雨軒一行人在旅途中意外得知了一個名為“大傻穀”的地方，那裡據說埋藏著古代寶可夢的化石寶藏。懷著對未知世界的好奇和探險的熱情，雨軒，小智、小霞、小剛以及他們的寶可夢們踏上了前往大傻穀的旅程。
“超古代寶可夢的化石哎，好酷啊！”小智此時滿心都是對未知的期待。
“還有菊石獸，化石盔這種水屬性寶可夢的化石呢，要是能見到活的就好了！”小霞對於任何水係寶可夢都沒有什麼抵抗力，一臉向往的樣子！
“這裡據說是發現了大量的遠古寶可夢的化石，前麵不遠的山穀，就是挖掘化石的地方。”小剛平時沒事兒的時候，也會到月見山挖掘化石和進化石，借此來貼補家用，此刻竟然有種親切感。
“古代寶可夢的化石，老頭子和大吾應該會喜歡吧，”雨軒此時想起了這個世界的親人，兩個重度石頭愛好者，茲伏奇社長和大吾，嘴角不經意間露出一抹微笑。！“我們也去看看吧！運氣好，挖掘到化石也說不定呢！”
“同意……”“好期待啊……”“我沒問題……”對於雨軒的提議，大家全票通過，並對此表現的很是期待。
“呦，是小智啊！我和你說，你可是來晚了，我已經挖掘到珍貴的化石了呢……”當他們到達大傻穀時，這裡聚集了大量挖掘化石的人，竟然遇到了小智的勁敵小茂。小茂興奮地告訴他們，自己在這片土地上發現了一些珍貴的化石，並且正在努力挖掘。
“小茂你彆得意，我一定很快就會挖掘到化石的！絕對不會輸給你的……小智被這突如其來的消息所吸引，決定加入挖掘工作，希望能夠揭開更多關於古代寶可夢的秘密，總之不管怎樣，不能輸給小茂那個家夥。
然而，就在眾人都在專注於挖掘的時候，一股不祥的氣息籠罩了整個山穀。原來，火箭隊的三人組——武藏、小次郎和喵喵，為了獲取這些珍貴的化石，竟然在山穀中安裝了炸彈。眾人並未察覺到了危險，即便是發現，現在也已經來不及撤離，炸彈即將引爆，整個山穀都將陷入毀滅的邊緣。“你們就傻傻的挖吧！挖的哪裡有用炸藥來的快，古代寶可夢的化石，快到碗裡來！”
在關鍵時刻，小智發現了火箭隊的陰謀，想出了一個大膽的計劃。“火箭隊，不會讓你們得逞的！傑尼龜，就決定是你了！快點澆滅導火線的火！”小智想利用自己的寶可夢，成功地切斷炸彈的導火索,火箭隊三人組可不能坐視不理，派出寶可夢阻攔小智，可不能讓小智破壞了他們的發財大計!
“阿柏怪，阻止他！”
“雙彈瓦斯，保護導火索……”
但不幸的是，他沒能阻止炸彈的爆炸，炸彈將山穀炸出了一條深深的裂縫，小智不慎墜入了這個山穀的深處，進入了一個未知的地下洞窟。
“小智……”“皮卡丘……”等眾人被爆炸聲吸引來的時候，親眼目睹了小智落入裂縫，可是到了跟前才發現，裂縫已經被滾落的石頭封住了。
“彆擔心，我用超能力瞬移進去，把小智救出來！”在眾人不知所措時，雨軒直接一個瞬移消失在原地。
在這個神秘的地下世界裡，小智不知眾人的擔心，在探索這個洞窟時，遇到了化石盔、菊石獸等化石寶可夢。這些生物有些雖然已經失去了生命的活力，但也有陷入沉睡的，它們的存在卻見證了一個遙遠時代的輝煌。
遠古時期，一種生物以其威嚴的存在震懾著整個時代，那就是化石翼龍。它的體型龐大得令人窒息，翅膀展開時遮天蔽日，仿佛是一座移動的山峰。那強壯的身軀，每一塊肌肉都蘊含著毀滅性的力量，仿佛隨時都能爆發出摧毀一切的能量。
化石翼龍的頭部更是威嚴無比，那雙炯炯有神的眼睛閃爍著冰冷而銳利的光芒，仿佛能洞察一切虛妄。它的嘴巴微張，露出鋒利的牙齒，仿佛在警告著任何敢於接近的敵人。那張猙獰的麵孔，讓人一看就心生畏懼。而它的背部則覆蓋著堅硬的鱗片，每一片都像是天然的盾牌，既能抵擋敵人的攻擊，又能在必要時作為武器使用。那強壯的雙腿和鋒利的爪子更是讓人不寒而栗，仿佛隻要被它一抓就能將敵人撕成碎片。
而這隻沉睡的遠古霸主，卻因剛才的爆炸聲，漸漸從沉睡中蘇醒，猩紅的眼眸，讓小智和火箭隊三人組不寒而栗，“吼……”伴隨著這位遠古霸主的怒吼，漆黑的洞窟裡，一雙雙猩紅的眸子出現，一股恐怖的氣息將眾人圍繞。
“火恐龍，快對付這些家夥吧！”為了對抗恐懼，小智派出了火恐龍，可是火恐龍根本不聽小智的命令，徑直走向一處石台，開始躺下休息起來，除了尾巴上的火焰，給洞窟裡提供了一絲光明以外，屁用沒有！在眾人陷入無助與恐慌時，雨軒出現了！
“嘿，沒想到還有意外收獲呢！你們不要緊吧！自己找個地方躲好，我沒辦法分心照顧你們，看來這些家夥可是不太歡迎我們呢！”看著逐漸將眾人包圍起來的身影，雨軒不禁無奈苦笑。“大家都出來吧！”
“大家隨意攻擊！以保護眾人為第一原則！開始吧！”雨軒直接扔出精靈球，將寶可夢們放出！
巨沼怪也不挑剔，隻要擋在眼前，上去就是一頓亂拳暴打！大針蜂磨槍霍霍的向鐮刀盔走去，這是刀與槍的碰撞。太陽伊布額間的寶石亮起光芒，用念力將菊石獸困在原地，無法再向前一步。沙漠蜻蜓對上了遠古的天空霸主，展開了一場空中對決，黑暗鴉則是在一旁伺機而動，為沙漠蜻蜓進行輔助。小火龍時不時的噴出一口火焰，欺負欺負被束縛的菊石獸，活脫脫一副仗勢欺人的模樣，完全沒有什麼壓力。
雨軒則是趁機用念力掃描了一下整個洞窟，發現除了一些化石；還有意外驚喜，一顆寶可夢的蛋，以及一塊ega原石，就在化石翼龍剛才沉睡的地方。雨軒不動聲色的這些統統收進小世界裡，然後開始收獲勝利的果實，扔球……
天予弗取，反受其咎。這樣的事情雨軒可不乾，雖然這些古代化石寶可夢是在大傻穀發現的，可是誰讓被雨軒碰上了呢？那就是雨軒的！隨身小世界了解一下，那裡更適合生活。
將洞窟搜刮一空後，雨軒讓沙漠蜻蜓將洞窟上方打出了一個通道，帶著眾人一起回到了地麵。值得一提的是雨軒的小火龍在這一次的戰鬥後，竟然進化了，不過那遠超同類的體型，讓人更願意認為，那是一隻噴火龍。小智的火恐龍眼中戰意升騰，卻不料被雨軒的火恐龍無情鎮壓，一頓老拳下，消停了不少，不過眼中的對力量的渴望卻未曾消退。
一場鬨劇後，告彆小茂和其他村民，雨軒和小智一行人繼續他們的旅程。而那顆在挖掘現場偶然發現的蛋，則成為了他們新的冒險的起點，它的孵化將開啟一段新的冒險。雨軒知道，無論前方的道路多麼艱難，他都會帶著夥伴們一起前行，去探索那些未知的世界，去守護那些值得守護的生命……
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