、氣、神人身三寶，講明各自功用，又以此為基衍生出三類修行法門。
煉精之法喚作“太元真身”，乃是增強體魄的功法，到極致時可修煉成一具不死不滅的軀殼，神魂寄托其中，便能長久存活下去。
煉氣之法喚作“抱元仙法”，乃是將天地元氣化為自身法力的法門。從根本而言，與諸家煉氣門派的功法無異。
煉神之法喚作“一念成神”，卻是教人鍛煉神識的法門。有成之後，神魂不受肉身拘束，可出竅神遊，一念降臨大千。
陸吾倚仗為根本的長生法門乃是五嶽真形決之法，達成元神之後，肉身便可隨意丟棄，是以他對那煉精之法隻掃了一眼便不去看了；而經文上的煉氣之法不見得就比他自家的煉氣法門高明，略一打量便也不再上心；最後那煉神之法卻正是他心喜之由。
煉氣士的修為每進一步，自身法力便精純一分，神魂也更凝練一分。直至到了元神境界，魂魄便能悉數與法力相合，從此便能打破肉身拘束，超脫壽限輪回，悠遊天地長生不死。
而《先天混元三寶經》中所載的煉神之法，卻是在修行路上另辟蹊徑，大大有異於諸家煉氣功法。修煉這一法門，完全拋開了法力與肉身，直接由神魂入手，鍛煉心神念力。
此法由初習到大成，共分九重，一一對應煉氣功法的九重境界，分是後天、先天、歸元、合氣、金丹、元嬰、元神、合道、混元。
第一步凝魂，乃是依照秘法錘煉神魂，使其凝練；
第二步結念，便可借心念之力驅策外物；
第三步罡煞，卻是取陰煞、陽罡與神魂相合，使念力壯大；
第四步出竅，乃指神魂能脫離軀殼而不消散；
第五步化身，乃指神魂修煉有成，可如元嬰一般離體長存；
第六步元神，則與煉氣修行中的元神境界一般無二，已不需再托庇於肉身，從此長存不滅；
剩下得三步已與煉氣修士並無差彆。
陸吾細細研讀，發現這“一念成神法”對自家助益不小，隻待修習有成，使神魂、念力壯大了，到時將心神與法力相合便輕易可成。且修煉這一功法另有好處，可使其法力與念力齊頭並進，長生之路便又多了一份助力。
仙流之中也不是沒有修這煉神之法的，譬如佛門密宗有一門“金剛念法”，便是驅使神魂念力加持自身，用來避易外魔；禪宗有一門“乘龍念法”，用以飛騰穿梭；仙流門戶遁甲宗，擅使一門“土地神念法”遁跡挪移。
隻是那幾家的煉神之法並不完善，算不得完整道統，雖稱是“法”，其實不過是一樁小“術”而已。《先天混元三寶經》中所載的“一念成神法”乃是真真正正的長生大法，以此為根本專一修行，卻也能達成長生。
將煉氣之法與煉神之法做了比較，陸吾心底有了明悟“煉氣功法入門艱難、耗時長久，但修為提升上一個境界，壽元便有增加，就算最終未能修成元神，也有千百年壽命享受；煉神之法入門容易，但以神魂修行風險卻大，且若不能修成元神，壽元便與凡人一般無二，百年之後便歸塵土了。這兩樣功法各有所長，孰高孰低卻不好說。”
回程還要花些工夫，他當下無事，便依著“一念成神”的第一步功法在神幡之上修煉了起來。
閉目凝神，默念經文，在心中觀想出自家身影，使其不斷壯大，最終充斥天地。一番施為之後，他忽又睜開眼來，詫異道“咦！怎地一下就成了……”
那玉簡中說，初習此法總要費上一番工夫，何時能在觀想中讓自家身影充斥天地，感應方圓裡許的諸般動靜，這才算是入了門。陸吾卻依法施為，卻未費力便將周遭五裡內的諸般動靜悉數感應了個清清楚楚。
思量片刻，他忽地笑了，心道“精、氣、神三寶同在生靈身上，不管所修功法以其中哪樣為主，對另外兩樣也有好處。
比方說以煉氣為主，修煉出來的法力亦可滋養肉身、神魂；
以煉精為主，精血壯大之後，自身元氣、神魂亦會跟著壯大；
而以煉神為主，得念力加持，操控起肉身、元氣來便更得心應手。
我如今已有了合氣境界的煉氣修為，一身法力也算渾厚，神魂早得了滋養，再來修行煉神之法，入門自然不難。況且我是兩世為人，那卻也算是一種心神修行。”
想到這裡，陸吾便開始琢磨“一念成神”的第二步功法。
約莫過了一炷香的光景，他在心中將結念的法門儘數吃透，隨後便將目光落在路邊一塊拳頭大小的石子上，心念一動，默念一聲“起！”但見那小石頭陡然一震，旋即搖搖晃晃地飛來他麵前懸停了住。
未用法力，隻憑心念便能驅策外物，陸吾立時便迷上了這種手段。他一邊驅使那小石頭不住地繞圈飛旋，一邊想到“這煉神之術真個神奇！若是我修煉大成，日後見了不順眼的，動動念頭便搬起一座大山來壓他，那該多爽利！”
便在這時，遠處一陣法術攻殺之聲，陸吾心中一驚，那小石頭失了念力加持，頓時“啪嗒”一聲落在了地上。驅使神幡躲到了隱蔽住，他運起目力遙遙望去，卻見那爭鬥的人中有兩個是自家相熟的。