要讓朝廷下棄保漕運的決心和讓朝廷放棄運河，完全是兩回事。京杭運河的功能，不僅是保漕糧運輸，它還有一個作用不容忽視——將南北兩京的空間距離拉的很短。
運河全部無法通航的時候，商賈行人在兩地陸路通行時間從原先的十天一下子能拉長到一個月——這般低效絕對影響朝廷對整個江南這一賦稅重地的治理，也影響南北的商品流通。
因此，潘季馴所謂棄保漕運，僅僅是說棄保漕糧運輸。也就是說如果不用運河來運漕糧，那麼就不必讓三千裡運河隨時保持貫通狀態——會極大的減少黃河的治理難度。
最初，為了滿足朱翊鈞保漕運、保祖陵、保民生的“三保”要求，潘季馴的第一版治河報告中，向朝廷提出的治河之法受限很大，他既不敢加高家堰大壩蓄水攻沙，又不敢擴大微山湖影響民生保運，因此所做的工作全數是小打小鬨，修修補補，和朱衡的手段差不多。
即使朱翊鈞這個半外行看來，這一版方案也無法解決黃、淮密集泛濫的問題。
萬曆時期的黃河，已經固定在新鄭——徐州——淮安一線數百年，直到清末才在河南銅瓦廂再次決口北歸，結束了黃淮合流的曆史。
永樂十八年，成祖遷都北京，京杭大運河成為了命脈。而大運河中徐州到清口的長達五百裡的運道，必須得到黃河水的接濟才能保持暢通。
而黃河在兩淮和魯西南地區的橫衝直撞，分流眾多，嚴重影響漕運。
於是，這段時間明代朝廷的治水思路是“南堵北疏，抑河南行，以保漕運”，利用長堤約束，把淮河及其支流作為黃河洪水的下遊通道。弘治帝和嘉靖帝分彆修建金堤和南堤，就是這種思想指導下的產物。
這樣思路和做法，帶來的直接後果是將黃河的泥沙淤積到淮河下遊，導致原來深廣的淮河被淤積成地上河，淮河水係遭受了巨大破壞。而爭不過黃河的淮河，又另辟蹊徑，衝入長江，導致長江下遊水流增大，給蘇鬆地區也帶來了巨大的防洪壓力。
可笑的是，朝廷隻要保住漕運，兩淮地區生民之苦，根本不在明代朝廷的考慮範圍內。永樂十四年，黃河在開封決口，泛濫十四州縣，由渦河入淮。因未危及運道，當時朝廷居然聽之任之，讓黃河漫流四十餘年，聽之任之。
其後的正統、景泰、弘治、嘉靖年間，黃、淮河數次超級大水災，朝廷的思路一直不變，仍以保運道為主，將黃淮大地的生民置之不理。
當時的豫東南、皖西北一帶，簡直成了水鄉澤國，鳳陽、泗州、淮安等地，長受災患，朝廷漠視災民流轉哀號而不救。
後世廣為流傳的一段鳳陽花鼓道出了明廷給生民帶來的錐心苦楚：“說鳳陽，道鳳陽，鳳陽本是個好地方，自從出了朱皇帝，十年倒有九年荒。大戶人家賣騾馬，小戶人家賣兒郎”
這段歌詞即為明人所寫，第一句的原文為：“家住廬州並鳳陽”，後世的鄧麗君還根據這首民歌創作了流行歌曲鳳陽花鼓。
隨著潘季馴調研的深入，以及朱翊鈞棄保漕運政策在腦海中逐漸成型，潘季馴在摒棄了“南堵北疏”治河思路的基礎上，完整提出了後世讓其得享大名的方案：加高加寬高家堰，積蓄洪澤湖水，利用洪澤湖水實施“束水攻沙”工程，刷深黃河淤積的水道，增大下遊流量，從而減少兩河泛濫。
這一治河思路，原時空一直被貫徹的滿清末年。但在明代，有一個死結難以解開——高家堰加高，洪澤湖擴大加深，黃、淮河汛期到來時，會威脅到祖陵安全。因此，“束水攻沙”一直到明代滅亡，也始終是一個半吊子工程，黃淮河的泛濫還是多發。
朱翊鈞和張居正等閣臣反複商討，又請示了陳、李兩位太後，到最後也下不了動遷祖陵的決心。——現在真要這麼乾，政治阻力太大了，說動搖國本都不為過。
但不遷祖陵，“束水攻沙”的效果就大打折扣，大明朝始終就要在這兩條河流的威脅下苟延殘喘，大量的資源投入到救災補漏的惡性循環之中——這又是朱翊鈞所不能容忍的。
而且，因為本時空潘季馴調研的比較深入，在第二版報告中，還提出了“束水攻沙”這一策略的短板。由於“黃淮合流”這一根源問題沒有解決，且“黃強淮弱，黃高淮低”這一因素的作用，當汛期之時，淮河水道並不能全部容納下泄的洪水，會導致回水倒灌洪澤湖，將洪澤湖的清水口淤塞。
長此以往，一方麵影響“束水攻沙”的效果，另一方麵水流變緩後，徐州以下還會形成懸河。
潘季馴在第二個方案被皇帝否定之後，終於再次大其心，這次終於大的沒邊了——他居然想用一連串堤壩工程和開挖新河，單獨恢複黃河、淮河的入海通道！
具體思路是，先把黃河進入洪澤湖和原淮河的入水通道都截流，利用一連串的堤壩和舊河道，迫使黃河北上入海。然後以洪澤湖為樞紐，將淮河水放入舊河道，並截斷淮河和長江的聯係。
這一宏偉工程，將利用新開的加上以前的，共兩條河道交替使用，來徹底解決黃河的淤積問題。施工方案如下：