組織機構的建立是一切行政的基礎。內閣擴大之後，文淵閣本就緊張的辦公場所明顯不夠，朱翊鈞將西苑南海的部分宮室進行了擴建、翻修，以宮牆隔之，並題之名為“政事堂”，作為內閣新的辦公地點。
原內閣在紫禁城的辦公地點文淵閣，就空出來用作內務府的辦公地點，內務府下設的侍從室還在養心殿。
如此一改，內閣在空間上也變更了它本來的用途，文武百官都看得清清楚楚以前的張居正，以“備以顧問”大學士的名頭，實際擔任著首相的工作。今日搬入政事堂的張太嶽，則已經做到了“名實相符”，總理內閣大臣張居正執掌的就是前朝宰相的權柄。
政令在製度上的混一，大大的強化了內閣的權威，讓張居正在法理上具有了控製政府的權力。可以說，除了軍權、司法權和侍郎以上的人事權由皇帝親掌，張居正的權柄之重，在曆朝曆代的宰相中，也排在前列。
與故宋政治製度不同的是，政事堂並非由中書門下省合並而來，也非與六部並列，而是直管變法後的九部。張居正總理政府，並分管禮部、吏部。其下設副相若乾，分管其餘各部
呂調陽分管民政部、教育部；王國光分管度支部、驛政部和原工部加戶部兩部分職能合並而成的農工商部；張四維分管刑部和建設交通部。
六部化為九部，在分散了權力的同時，又將原有的四寺進行了集中太常寺、鴻臚寺並入禮部；光祿寺並入內務府；太仆寺並入驛政部。
除上述變化外，大理寺、都察院名稱沒有變化，職能則進一步擴大，且不受內閣管轄，與九部尚書級彆並列，受皇帝直轄；
原屬於輔臣部門的通政使司取消，職能一分為二，部分劃歸侍從室，部分劃歸內閣；翰林院名稱、職能不變，受皇帝和內閣共同管轄；國子監歸屬教育部；宗人府、詹事府名稱、職能不變。
在整個改革中，最讓朱翊鈞頭疼的是六科這個封建集權的強力抓手，放在任何一個序列都違和，且都會帶來朝廷運轉的低效率。
最後，經過反複思索，朱翊鈞不能放棄這個朝政的糾錯器和減壓閥，因此六科名稱未變，職能擴大朱翊鈞將朝廷行政管理體製和機構改革以及機構編製的日常管理工作從吏部剝離，放在了六科——即後世的編製委員會辦公室。
事實證明，六科的改革成為整個機構變革的點睛之筆——在新的各部職能交叉、權力清單的確責上起了決定性的作用。
張居正回京之後，接手的就是這樣一個搭起了架子，逐漸開始磨合的新的朝廷。在政事堂主持召開了幾次各部尚書參加的內閣擴大會議之後，本就誌以天下為己任而才又能副其誌的張居正，有一種如臂使指的感覺——發號施令不再有掣肘，不必再像以前那樣做大量的溝通協調工作!
因為變法後的朝廷規定了“行政首長負責製”，即俗語說的“官大一級壓死人”，下級隻需要執行上級的命令，如果上級的命令僅有大綱，下級還有些發揮的餘地；若上級命令詳儘——你聽命執行就好。
如果其他的宰相和首輔的能力算是航母上的重油發動機，張居正就好比核反應堆。原來他需要很多的潤滑油和冷卻液才能工作，現在則不用了。他終於在新的政治體製中找到了最合適的位置，他隻需要聽彙報、看材料、開會、調研、分析、思考——發號施令，全體凜遵！