起初，人們不以為意，各國還是互相打仗，直到事態再也無法控製，人們才意識到，放任這些由神諭細胞構成的生物進化下去，有多麼可怕。人類，很可能會被些生物給滅絕。麵對這種威脅，各國終於聯合了起來。他們共同研究強大的武器，用來對付這些危險怪物。
可是，有些錯誤一旦犯下，就無法挽回了。這些生物，表麵看上去殺死了，可是他們的身體細胞仍有活性。有活性的神諭細胞會自動脫離主體，重新組成新的個體，甚至發生進化。
人們意識到，這些東西殺不死，也殺不完。人們麵對這些生物的侵襲，隻能維持相對平衡的狀態。
克雷斯星球上的人，平均壽命很低，隻有不到幾十年。為了對付神諭生物，研究人員將神諭細胞和人體結合，從而提升力量來使用他們研究的弑神武器。結果，好多參加戰鬥的青年，未成年就死了。有戰死的，也有被自己體內的神諭細胞吞噬的。雙方的平衡，漸漸向神諭生物傾斜。
為了解決培養的戰士跟不上戰鬥消耗的問題，一個叫卡爾薩斯的人研究出了一個可以進行神經鏈接的超級計算機主機——玄冥。人們的意識可以通過神經鏈接進入玄冥，到時候，意識可以再利用玄冥控製身體。玄冥還可以將人的意識以數據的形式保存起來，這樣一來，隻要玄冥存在，人的意識就不會消失。隻要將人的身體改造成半機械狀態用來儲存意識，戰士就可以重生。
玄冥科技誕生後，戰場上，半機械戰士就代替融合了神諭細胞的戰士，人類從此穩住了局麵。
卡爾薩斯本以為，從此克雷斯可以進入半機械文明時代，可是各國領導卻覺得，那些半機械戰士太過危險，結果卡爾薩斯的研究，就遭到了各國的反對。卡爾薩斯由於不甘心，便領導著跟隨他的一小部分人，發起了一場機械戰爭。
當時的一千多年以前，天神星域天神文明內戰結束，冥王被放逐到宇宙當中。幾百年後，冥王漂流到天河係，發現了天使文明。冥王一開始想要統治這裡，可是天使戰士太多，冥王最終失敗。冥王在發現了天使的強大後，便用詭計，騙天使女王希德·妮亞帶宇宙艦隊征討天神星域。結果，宇宙史上兩個相距三十多萬光年，除了發源地一樣，其他毫不相關的文明，就這樣開戰了。宇宙史稱，第一次宇宙神戰。
不過，第一次神戰並不是很激烈，因為天神文明無心開戰。隻是，由於冥王從中作梗，導致雙方糾纏了兩年。好在最後，希德妮亞和當時的神王玉曦，識破了冥王的陰謀，第一次神戰就此終止。
之後，雙方化解了仇怨，決定一起審判冥王，可惜冥王趁機逃走，後加入惡魔艦隊。
後來，天使利用蟲洞，在天河與神河兩個星河之間建立起了宇宙空間傳送通道。從此，兩個文明之間可以互相往來。
從那以後，神王玉曦和希德妮亞，分彆將王位傳給了龍羲和愛爾蘭·希德·問雅。至於他們兩位，則踏上了探索其它星河的宇宙征程。
當時，玉曦帶上了上萬天兵神將，五百太空戰舟，希德妮亞女王也帶了上千天使，以及上百艘天使戰艦。雙方一起探索其它星河，在近千年時間裡，發現了不少智慧文明。
在希德妮亞女王和玉羲神王一起探索其它星河的時候，天河係的天使艦隊也在擴建傳送蟲門，探索其它恒星係。在此期間，天使偶然發現了克雷斯星球，當時克雷斯星球上正處於戰爭時期。那正是卡爾薩斯發起的機械戰爭。為了幫助他們，天使決定入駐這顆星球。
在天使的幫助下，卡爾薩斯發起的戰爭被鎮壓，人們也清除了大多數的神諭怪物。卡爾薩斯眼見不妙，便帶著玄冥科技和一部分神諭細胞，搭乘太空船逃離了克雷斯，直到被當時正在宇宙中逃亡的冥王發現。
當時冥王已經掌控了嘉娜維亞的惡魔勢力，沉睡在玄冥中的卡爾薩斯帶著克雷斯星球的星球的科技在宇宙中流浪，正好被他們發現。不久之後，冥王帶著艦隊來到銀河，開始慢慢發展。後來卡爾薩斯通過研究惡魔科技還有冥王的力量，建立冥界，又在銀河係中央巨型黑洞處，建造了超級銀河空間站，用來監控整個銀河。
冥界是通過玄冥計算引擎，在暗位麵建立起來的次元空間。要進入冥界，需要將生命體的身體物質分解，形成原子形態構成的信息能量團，再利用微蟲洞穿梭到冥界，通過超級計算機將能量團在冥界重組。從冥界出來也是用同樣的方式。
至於卡爾薩斯的玄冥計算引擎，後來被改造成了玄冥之棺，成為了冥界的大門。從那之後，卡爾薩斯就將數據意識保存在冥界，在外成為了沒有實體的存在，被戰士們稱為虛空死神。
就這樣，冥王，死神卡爾，惡魔女王嘉娜維亞，他們在銀河係悄悄發展，建造了大量空間站，培養了大量的戰士。
之後不到一千年，天使艦隊在銀河係發現冥王艦隊，冥王便開始和天神以及天使，進行了第二次神戰。
第二次神戰，持續了百年。由於神和天使準備不足，加上惡魔軍團有意埋伏，戰爭剛開始，玉曦神王便隕落了。剩下的天兵神將付出的很大的代價，才掩護天使部隊撤離。
之後，希德妮亞女王讓一位天使帶著活下來的神將去搬救兵，希德妮亞女王自己和剩下的天使與惡魔軍團周旋。十幾年後，當神王龍曦和愛爾蘭·希德·問雅女王率領部隊來增援時，希德妮亞女王早已經陣亡。戰場上的天使小隊，也隻剩下不到五十人。
後來，惡魔艦隊節節敗退，天使占領了一個又一個空間站據點。最後，卡爾薩斯和嘉娜維亞的突然拋棄冥王，帶艦隊撤離，冥王就此敗亡。
後來，天使艦隊來到嘉娜維亞的空間站據點，和惡魔軍團對峙。卡爾薩斯趁機讓機械軍團趕到附近包圍，準備征服所有人。
原來，卡爾薩斯之前一直通過冥界培養他的機械軍團，準備在最後時刻，征服所有人，建立他自己的銀河帝國。
卡爾薩斯的野心暴露後，當場惹怒了嘉娜維亞。在天使艦隊與卡爾薩斯的機械部隊大戰時，嘉娜維亞告知問雅女王，卡爾薩斯的意識數據藏在冥界，而冥界的大門，玄冥之棺，被他藏在銀河中央那巨型黑洞處的超級銀河空間站中。之後嘉娜維亞就帶著殘餘不多的部隊乘飛船逃離了現場。
當時卡爾的機械部隊數量雖多，可是戰鬥力一般，結果全軍覆沒，自己藏匿的位置也嘉娜維亞暴露。卡爾薩斯隻好帶著玄冥之棺，從超級銀河空間站轉移，後來被問雅女王帶人一直追擊。
可惜當時夜陽的艦隊突然介入，問雅女王在追擊卡爾薩斯時，被夜陽麾下圍困，卡爾薩斯當場選擇加入夜陽艦隊。最後問雅女王為了阻止那些人的戰艦進行空間跳躍，自身撞入戰艦能量，和戰艦同歸於儘。
後來天使和神將各率小隊追擊夜陽時，曾經追趕到地球星，發現了這裡的生命。這顆星球已經出現了智人，未來也會誕生智慧文明。
當時，一些神將和天使選擇在附近的星域駐守休整。龍羲則帶領剩下的戰士征討源河。
後來，天使們和神將經過商議以後，決定留下一些人繼續駐守銀河係，同時研究在地球發現生命，觀察地球文明的發展。之後天使在地球暗位麵，建造了一個和冥界類似的空間據點，天空之城。他們就這樣默默觀察地球文明發展，一直到現代。
如今，天空之城創造了七個超級戰士，讓他們在現代環境下長大。本故事，也就從這裡開始……
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