英宗病重，門達蓄意勾結王綸，欲除掉李賢。
他們的陰謀被朝臣揭發，憲宗大怒，結果王綸被斬，錢溥被貶，門達因他罪並發，“論斬係獄，沒其資巨萬”。
而與此同時，李賢則進少保、華蓋殿大學士，知經筵事。
憲宗十分倚重李賢，李賢也“以受知人主，所言無不儘”。
但李賢輔政不久，即於成化二年冬卒。
成化元年1465年）正月，任命都督同知趙輔為征夷將軍，總領所有總兵，征討廣西瑤族的叛亂。
三月，四川山都掌蠻進行暴亂。
十二月，韓雍大破廣西大藤峽的瑤族叛亂者，將大藤峽改名為“斷藤”。
成化二年1466年）正月，結束團營建製。
三月，朱永在南漳大破荊、襄賊地區的亂匪頭目劉通，並擒拿劉通。
他的黨羽石龍逃走後轉而進入四川。
七月，毛裡孩進犯固原。
八月，又進犯犯寧夏，寧夏都指揮焦政戰死。
十月，朱永擒拿匪首石龍等人，荊襄地區的亂匪被平定。
十二月，大學士李賢逝世，朱見深命太常寺少卿兼翰林院侍讀學士劉定之進入內閣處理機務。
這個月，斷藤峽的瑤族亂賊再次暴亂。
成化三年1467年）正月，朱見深授朱永為平胡將軍，和楊信一起征討毛裡孩。
三月，朱見深封商輅為兵部侍郎，再次進入內閣。
九月，鑒於建州女真屢屢犯邊，明廷集結五萬大軍以總兵官趙輔掛靖虜將軍印為總指揮。
左都禦史、遼東總督李秉為副總指揮。
兵分三路：左路出渾河、柴河越石門、土木河至分水嶺；右路由鴉鶻關、喜昌口過鳳凰城黑鬆林，摩天嶺至潑豬江；主力自撫順經薄刀山、粘魚嶺過五嶺渡蘇子河至古城。
同時諭令朝鮮出兵協助，朝鮮兵先到討平，國王遣吏曹參判高台弼獻俘京師。
憲宗嘉獎了朝鮮將領魚有沼，降勑賜銀五十兩，段絹各四疋。
又解送被女真人所擄走的人口。
十月高麗兵回國。
十二月，左庶子黎淳再次提出明景帝時期廢黜太子的事情，朱見深說：“景泰年間的事情已經過去了，朕不會在意，況且這些也不是臣下當說的。”
成化七年1471年），任命王恕為刑部侍郎，總理河道事務。
十一月，朱見深立皇子朱佑極為皇太子，大赦天下。
成化十一年1475年）十一月，立皇子朱佑樘為皇太子。
十二月，恢複郕王朱祁鈺的帝號。
憲宗在位後期，怠於政事，不見大臣。
群臣奏事均經由內廷中官。
一四七一年，大學士彭時、商輅等借口彗星久現，力請朝見。
憲宗在奉天門接見閣臣。
彭時奏稱“天變可畏”，憲宗說“卿等宜儘心”。
又奏：禦史疏請減京官俸，文官可武官不可。
憲宗說，是。
萬安等叩頭呼萬歲。
彭時、商輅也都退下。
憲宗隨即退朝。
朝野傳笑，說是“萬歲閣老”。
從此以後，直到憲宗病死，再不召見大臣。
憲宗以少年天子，怠於政事，與掖庭嬪妃以至侍女宮婢。
大學士萬安迎合帝意，進獻媚藥及房中術。
都禦史李實、給事中張善等諫諍風紀之臣，也向憲宗獻房中秘方求官。