八月，朱由檢以謀逆大罪，將袁崇煥施以淩遲之刑，兄弟妻子流三千裡，籍其家。
京城民眾歡呼雀躍，天下百姓嗚呼哀哉。
崇禎四年。
正月，後金皇太極吸取教訓，鑄造紅衣大炮，炮身銘刻【天佑助威大將軍】，自此建奴擁有火器，開始利用其攻城拔寨。
三月，福建農民起義軍揭竿而起，勢如破竹，沿途未遇任何抵抗，朱由檢忙派兵剿之。
八月，皇太極率清兵圍攻攻大淩河，守將祖大壽被圍於城內。登萊巡撫孫元化奉命派兵赴援，領兵大將孔有德臨陣叛逃，攻回登萊，登州一度失守。
崇禎五年。
正月，孔有德攻陷登州，抓獲尋死未成的巡撫孫元化等人，最終放歸京城。孫元化回京被捕，定為罪首，百口莫辯。
六月，黃河決口，軍民商戶死傷無數，百姓無路可走，聚而造反。
七月，登萊巡撫孫元化失守定罪，被斬於菜市口，恩師徐光啟救而不得，自此鬱鬱寡歡，病魔纏身。
九月，農民軍高迎祥、羅汝才、張獻忠、李自成分四麵進擊，連克十餘州府縣城，沿途殺人無算，朝野再次震驚。
崇禎六年。
二月，起義軍攻入河北，連陷趙州、西山、順德、真定等地，距離京城之近，令百官膽寒。
六月，明軍鄭芝龍與荷蘭艦船在閩南金門島發生大規模海戰，戰鬥持續三月，以鄭芝龍獲勝告終。
十月，鬱鬱寡歡的徐光啟逝世，贈少保，諡文定，自此天壽山聚義眾人，全軍覆沒。
十二月，高迎詳、李自成帶兵攻入四川，四散開花，燎原之勢越演越烈。
崇禎七年。
五月，皇太極統一漠南，西征察哈爾，繞過山海關直逼關內，三渡來勢洶洶。
十月，起義軍攻入湖廣，再入河南，黃河以南一片糜爛之勢。
崇禎八年。
正月，起義軍高迎詳、李自成、張獻忠等合兵一處，以迅雷不及掩耳之勢攻入中都鳳陽，燒毀皇陵樓殿，焚龍興寺，殺官員宦臣無算，朱由檢驚聞祖墳被刨，伏地大哭。
同月，命洪承疇為兵部尚書兼總督河南、山、陝、川、湖軍務，賜尚方寶劍，帶兵十萬，多路進攻農民軍。
同月，李自成和張獻忠因鳳陽財寶分贓不均，雙方產生間隙，起義軍出現巨大分歧，各走一方，各自為戰。
五月，總兵曹文詔於漢中率部偷襲農民軍，農民軍大敗而逃，朝野歡呼。
六月，曹文詔率部追擊李自成等農民軍，於真寧湫頭鎮中伏陷入重圍，曹文詔兵敗自殺。
九月，朱由檢重用天雄軍之主盧象升，總管河南、山東、湖廣、四川四省軍務，同時兼湖廣巡撫，圍剿農民軍。
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