數日後，長孫無忌指使大臣韓瑗上疏勸諫李治：
“自古娶妻以賢，更何況天子呢？皇後是母儀天下，善惡由她而生。因此，嫫母輔佐黃帝成就王業，妲己卻傾覆了殷紂王的江山。
《詩經》雲：‘赫赫宗周，褒姒滅之。"臣每次研讀史書，常常引起慨歎，沒有想到今日陛下去立武昭儀為皇後，這讓後世人將如何看呢？希望陛下仔細地考慮，不要被後來的人所譏笑！假使臣的話對國家有益，臣就是粉身碎骨，也在所不辭！當年吳王不采用伍子胥的意見，結果吳國滅亡了，姑蘇成了廢墟。臣擔心天下臣民失望，國家殘破為期不遠了。”
長孫無忌又指使大臣來濟也上表勸諫說：
“自古君王立皇後，應選擇名門禮教之家的淑女，才符合天下臣民的期望。所以周文王迎娶太姒，才有《關雎》的教化，百姓蒙受福祚；漢孝成帝放縱**，把婢女立為皇後，使國家社稷傾覆。希望陛下明察！”
李治對這兩位大臣的勸諫猶豫不決。
許敬宗在朝廷上大聲揚言：
“莊稼漢多收了十斛麥子，還想要換個媳婦，更何況天子想換立皇後，跟其他人有什麼相乾，何必提出異議呢？”
武媚娘讓人把許敬宗的話講給李治聽，李治聽罷還是猶豫不決。
一天，李積入宮覲見，李治問道：
“朕想立武媚娘為皇後，褚遂良固執己見，認為不可。褚遂良既是顧命大臣，事情該怎麼辦呢？”
李積回答道：“立皇後陛下的家事，何必再問外人呢？”
於是，李治拿定了主意，下詔令：
一是，將褚遂良貶為潭州都督（潭州，今湖南長沙），沒多久，又被貶為愛州刺史，四年後，褚遂良被賜死在愛州（今越南清化）。
二是下詔書：
“王皇後、蕭淑妃謀劃毒死朕，把她們廢為庶人，她們的母親和兄弟，一並流放到嶺南；免掉故特進、贈司空官銜的皇後父親王仁佑官職。”
群臣們看到顧命大臣褚遂良都被貶官，於是都見風使舵地紛紛進奏表請求冊立皇後，李治於是就順水推舟地下《立武昭儀為皇後詔》：
“武氏門著勳庸，地華纓黻，往以才行，選入後庭，譽重椒闈，德光蘭掖。
朕昔在儲貳，特荷先慈，常得侍從，弗離朝夕。宮壺之內，恒自飭躬；嬪嬙之間，未嘗迕目。聖情鑒悉，每垂賞歎，遂以武氏賜朕，事同政君，可立為皇後。”
這一日，李治詔命司空李積攜帶皇後玉璽冊封武媚娘為皇後。群臣們都在肅義門朝拜了新皇後。同時，大赦天下。
真是有人歡喜有人愁，前皇後王玉燕與蕭淑妃一同被廢，一起被囚禁在皇宮的彆院裡，
有一日，李治有些想念她們，私下到囚禁她們的地方，看到彆院的房間封閉得很嚴密，隻在牆壁上挖個洞傳送食物，皇帝心裡有些哀憐，就呼喊道：
“皇後、淑妃在嗎？”
王玉燕哭泣著回答說：
“我們因獲罪而被貶為官婢，怎麼能夠再有皇後、淑妃的尊稱？陛下如果還念以往的情分，想讓我們重見天日的話，就請求陛下把這彆院命名為回心院吧！”