明末南海一千戶！
控製廣州府後，張鵬飛一麵鞏固防禦，一麵開始治理地方。
政治上張鵬飛清除了忠於明廷的官員換上自己的親信，並澄清官吏嚴懲貪汙，恢複農業發展工商，鞏固了在廣州府的統治。
軍事上他擴大軍隊，建立起十萬海陸軍，並整合廣州府沿海的船塢，組織工匠雇傭葡人技師打造戰艦。
在發展過程中，張鵬飛感覺西式人才的缺乏，便將主意打到澳門頭上了，西元1643年七月，張鵬飛派出一萬大軍從水陸兩路包圍了澳門，並給葡澳當局下了最後通牒，命其三天之內投降，普澳當局在權衡了雙方的實力以後，明智的掛起了白旗。張鵬飛便下令將澳門境內的葡人華人中有才能者全部量才錄用。
張鵬飛又派兵占領瓊州府，並招募苦力開挖石碌鐵礦，他利用廣州佛山的煉鐵工匠和葡人的一些煉鐵技術在石碌建立了新的鋼鐵基地，又將澳門卜加勞炮廠和萬山炮廠合並，建立了規模和技術在全世界也數得上號的佛山炮廠。
正當張鵬飛全力經營，使廣州府一切欣欣向榮的時候，西元1644年4月25日，也就是明崇禎十七年三月，崇禎帝於煤山自縊殉國，李自成進入北京。
李自成在進入北京後，因為追贓助餉和招安吳三桂等問題上出現一係列錯誤，導致吳三桂引清兵入關，在清軍和吳軍的聯合進攻下農民軍於一片石戰敗，李自成於退出北京，第二天，多爾袞進入並定都北京。此時福王朱由崧在南京即位是為弘光帝。
張鵬飛趁機向南京明廷上表請降，南京方麵正要鞏固統治，便答應招安，任命張鵬飛為廣州總兵，實際控製廣州府。
又過一年，清兵南下，弘光帝被嚇破膽，下詔天下勤王。張鵬飛義無反顧的帶領百艘戰艦和一萬水軍於萬山島誓師，北上勤王。
弘光朝的兵部尚書史可法在揚州抵抗，城破，清軍在揚州屠城十日，史稱“揚州十日”，揚州百姓死難八十餘萬，是後世日軍南京大屠殺的三倍！
張鵬飛率軍抵達南京江麵時，已是四月中旬，他對揚州發生的事無能為力。入城朝見弘光帝，張鵬飛發現這朱由崧膽子小了些，但也沒有曆史上說的那麼不堪。從皇宮出來，張鵬飛便去前往秦淮河見識一番，結識了在此議論國事的複社眾才子和國子監監生鄭森，也就是後來的鄭成功。
當時鄭芝龍之地鄭彩也率鄭氏艦隊兩萬餘人布防於南京江麵，但鄭彩見江北明軍迅速潰敗，便欲率軍東逃入海。
張鵬飛得到消息，緊急約見鄭森，鄭森得知鄭彩想臨陣脫逃也十分氣氛，於是張鵬飛派海豹隊和鄭森一起前往鄭氏艦隊，突襲並抓住鄭彩，助鄭森奪取鄭氏艦隊的領導權。
此時多鐸率大軍已經抵達江北，張鵬飛和鄭森聯合防禦江麵，雙方大戰一月有餘，清軍不但無法渡江，反而損失慘重。
此時在長江中遊的阿濟格聽說多鐸受阻，便派三千精騎從長江南岸晝夜兼程突襲南京，沿途明軍望風而降，清軍於六月抵達南京城下。
弘光君臣見到清軍，還以為長江防線崩潰，舉朝大驚，弘光帝棄城而逃，大臣開城投降，南京失陷，正在江上與清軍對峙的張鵬飛和鄭森見無力回天也隻得順江而下逃入海中。
弘光帝逃入黃得功軍中，沒想到黃得功也很快敗亡，弘光帝為叛將田維所擒，欲送往清營邀功，不想半途卻遇上一支神秘的部隊，殺死田維劫走了弘光帝。原來張鵬飛早知此事，便派一支精銳在半路等著。
張鵬飛救出弘光帝將之帶往廣州，弘光帝封其為兵部尚書、兩廣總兵。從此張鵬飛挾天子以令天下，很快便控製整個嶺南。
這時清軍進入福建，鄭芝龍降清，被勝利衝昏頭腦的清軍便派李成棟率四萬人進攻廣州。
張鵬飛聞訓親率大軍十五萬前往迎擊，一場大戰，李成棟兵敗被俘。張鵬飛惱其是揚州十日的主凶之一，將之連同數百軍官全部淩遲處死。
多爾袞收到戰報本欲大舉討伐卻被降清的洪承疇勸阻，洪言道張鵬飛本也是明庭叛將可以招降。多爾袞便派在南京時和張鵬飛關係不錯的降臣前往廣州以平南王的頭銜誘降。
張鵬飛秘密接待了清使，言道自己也打算投降，不過級彆太低的人他有些信不過，希望清庭能派幾個重量級的人物過來，比如範文程和洪承疇，最好還能派個王爺過來和張鵬飛盟誓，當麵封張鵬飛為平南王，世代鎮守嶺南，這樣張鵬飛才會投降，並將弘光帝交給清軍。
多爾袞得到的回報，便派範文程和鼇拜前往廣州招降，張鵬飛在廣州皇宮接待清使，當即將範文程下油鍋炸成人乾，又將鼇拜等其他滿清人員前部扔進禦花園中的虎園喂老虎。
多爾袞聞訊大怒，派多鐸帶十七萬清軍進攻嶺南，清軍一路聲勢浩大，連張鵬飛手下一些地方官員都頂不住壓力而降清。
為了鼓舞士氣，張鵬飛帶上弘光帝，以瑜伽清蒸為名，帶領嶺南明軍主力三十萬前往迎擊，雙方在擺開陣勢大戰，明軍損失慘重，但還是頂住了清軍的攻擊。
戰局僵持三個多月，清軍糧草不濟士氣低落，而明軍得到兩廣各地不斷援助實力越來越強。
多鐸見正麵無法獲勝，便派帶三萬精兵偷襲廣州，沒想到卻在水泥澆築堡壘火炮林立的廣州城牆下碰的頭破血流。
張鵬飛聽到消息，立刻調兵遣將切斷了廣州城下清軍的退路，並全殲了這支清軍。
此時彙聚到張鵬飛麾下的兩廣軍民已有六十餘萬，且士氣高漲，張鵬飛發起進攻將清軍包圍起來，並動員軍民修築工事圍困清軍，還修築炮台，安置數百門遠程重炮晝夜轟擊清營。
清軍陷入絕境拚死突圍，張鵬飛適時發起總攻，經過三天的激戰全殲清軍，陣斬多鐸。清軍有三萬多人向明軍投降，其中女真人全被坑殺，漢人全部發往礦山為奴。
獲此大勝，部下紛紛勸說張鵬飛立刻北伐收複江南和中原，但張鵬飛拒絕了這個建議，反而開始整頓內政和進軍南洋。