改革宗室的變法塵埃尚未落定，朝廷又頒《編戶齊民令》，拉開了全國新造黃冊工作的序幕。
戶貼黃冊的重新編製，為整個變法的基礎性工作，這項工作的成敗直接關係到後續變法的效果。
因此，在萬曆五年下發的變法大詔中，對於編戶貼這項工作直接寫清楚了違法後果“凡官吏、裡甲通同人戶隱瞞作弊，不行明白推行過割，一概影射減除餘糧者，一體處死。隱瞞人戶，家長處死，人口流邊。”
大詔的宣貫過程中，這血淋淋的警告已經開始起作用萬曆五年，各府、州、縣地方政府在上報本地基礎黃冊的時候，將土豪劣紳明睜眼漏隱瞞戶口的情況進行了全力彌補——結果造成上繳表格前後說不上話，邏輯關係無法解釋的占了九成還多。
這邏輯不通的統計表格當然不能上報朝廷，結果導致很多府衙在萬曆五年十二月的時候連續通宵加班，好多知府帶著縣令們陪著戶房胥吏一直乾到大年三十，才勉強交了差。
因大詔說“以萬曆五年黃冊為本”，也有的糊塗地方官被胥吏糊弄，在上繳的黃冊上反向操作，導致當地萬曆五年的賦稅基礎不升反降。
這些求仁得仁的胥吏和糊塗官兒在萬曆六年大部分都得到了清算，朝廷繼萬曆五年張文明案殺得手軟之後，萬曆六年秋天，成千上萬在基礎黃冊上做手腳的胥吏被乾淨利落“一體處死”，而串通他們隱瞞戶口的大戶，“家長處死，人口流邊”。那些糊塗官兒能解釋清的能得到免職待遇，解釋不清楚的，也要到刑場走一遭。
隨著《編戶齊民令》的逐步落實，東北、海南等地，很多被張文明案牽連的流放家庭，發現自家又有了好多新鄰居。而天下十七省的巡撫衙門裡，編戶欽差的王命旗牌之下，殺得人頭滾滾，欽差們心理也逐漸扭曲，在民間傳說中個個都如同地獄中爬出來的惡鬼一般。
這些惡鬼和監視他們的錦衣衛，身後還有一雙雙布置在各地的暗子和明麵上的巡視欽差瞪著通紅的眼珠子盯著，“人情社會”、“官官相護”這些潛規則在《編戶齊民令》下都不好使，因為皇帝不再給他們犯錯、辯解的機會，無論是誰，隻要沾上了《編戶齊民令》的邊，吃飯家夥就要換個地方呆著。
變法開始了！儘管老百姓還呆在信息傳遞極其緩慢的社會，但每個人都能感到變法帶來的變化。很多貧民發現自家身邊的大戶被錦衣衛帶走後，很快就能在縣城城門上找到他的人頭，而伴隨著屠戮的，則是這家田地換了新的主人——大多是從緬甸、九邊返回的軍功地主。
整個帝國從南到北，田連阡陌的情況越來越少，很多掛靠在地主豪紳之家的“仆役”，搖身一變又變成了小地主，他們還從事著原來的種地工作，但是家中門上都掛上一個小牌子“某省、某府、某縣、某村、某人，戶口編號”，和自家門上掛的牌牌一樣。
隨著各項改革伴在萬曆六年全麵鋪開，朱翊鈞忙的腳打後腦勺。萬曆六年八月，呂調陽因年邁乞骸骨，以光祿大夫、柱國、少傅兼太子太傅、吏部尚書、建極殿大學士的官銜退休並授一等伯爵，馳驛。
呂調陽是朝廷改了爵法之後，第一位被冊封的文臣，以伯爵的儀製回鄉之後，他的身份不再是民，而是勳貴。
儘管這伯爵不世襲，爵祿隻發到呂調陽去世，但對他來說，仍屬於超級光宗耀祖的體麵。因為新法規定，對於在任期間工作平平的，在同級爵位中選低等授之。呂調陽能得一等伯爵，說明他的工作能力和操守得到了皇帝的肯定。
呂調陽一身正氣，“門無私謁”——換句話來說，他從不以權謀私，也不拉幫結派，具有很高的政治智慧。在嚴嵩當政期間，因為呂調陽的滑不留手，嚴黨也拿他沒什麼辦法。
呂調陽曆經三朝，雖然沒有主導過大政，但作為一個執行力很強的人，在大輔助方麵具有很強的能力。而且他性格衝和，有成績從不炫耀，也不願意聽彆人對他歌功頌德。被評價為“所樹惟恐見知，所急惟恐見德。”
因此，作為新法出台後，第一個被冊封的高官，朝野上下也非常關注皇帝會給予呂調陽何種評價。因為他的性格導致其政績不顯，所謂“人故無所藉以頌公”，因此很多人覺得呂調陽可能會以二等伯致仕。