人類與寶可夢的力量差彆是有目共睹的，他們通過智慧選擇用寶可夢對戰寶可夢。
還總結了一套行之有效的戰術，再加上與昔日的夥伴們對戰有所顧忌，人類也是屢屢獲勝。
眼看寶可夢王國被步步蠶食，金與銀再也站不住了，親自參加了戰鬥。
率領各自的護衛隊，一場曠日持久的大戰打響了。
金與銀在付出了巨大的代價後，將人類打得節節敗退，並解救了無數的寶可夢同伴。但是問題在於，被解救的同伴似乎忘記了以前的事情，一個個變得麻木不堪，如同行屍走肉一樣。
金與銀不顧傷勢，親自一一為寶可夢們恢複了往日的記憶。
與此同時，它們發現這些被奴役的寶可夢都被下了精神禁製，如同給記憶上了一把金鎖。
這讓金與銀大感不妙，認為這其中必有陰謀，肯定是某個人使用不知名的力量。
將俘虜的人類拷問過後，便知道是人類的首領獲得了某種神奇的力量，他將力量附在器具上，就可以將寶可夢奴役並收為己用。
金銀聽後勃然大怒，不顧傷勢的複發，與人類的首領再戰一場。
人類的首領也早有準備，特意留下來底牌，正是快龍為首的七隻寶可夢，還包括了真新鎮的三隻。
他派出了快龍、喵喵、雙彈瓦斯和阿伯怪拖住了金與銀，另外派出了耿鬼、胡地與胖丁去掠奪第三位英雄粉的東西。
聽說粉守護的東西有著神奇的力量，可以抑製並打敗金與銀。
粉的力量雖然強大，但是耿鬼的幽靈係絕招正好克製，還有胡地化解了粉的攻擊，以及胖丁的歌聲輔助，讓粉打得苦不堪言。
粉深知自己不能力敵，隧帶著希望的種子選擇遠遁，耿鬼小隊則是不停的追殺。
而另一邊快龍為首的四隻寶可夢，與金銀打得難分難解。
最後金銀使用了大招將四隻寶可夢打敗後，就要除掉人類的首領，他臨死前還藏留了底牌，就是從粉那裡得到的力量，將力量與自身的意誌附身在了銀的身上。
使得銀精神大亂，變得更加殘暴，原本潔白如雪的羽毛變得漆黑如墨，視金為一生的仇敵。
黑銀與金的大戰又展開了，那樣的場景喵喵一輩子都不會忘，天雷滾滾，海嘯襲來。這時遁逃的粉卻恢複了七隻寶可夢的神智，並集齊了它們的力量。
將黑銀徹底封印在某個地方，粉也付出了生命的代價變成了精靈蛋，金見自己的王國僅剩自己，再加上一身的傷病，黯然離去。
臨走前叮囑快龍負責看守黑銀的動靜，喵喵三位則是負責照顧粉，而耿鬼三位負責看守粉種下的種子。
當喵喵講述完整個故事後，阿福的煙都抽了一盒了，他總算了解了它們所有的故事，一陣唏噓。
據他判斷，金就是鳳王，而銀就是洛奇亞，至於最後的粉，應該就是守護世界樹的夢幻了。
喵喵早已泣不成聲，因為一個人的貪念，導致了整個寶可夢王國的覆滅，它們也是隨著時間的流逝，各自回歸到器具之中，就怕各自守護的東西被掠奪前自己死了。
“你們接下來有什麼打算？”
“時間過了這麼久，金大人已經恢複到全盛狀態，我們要重新彙合，拯救銀大人。”
瑪德，你以為黑暗洛奇亞那麼好對付？其實力比起洛奇亞更加殘暴，號稱絕對不可能淨化的寶可夢，而且絕招更是有四個之多！