深夜，寂靜的月光下，宋慈的院落突然被一陣急促的腳步聲打破。宋皇帶著慌亂的神情闖入，大呼道“宋慈，速來救駕！”然而，話音剛落，一支利箭便穿透了夜色，直射進宋皇的胸內。一聲慘叫劃破夜空，宋慈猛地從夢中驚醒，冷汗淋漓。
次日，宋皇下旨，緊急召宋慈進京複職。在回京的路上，宋慈憑借過人的智慧和敏銳的洞察力，成功破解了一樁民間命案，令眾人讚歎不已。而在這起案件的偵破過程中，英姑猶如天外來客般突然現身，她的出現，更為整個故事增添了幾分神秘色彩。
就在宋慈剛剛抵達京城之際，宮中內侍突然傳旨，召他深夜進宮。夜色中，宮廷的深邃與隱秘仿佛隱藏著無數未知的秘密，令宋慈心生警惕。
與此同時，禦史王儒璋私下訪問湖州，發現護洪堤長期失修，汛期險情岌岌可危。他決心追查朝廷撥給湖州的五十萬緡修堤資金的下落。新任湖州知府曹墨也意識到問題的嚴重性，開始全力追查這筆巨款的下落。
然而，一場突如其來的洪水席卷了湖州，無數生靈塗炭。在洪水的衝刷下，一具屍骨露天現世，令人觸目驚心。知縣薑汝成高舉屍骨上留下的玉佩，麵色慘白地喊道“難道老天真要亡我大宋嗎？”隨即中風倒地，不省人事。
曹墨為了承擔責任，自擔了五十萬緡失蹤之責，被押解進獄。臨行前，他將玉佩交給妻子玉娘，囑托她將其交給宋慈。玉娘為了尋求真相，夜闖提刑司，將玉佩交給了宋慈。於是，一場驚心動魄的追查“皇室謎案”的序幕，就此拉開。
在夜色朦朧的牢獄深處，宋慈秘密拜訪了身陷囹圄的曹墨。他緊握那塊玉佩，沉聲對曹墨說“此玉佩乃皇室之物，此案非同小可，必須上奏皇上，深入追查。”曹墨眼中閃過一絲複雜的情緒，但他深知事態嚴重，點頭默許。
戶部尚書伍德卻向宋皇進言，以王朝安危為重，勸誡皇上不要因為區區五十萬緡的小事而動搖大局。宋皇陷入沉思，權衡利弊。
與此同時，禦史王儒璋深夜提審曹墨，試圖逼問出五十萬緡的下落。但曹墨咬緊牙關，寧死不屈，他提出一個請求希望能出獄三日，處理完災後的善後事宜，之後願接受朝廷的任何懲罰。王儒璋猶豫片刻，最終答應了曹墨的請求。
另一邊，宋慈心中疑雲重重，他來到史館，希望能從史冊中找到關於那位皇室貴胄遺體的線索。然而，當他翻閱皇子皇孫生時卒年的史冊時，驚訝地發現有幾頁竟然被人撤去，而且據說還因此導致一位史官喪命。宋慈的眉頭緊鎖，他意識到這絕非簡單的失竊案，而是一場精心策劃的蓄意謀殺。
宋皇深思熟慮後，決定讓曹墨戴罪立功，去完成湖州災後的重建工作。曹墨感激涕零，在皇街上長跪不起，叩謝聖恩。戶部侍郎李佑淳卻私下找到伍德，低聲告誡他“聖上雖放了曹墨，但五十萬緡專銀案並未了結。更大的案底即將浮出水麵，你要小心行事。”
宋慈為了尋找線索，踏上了前往天目山的路，尋訪當年的太子太傅闞愚直。當他將玉佩展示在闞老先生麵前時，這位二十年未曾開口的老者，竟然輕聲喚出“起風了。”這簡短的話語，似乎隱藏著無儘的秘密。
英姑擔憂地看著宋慈，她告訴宋慈這玉佩之案很可能涉及皇室內部的血腥爭鬥，勸他不要深入追查。但宋慈眼中閃爍著堅定的光芒，他沉聲道“此案關乎大宋安危，若不揭開這個謎底，消除王朝的隱患，我宋慈豈能心安？”
為了揭開皇室謎案，宋慈來到中風的薑汝成家，留下藥物和錢財，希望薑汝成能夠康複，為案件關鍵線索。然而，玉貞卻試圖阻止宋慈深入此案，她搬來了婆母。但出乎意料的是，婆母卻支持宋慈深入追查此案，她深知隻有揭開真相，才能還朝廷一個清明。
在史官裴時安的家中，宋慈意外發現了當年裴老史官抄錄的皇子皇孫生卒時表。他仔細研讀，漸漸揭開了一個驚人的秘密——現今的皇上竟然不是先皇的親生之子！這個發現讓宋慈震驚不已，他意識到這起案件遠比想象中更加複雜和危險。
在深夜的皇宮中，宋皇端詳著那塊玉佩，眼中閃過一絲驚愕。他緩緩開口，聲音帶著幾分沉重“這塊玉佩，乃是當年太子隨身之物。可我記得，太子早已在那場火災中離世。那麼，它怎會出現在荒山野嶺的一具屍骨上呢？那皇陵中的太子，究竟又是何人？”
宋慈心中湧起一股強烈的不安，他深知這背後定有驚天秘密。為了揭開真相，他深夜潛入提刑司，請求開皇陵驗屍。然而，這在大宋法律中乃是重罪，一旦驚動皇陵，便會誅滅九族。
宋母得知此事，心如刀絞。她帶著全家數口，被縛在皇陵外的刑台上，等待著宋慈開棺的結果。那一刻，整個家族的命運都懸於一線。
終於，宋慈手捧屍骨走出皇陵，他的臉色蒼白而凝重。他緩緩走到宋皇麵前，沉聲道“陛下，陵內並非濟王屍骨，而是一具懷胎十月的女屍。”此言一出，宋皇及眾人皆驚呆了。他們無法相信，皇陵中竟藏著如此驚天秘密。
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而宋家數口，也因此躲過了這場滅族之災。然而，對於宋慈來說，這僅僅是揭開真相的第一步。
皇陵驗屍使得太子失蹤案大白於天下，然而，這並未讓宋慈停下腳步。史官裴時安勸他此案可以終結了，但宋慈卻從丟失的史冊上發現了一處血手印，這成為了新的線索和疑點。
他深信，太子失蹤與史料被竊之間定有千絲萬縷的聯係。於是，宋慈再次進宮，奏見聖上，請求深入調查此案。他知道，隻有揭開這一切的真相，才能還朝廷一個清明，還百姓一個公道。
宋慈神情凝重地奏請聖上“陛下，臣懇請暫緩屍骨入殮下葬。濟王之死因何而起，又緣何被棄於荒山野嶺，這一切仍如重重迷霧，未能解開。”宋皇麵色沉肅，他深吸了一口氣，緩緩道“朕已下旨，為濟王舉行四十九天的皇家祭禮。宋慈，朕命你在此期間查清濟王死因，若無法完成，後果自負。”
與此同時，曹墨已返回湖州，忙於處理災後重建事宜。王儒璋心中疑慮重重，他決定私訪湖州，親自查探曹墨的為人。當他看到百姓對曹墨的功德讚不絕口時，心中不禁動搖。他暗自思忖“如此清官，怎會貪吞專銀？”於是，他下定決心要再次麵見曹墨，查清真相。
就在王儒璋準備拜訪曹墨之際，他的門生鄒少卿卻匆匆趕來，神色緊張地告知他“禦史大人，曹墨昨夜已飛馬進京了。您此行湖州查專銀案，務必小心行事。”王儒璋聞言，眉頭緊鎖，心中湧起一股不祥的預感。他深知，這場專銀案背後，必定隱藏著更深的秘密和陰謀。
曹墨心懷滿腔的疑惑與急切，欲求麵見聖上，然而卻被禦林軍毫不留情地推出宮門。他無奈之下，轉而來到提刑司，麵色凝重地找到宋慈。曹墨深吸一口氣，沉聲道“宋大人，要想真正揭開濟王生死之謎，唯有讓薑汝成開口說話。他或許是解開這一切的關鍵。”
與此同時，英姑悄悄潛入提刑司，將那具神秘的屍骨頭顱偷出。她找到了摸古先生，請求他通過鑒摸骨骼來推測人像。然而，當摸古先生完成他的推測後，英姑看到的結果卻讓她心驚魂呆，仿佛看到了什麼不可思議的事情。
而在另一邊，宋慈也在用自己的方式尋找線索。他利用屍體的腳骨，精心塑出了一個人的腳部形狀。然而，當他將這個“人腳”與濟王的朝靴進行對比時，卻發現兩者根本無法相配。這一發現讓宋慈的心中湧起一股強烈的不安。
宋慈立即將這一發現奏報給聖上，他聲音堅定地說“陛下，經過仔細查驗，這具屍骨並非濟王，而是一位船夫。”此言一出，宋皇大怒，他無法接受這樣的結果。他怒視著宋慈，命令他在中秋月圓之日查清濟王生死真相。
濟王生死之謎在朝廷上下引起了巨大的震動。就在此時，一位三朝老臣杜汝圭，顫顫巍巍地走到刑部尚書麵前，他的眼中閃爍著複雜的情緒。他深吸一口氣，緩緩道出了當年奸臣廢太子、立現今聖上為帝的真情。這一消息如同驚雷般在朝廷中炸開，讓所有人都震驚不已。
宋慈緊張地跪在禦前，奏請聖上“懇請陛下在三天內下旨，允許臣去查清濟王生死案。然而，三日之期將近，卻遲遲未見聖旨，臣心中焦急如焚。”英姑看到宋慈這般模樣，心疼地勸道“宋大人，彆再查了，免得再引來九族之禍。若三天期滿仍未有聖旨，您便辭職歸故吧。”
宋慈心中卻有一股不甘之火在燃燒。他知道，這個案子關係到朝廷的安危，關係到濟王的生死之謎。他不能就這樣放棄。
此時，伍德也來到禦前，向宋皇進言“陛下，為了安穩眾臣之心，儘快下旨讓宋慈查濟王案吧。不過，微臣要提醒陛下，即便宋慈有天大的本事，他也無從查明真相。因為知情人已如同死人，這個人就是薑汝成。”
宋皇聽後，沉默良久。最終，他下旨讓宋慈在一個半月內查清濟王生死案。若不能按期破案，將重罪懲辦宋慈。
另一邊，王儒璋也向聖上舉薦曹墨為百姓楷模，請求重用其人。宋皇聽後，決定暗訪湖州，親自考察曹墨的為人和能力。
在湖州，宋皇密見曹墨，曹墨向聖上講出了五十萬緡專銀被貪的真情。他表示，為了朝廷之安，他願意自己承擔其罪。曹墨的忠臣之舉深深打動了宋皇。宋皇向曹墨點示了戶部侍郎李佑淳被人參奏私心之重，並囑咐他妥善處理專銀之事。曹墨心領聖意，拜謝聖上後，走進了禦史府。
曹墨懷揣著沉重的秘密，找到了王儒璋，他低聲而堅定地揭發了李佑淳吞貪五十萬緡專銀的醜事。王儒璋聽後，臉色驟變，他立刻下令抓捕李佑淳。然而，當官兵推開李府的大門時，他們發現李佑淳已經躺在了一片血泊之中，他的雙眼瞪得大大的，似乎死不瞑目。
王儒璋心中湧起一股強烈的不安，他請來了宋慈來現場查驗李佑淳的死因。然而，宋慈的查驗結果卻讓人摸不著頭腦，他給出的結論模糊不清，讓王儒璋大生疑惑。
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此時，吏、戶、刑三部尚書也聞訊趕到了李佑淳的案發現場。他們經過一番勘察後，竟然聲稱李佑淳是自殺身亡。他們還將李佑淳的“自殺”行為解釋得頭頭是道，仿佛真的就是如此。然而，王儒璋卻總覺得事情並非那麼簡單。
他在李府的書房中，意外地發現了一個用血寫成的“奏”字。這個字讓他心中一震，他立刻來到提刑司，怒訓宋慈為何不給李佑淳的死因下一個準確的結論。他將那個血“奏”字交給了宋慈，希望他能從中找出線索。
夜晚，王儒璋決定親自再次查看李府的案發現場。然而，就在他深入勘察時，突然一個身影從暗處閃出，那竟然是“複活”的李佑淳！王儒璋嚇得魂飛天外，他幾乎不敢相信自己的眼睛。然而，當他定睛一看時，卻發現這個“活李佑淳”竟然是宋慈所扮。
原來，宋慈一直在暗中調查這起案件，他發現李佑淳的死並非自殺，而是一場精心策劃的謀殺。他通過現場演示，向王儒璋展示了案發經過，並得出結論李佑淳是被他殺身亡，而現場則是經過縝密的“設置”。
宋皇在金碧輝煌的宮中設宴，款待王儒璋、杜汝圭、呂盟臣及宋慈等重臣。酒過三巡，宋皇似有醉意，借口不勝酒力，轉身回了後宮。隨著皇帝的離去，酒席間的氣氛變得凝重起來。
幾位大臣開始圍繞李佑淳的離奇死亡展開激烈的討論，試圖找出背後的凶手。王儒璋眉頭緊鎖，突然他眼中閃過一絲光芒，斷言道“依我看，曹墨有重大嫌疑，他極有可能是殺害李佑淳的凶手。”此言一出，眾臣皆驚，麵麵相覷。
然而，宋慈卻冷靜地搖了搖頭，他深吸一口氣，緩緩道出“經我現場查驗，殺人者乃是右手握刀。而曹墨，卻是一個斷了右臂的殘人，他又如何能持刀殺人呢？”此言一出，眾臣的疑慮稍減，但仍對李佑淳的死因感到困惑。
王儒璋心中不服，他來到提刑司，找到宋慈，責備道“你在驗屍報告上寫得是懸息而亡，現在又冒出個右手持刀殺人之說，到底哪個是真哪個是假？”宋慈微微一笑，他向王儒璋解釋道“下官之所以在報告中寫下懸息而亡，是為了避免王大人您誤入歧途。實際上，我經過深入調查，發現謀殺李佑淳的凶手與十年前謀殺史官的凶手是同出一人。
在夜色的掩護下，英姑悄無聲息地展開了她的暗訪行動。經過一番周折，她終於得知了李佑淳妻兒的下落。然而，就在此時，李佑淳的妻兒卻突然闖入了禦史府，他們麵色凝重，手中緊握著一份看似重要的秘密文件，徑直向王儒璋呈上。
宋慈憑借敏銳的洞察力，斷定闞氏父子與現存的太子黨人之間有著密切的聯係。為了揭開這背後的陰謀，他果斷地派遣張堂前往天目山，密切監視那裡的一切活動。
與此同時，杜汝圭和呂蒙臣在一條幽暗的密巷裡低聲談論著如何避開李佑淳一案的牽連。然而，就在他們交談之際，王儒璋卻突然出現在他們麵前。他神色凝重地告知兩人，李佑淳是畏罪自殺，並宣布自己將告假休息一段時間。