和張居正討論後，朱翊鈞又將緬甸糜爛的報告付廷議。在朝廷上下討論期間，朱翊鈞又連著兩天到武學討論如何出兵事宜。
在軍機處的討論，一是決定是否使用京營，這一條在朱翊鈞的力主之下，逐漸達成一致；二是派兵的規模、路線和後勤保障。
雲南在帝國極西之地，進出全無通途，儘數為險隘山路。自京師而至滇，五千餘裡。若按走一段運河到湖廣，再穿越貴州至雲南這條路線；或由湖廣進四川再到雲南的路線，大概要走小半年。先不說人受不受得了，光是這一路上的花費和糧秣支應，就會給地方帶來極大負擔。
為了解決京營入滇問題，武學後勤係兩年來投入大量精力對全國各地糧秣的轉運研究終於結出了碩果。劉應節組織教授和熟悉各地地理的教員，對於此次進兵路線製定了新方案：先從天津坐運糧的漕船，沿海直放杭州。
中途設兩處補給點，分彆為登州、海州，待到達杭州後，由地方支應糧草和船隻，沿長江溯流而上，到達洞庭湖。
過了洞庭湖，再走一段沅江，即可到貴州境內。到達貴州之後，能走水路的儘量再走一段水路，不能走水路的隻好步行。
這一方案比通過運河、江運並走大段山路要好的多，獲得了與會人士一致好評。
但因為沅江上遊辰江府再往西，水勢落差極大，基本無法行船。且進入了土、漢雜居之地，要經過十多個土司的地界，糧秣問題難以解決。因此朝廷要提前下旨到貴州宣慰司，令各府提前做好支應準備。
朱翊鈞見劉應節領導的後勤係方案做的麵麵俱到，心中甚喜。點評這一方案為“獨出機杼”，給予了賞賜表彰。
解決了行軍路線和後勤問題，還要解決水土不服和瘴癘傷人的問題。在這方麵，京師醫學院派上了大用處。
在醫學進步方麵，在醫學院成立後，朱翊鈞直接指明了多條研究路徑。其一是研究微生物引發疾病的方向；其二是利用解剖學研究病理的方向；其三是講衛生、消殺等護理學方向。
在疫情防控方麵，首重微生物研究。而這一研究首先要有高透明度的玻璃磨製鏡片來製作顯微鏡。
萬曆元年年底，候姓匠人發明吹筒法製作平板玻璃，曾獲得朱翊鈞親筆題字並賞銀二百兩。這一事件，把大明玻璃匠人的積極性刺激到了不可思議的程度。
因為玻璃的生產製造不太需要其他產業的配套，因此在高額懸賞下發展的很快。
張鯨接到朱翊鈞製造鉛玻璃的任務後，先後發出懸賞計六千兩白銀，鼓勵內府工匠進行玻璃的工藝創新；在萬曆二年上半年，他又成立了專門的實驗室，來試驗皇帝的各種想法。
短短三年，實驗室把平板玻璃製取由吹筒法而改進到平板法；隨後因為燒炭價格高昂，又改進了燃料，用煤來製取焦炭來燒製玻璃。
但焦炭燒製的玻璃一直有些發黑，這困擾了實驗室的工匠們很長時間。按照皇帝的指示，也依據中華民族煉金術傳統，工匠們試著往裡麵加了點鉛——沒好用。
直到有一天，某個自肥皂廠升職到皇家實驗室的田姓工匠突發奇想，又往裡麵加了點草木灰濾清液的結晶，神奇的變化終於發生，大明領先英國大概七十年，率先發明了高透明的鉛玻璃。
朱翊鈞穿越到明代以後，也深思過著名的“李約瑟難題”，即中國明代為什麼沒有如同歐洲生發出科學。