朱翊鈞讓李時珍進京，其實是相中了他所創造的人為分類方法，這是一種按照實用與形態等相似的生物和礦物，將其歸之於各類，並按層次逐級分類的科學方法。
在朱翊鈞看來，李時珍能和祖衝之並列，在世界科學史上享有崇高地位，根本不足為奇。本草綱目雖然謬誤不少，但其科學分類方法比西方現代植物分類學創始人林奈的自然係統早了一個半世紀，被譽為“東方醫藥巨典”。對世界醫藥學、植物學、動物學、礦物學、化學的發展產生的深遠的影響，可謂無遠弗屆。
後世的生物學學生，將界、門、綱、類、科、屬、種七種分類背的滾管爛熟，覺得天下萬物井井有條，想當然的就認為此種分類方法很簡單。
殊不知在人類文明史上，分類學正是科學的萌芽之始。中國人之所以將科學命名為“科學”，即取意“反映自然、社會、思維等的客觀規律的分科之學”。一句話，無分科無以成學！
華夏先民最早的生物分類記載於西周，比西方科學家林內的生物分類方法少了兩種，卻領先兩千年。
之後的中國分類學思想體現在諸多文獻之中，而最為璀璨的，即為本草綱目。無論其中記載了多少謬誤，僅在生物、礦物分類學上的思想，足以光耀千古。
朱翊鈞在後世黨校的學習內容，不僅是簡單的飛梭和珍妮機誘發工業革命之類的初中曆史。
他記得很清楚，一次在黨校上課時，一個年輕的女教師旁征博引，講述了歐洲貴族和部分附庸風雅的資產階級，在地質、礦物、生物乃至昆蟲等方麵的愛好研究，大大促進了新的地理發現，並為現代科學奠基。
後世工業革命和啟蒙思想催發的第一批成果，即為歐洲有閒階級流行的科學考察和探險。
他們一方麵資助數學家和科學家，一方麵自己也從事地質、礦物、生物等方麵的粗淺研究，這直接誘導了化學和物理學的大踏步前進。而最開始的那批有錢人，都是從看似簡單的地質、礦物和生物分類開始做起。
後世達爾文曾受益於本草綱目，將之稱為“中國古代百科全書”。——而後世的某些中國人，那些拿著大英帝國百科全書、美國國家地理雜誌放在書房內的附庸風雅之徒，何曾有一個在旁邊放著墨經、本草綱目、考工記、水經注、夢溪筆談、天工開物等等數之不儘的中華瑰寶？
朱翊鈞讓李時珍返京，除了要利用這個時代為數不多具有科學素養的大腦之外，還要利用他喜歡考證、鑽研的性格?從事對牛痘的研究。
明代嘉靖初年之後?天花在帝國廣泛流行。朱翊鈞在萬曆二年初曾經接奏報，寧國府有醫名傅思川者?掌握“人痘熟苗”之法?以為小兒種痘獲利，“百餘小兒種痘?僅一、二不存。”
朱翊鈞不知道的是，從傅思川手中流傳出去的人痘術?簡直是以光速傳播到阿拉伯世界?又把西方從天花肆虐中給挽救了出來。
人痘曾經被大哲學家伏爾泰這般評價：“我聽說一百年來，中國人一直就有種痘的習慣；這是被認為全世界最聰明、最講禮貌的一個民族的偉大先例和榜樣。”在西方思想啟蒙發生之時，若沒有傅思川的人痘術，不知多少人才將死於天花病毒。