母親鄭媼，在1332年生下馬氏不久就去世了，馬公沒有兒子，視馬氏為掌上明珠。馬氏自幼聰明，能詩會畫，尤善史書，性格也頗倔強。
馬氏的父親馬公因為殺人避仇，逃亡他鄉，臨行時將愛女托付給生死之交郭子興。
鄭媼早卒，其後馬公也客死外地，郭子興越發可憐此女孤苦，收為養女。
郭子興教她文化知識，夫人張氏則手把手教她針織刺繡。
十幾歲的馬氏聰明無比，凡事一經指導，馬上知曉。
年近二十的馬氏，模樣端莊，神情秀越，還有一種溫婉的態度，無論何等急事，她總舉止從容，並沒有疾言厲色，所以郭子興夫婦很是鐘愛馬氏，一直想給她找一個好夫婿，使她終身有托，不辜負馬公遺言。
1368年洪武元年）正月，朱元璋登基於應天府今南京），國號大明，建元洪武，冊立馬氏為皇後。
馬皇後有五子，其中朱橚最為年幼，性格放蕩不羈，長大後被封到開封做周定王。
馬皇後對他極不放心，周定王臨行時，便派江貴妃隨往監督，還把自己身上的舊布衣脫下來交給江貴妃，並賜木杖一根囑咐：“周定王有過錯，可以披衣杖責。如敢違抗，馳報朝廷。”
從此一見著慈母的舊布衣，周王便生出敬畏之情，不敢胡作非為。
以嚴為愛是馬皇後對待子女的原則。
對寧國公主、安慶公主，馬皇後也要求她們勤勞儉樸，不能無功受祿。
而對待朱元璋的義子沐英、李文忠等，她慈愛有加，細心照顧視為己出。
諸王的師傅李希顏因一小王頑皮不聽話，常用體罰懲治。
一天，李希顏用筆管戳了一下一個小王的額角，小王便哭著到朱元璋處訴苦。
元璋大怒，正要發作，馬皇後急忙從旁勸解說：“烏有以聖人之道訓吾子，顧怒之耶！”
朱元璋覺得有理，不但沒有懲辦希顏，反而提升他做左春坊右讚善。
馬皇後雖貴為皇後，每天仍親自操辦朱元璋的膳食，連皇子皇孫的飯食穿戴，她也親自過問，無微不至。
宮人或被幸得孕，馬皇後倍加體恤，嬪妃或忤上意，馬皇後則設法從中調停。
馬皇後在內宮的治理工作上“講求古訓”，並注意借鑒前朝的經驗。
她覺得宋朝有許多賢惠的皇後，便命女史摘錄她們的家法，經常翻閱查看。
有人說，宋朝的皇後太過仁厚了吧？馬皇後反問道：“過於仁厚，難道不比刻薄更好嗎？”
有一天，皇後問女史：“黃老之學是什麼，漢朝的竇太後卻非常地喜歡？”
女史說：“黃老之學把清靜無為作為根本。像棄絕仁義，讓老百姓注重孝順友愛，這就是它的教義。”
馬皇後說：“孝順友愛就是仁義，難道有讓人棄絕仁義卻去講究孝順友愛的嗎？”
馬皇後對於宮女也非常愛護，朱元璋曾經非常生氣地責備宮人，馬皇後也假裝生氣，讓人送到宮正司定罪。
朱元璋詢問為什麼？
馬皇後說：“作帝王的不因喜怒而隨意的賞罰。當您生氣的時候，恐怕有所偏重。交付到宮正司，就能判定的比較合理了。也就是說陛下您定人罪也應該交付到有關的部門罷了。”
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