一開始，王守仁來了個疑兵之計。
他深知如果寧王順長江東下，那麼應天肯定保不住。
作為留都的應天丟了，叛軍在政治上就會占有一定的主動，平叛就會有困難。
當時王守仁平定盜賊後兵符已上交兵部，手中無兵。
在江西境內的朝廷官吏都來幫助守仁，又在袁州聚集各府縣士兵，征調軍糧、製造兵械船隻。
王守仁假裝傳檄各地至江西勤王，在南昌到處張貼假檄迷惑宸濠，聲稱朝廷派了邊兵和京兵共八萬人，會同自己在南贛的部隊以及湖廣、兩廣的部隊，號稱十六萬，準備進攻寧王的老巢南昌。
為爭取時間集結軍隊，又寫蠟書讓朱宸濠的偽相李士實、劉養正勸宸濠發兵攻打南京，又故意泄露給宸濠。
此時，李、劉二人果然勸宸濠進兵南京，宸濠大疑，按兵不動。
寧王猶疑不定，等了十多天，探知朝廷根本沒有派那麼多的兵來，才沿江東下，攻下九江、南康兩城，逼近安慶。
而在朱宸濠率兵六萬自九江沿江而下、窺伺南京的時候，王守仁已經率領倉促組建的八萬平叛軍，直搗寧王的老巢——南昌，迫使朱宸濠回援。
當時有人建議王守仁往救安慶，他不肯，分析說：如果救安慶，與寧王主力相持江上，而南康和九江的敵人就會乘虛攻我後背，我們腹背受敵；而我們直搗南昌，南昌守備空虛，我們的軍隊銳氣正足，必可一舉而下；寧王必定回救，到時我們迎頭痛擊，肯定會取勝。
後來的事實果如王守仁所料。
此時守仁大軍已集結完畢。
宸濠精銳都前往安慶，留守南昌的兵力空虛，守仁率兵攻打南昌，宸濠回兵救南昌。
最終雙方在鄱陽湖決戰，經過三天的激戰，寧王戰敗被俘，寧王叛亂曆時35天後宣告結束。
然而，平叛大功卻沒有得到武宗的認同。
武宗身邊的佞幸之臣，平時與寧王交往密切，心態極端複雜。
一些佞幸之臣希望王守仁將朱宸濠釋放，然後再讓已經南巡的武宗親自“擒獲”朱宸濠，以滿足武宗的虛榮心。
麵對這樣複雜的情勢，王守仁急流勇退。
他將朱宸濠交付當時尚屬正直的太監張永，然後稱病，以避免卷入更多的政治事端中。
所以，終武宗一朝，王守仁平叛之功沒有得到朝廷的封賞。
直到世宗即位以後，王守仁才加官晉爵。
正德十六年1521年），明世宗即位，由藩王入繼大統的世宗，在對王守仁有過短暫的賞識之後，便對這位非常能乾的臣子采取了冷漠的態度。
在世宗即位之際，王守仁因父老請歸，世宗說王守仁有擒賊平亂之大功，正要論功行賞，不許他辭官。
同年七、八月，先升其為南京兵部尚書，不許他推辭，稍後又準許他順路回去探視父親。
不久，加封王守仁為新建伯，世襲。
嘉靖元年1522年），父親王華去世，王守仁回鄉守製。
嘉靖六年1527年）九月，在赴廣西平叛前夜，他在天泉橋留心學四句教法：無善無惡心之體，有善有惡意之動。知善知惡是良知，為善去惡是格物。
嘉靖六年1527年），思恩、田州的民族首領盧蘇、王受造反。
總督姚鏌不能平定，於是下詔讓守仁以原先的官職兼左都禦史，總督兩廣兼巡撫。