憤怒的兩晉南北朝！
劉牢之的加入，讓孫恩飽受打擊，剛開始攻克會稽等八個郡時，得意地對部屬說“天下再沒有大事了，我們很快就能穿上朝廷的官服，前往建康！”部屬們都異常興奮，紛紛附和，變著花樣奉承孫恩。
但當劉牢之的軍隊抵達錢塘江北岸，孫恩大為驚恐，勉強告訴部屬“我們保住錢塘江以南的地區，至少還可以當越王勾踐。”部屬們內心慌亂，隻得默默點頭稱是。
399年12月26日，北府軍浩浩蕩蕩地渡過錢塘江，孫恩自知大勢已去，強打精神對部屬說“我不認為逃跑有什麼可羞恥的。”部屬們心說我去你大爺的吧，老子早知道你這麼沒用，何必拋妻棄子趕來投奔，現在想想真是愚蠢之極！
孫恩本是白手起家，倒也不覺有什麼可惜，率領男女二十多萬人，迅速向東撤退，沿途把很多金銀財寶和美女拋棄到路邊，以此製造路障，阻擋政府軍的攻勢。
士兵們果然禁不住美色和錢財的誘惑，紛紛展開瘋狂的搶奪，孫恩借此機會，得以從容不迫地重回海島。
孫恩到底是研究人性的，這種事做起來真的是遊刃有餘。
政府軍經過孫恩這一鬨，全都動了歪心思，趕跑了變民集團，自己變得比他們更加凶殘可怕，打砸搶奸，遍地可見，良家百姓無不大感失望，這些人日夜盼望官軍前來解救，結果剛出虎口又入狼穴，僥幸存活下來的百姓紛紛向四方逃奔，郡縣之內一片荒涼，幾乎看不到人煙，直到一個多月後，才有人試探著返回。
雖然過程異常悲慘，但孫恩之亂的第一回合總算告一段落。
司馬元顯深知孫恩用不了多久定會卷土重來，於是任命徐州督導官謝琰為會稽郡長，兼揚州五郡軍區司令長官，率徐州州政府的官員，沿東海駐防戒備。
當時司馬元顯主管朝廷機要，人們稱司馬道子家是東府，司馬元顯家是西府，東府門前冷落清靜，連地上啄食的麻雀都不受驚擾，可是西府門前卻車馬成群，擁擠不堪。
司馬元顯挨過了孫恩之亂後，更加得意忘形，下令朝中三公部長級以下的所有官員見了他都要叩頭參拜，以示尊敬，而且不顧國庫空虛的慘狀，拚命貪贓枉法，家中財富遠遠超過朝廷，極儘奢侈。
國內人心思變，朝中寡廉鮮恥，無疑讓掌握兵權的地方官員發覺某種機會的到來，紛紛蠢蠢欲動起來。
荊州督導官殷仲堪對江州督導官桓玄的跋扈野心，深感憂慮，終於決定打破三角穩定關係，與雍州督導官楊佺期結成姻親，約定互相救援，共抗桓玄。
桓玄警覺到自己的危險，於是上書朝廷，要求擴大自己的軍區範圍，以增強自身實力，並拉攏黨羽。
司馬元顯有意從中挑撥離間，製造上遊地方官員之間的內亂，以解除對建康的威脅，於是加授桓玄荊州四郡軍區司令長官，又任命桓玄的哥哥桓偉代替楊佺期的哥哥楊廣，出任南蠻保安司令官一職。
楊廣極不情願地把此事報告給弟弟，楊佺期頓時憤恨不已，準備動用武力拒絕桓偉赴任，殷仲堪卻擔心落人口實，堅決勸阻了軍事行動，為了表示彌補，派楊廣擔任宜都建平二郡的郡長。
殷仲堪的性格固然保守，桓玄卻是雷厲風行的人物，不等殷楊二人發難，率先出動軍隊攻克了江夏郡，並俘獲了郡長、楊佺期的堂弟楊孜敬。
楊佺期終於忍無可忍，動員軍隊建立大本營，聲稱援救洛陽，實際打算與殷仲堪聯合攻擊桓玄。
之前殷仲堪與楊佺期有約定，說要共進退，但此時殷仲堪卻又忽然猶豫起來，擔心除掉桓玄之後，楊佺期會不受控製，反倒不如現在的局麵喜人，互相牽製著誰也不敢太出格。
楊佺期頓覺無語，但也終於沒能發動大軍東下，桓玄躲過一劫。
可是三人互相牽製的局麵早就鬆動了，桓玄已悄悄準備行動。
本年荊州大雨成災，殷仲堪拿出所有倉庫的存糧，賑濟轄區的災民，桓玄就趁著荊州糧秣不足的絕佳機會，動員軍隊西上，向殷仲堪發動大規模攻擊，但表麵上也是宣稱要援救洛陽，並寫信給殷仲堪說“楊佺期身受國家厚恩，卻放棄皇家墳墓，我們應該共同討伐，我現在順沔水而上，如果我們見解相同，請捕殺楊廣，如果不然，我就率軍進入長江。”
當時巴陵還有存糧，桓玄先派人先行奪取，半路上碰到了梁州督導官郭銓，他正前往州政府赴任，桓玄於是假稱朝廷密令郭銓擔任前鋒，並把江夏俘虜的楊孜敬的部隊，交給郭銓，讓他督促各路兵馬同時並進，然後秘密通知哥哥桓偉作為內應。
桓偉麵對這種突發狀況卻不知如何是好，竟把信拿給殷仲堪，殷仲堪驚恐之下囚禁了桓偉作為人質，並讓桓偉寫信給桓玄，勸他停止軍事行動，措辭十分悲苦。
桓玄接到信件，部屬們都勸他三思而行，不要害了桓偉的性命，桓玄卻並不擔心，胸有成竹地說“殷仲堪沒有決斷能力，經常患得患失，為自己留後路，也為子女留餘地，絕不敢有激烈的行動，我家老哥一定安全。”
殷仲堪眼見人質計劃行不通，趕緊派部將率水陸戰士七千人，進駐西江口抵禦，桓玄則讓郭銓和苻宏領軍攻擊，荊州兵團大敗而回，桓玄順勢駐軍巴陵，征用當地的糧食，供應軍隊，並不斷擊退殷仲堪的援軍，江陵局勢大亂。
江陵城中的糧秣也很缺乏，隻能把芝麻搗爛煮成漿糊，勉強供應士卒充饑，桓玄乘勝進軍，抵達零口，距離江陵隻有二十裡，殷仲堪無奈向楊佺期告急，請求南下救助。
楊佺期也知道荊州鬨饑荒，回信說“江陵連糧食都沒有，拿什麼對抗敵人？你最好來襄陽，和我共同守衛。”
這倒是不錯的計劃，但殷仲堪仍希望保住荊州和自身實力，不打算棄城流亡，於是向楊佺期保證糧秣充足，至少足夠對付桓玄。
楊佺期信以為真，於是率步騎兵混合兵八千人南下，鎧甲武器十分精良，照映太陽，光芒四射，可是當抵達江陵後，殷仲堪卻隻能用米飯為援軍接風，酒肉都沒有，楊佺期才知被對方騙了，頓時暴跳如雷，可是大軍已經來此，不能輕易撤退，賭氣不見殷仲堪，也不與荊州的軍隊配合，而和楊廣直接向桓玄發動攻擊。
因為雙方有過約定，這一波攻擊算是還了殷仲堪的人情了，成敗與否並不重要。
桓玄畏懼雍州兵團的銳氣，暫時退到馬頭，到了第二天，等到敵人疲憊了才全軍出動，大獲全勝，楊佺期敗回襄陽，殷仲堪則棄城而逃。
可惜楊佺期終究是失算了，這一戰竟成了他的絕響，桓玄的部將馮該很快把楊佺期兄弟二人擒獲，並當場斬首，人頭送往建康示眾，楊佺期的弟弟楊思平，堂弟楊尚保、楊孜敬等人，則逃到了異族部落中躲過一劫。
殷仲堪聽到老友的死訊，頓時萬念俱灰，率數百人打算投奔後秦，走到冠軍城，被馮該擒獲，回軍途中，馮該逼令殷仲堪自殺，同時斬了殷仲堪的所有親信。
長江上遊各軍區全部落入桓玄之手，一場更大規模的內亂就此釀成。
本章完