入主長安城後，楊安玄忙得不可開交。先將已死的姚興梟首裝入木盒，對外宣稱入宮後將秦皇斬殺，可以減輕一下太子姚泓的罪責。
姚泓歸降，少了許多傷亡，楊安玄無意誅殺這位降太子，是死是活看建康處置。
將首級、玉璽、重器以及包括姚泓在內的秦國宗室百餘人，捎帶上梁喜、竇溫等重臣一股腦裝上戰船，讓劉衷通過水路將他們運往建康城報捷。
接下來處理俘兵，抓獲大夏俘兵八千四百餘人，長安城秦國降軍近兩萬人，這些人暫時關押在城南的軍營中，若不及時處理這些人將是隱患。
將大夏軍和秦國軍隊打散分成兩部，楊安玄命楊思平、趙田各率三千精兵、八千屯軍押運這些俘兵前往上洛和弘農安置。
這些俘兵多是青壯，這些人若能順利充實到雍、司之地，能讓治下實力大增。但要這些人背井離鄉，路上可能發生意外，楊安玄暗示兩人，若有俘兵作亂，不妨殺之。
緊接著楊安玄將宮殿以及書籍封存好，宮中僅留少許內侍、宮女維護，其他人遷出宮外。楊安玄把從宮中得到的珍寶賞賜給出征將士，許諾將宮中所得女子賞賜給有功將士，。
要安撫百姓，當務之急是賑濟災民。賑災糧不足，楊安玄讓趙田帶了張鋒、沈慶之查抄秦國王公貴戚的府邸，抄這些人的家秦國百姓隻會拍手稱快，有利於安定民心。
有人舍命不舍財，試著憑家世講講道理，結果用人頭造就出晉軍的凶殘，讓秦國王公大臣對亡國有了深刻的理解。
為防止兵馬四處搶掠，楊安玄在谘議殿召集麾下文武以及秦國降官約法三章，不準隨意搶掠，不得侮辱婦女，不可妄殺無辜，違犯者斬。
楊安玄將得到的後秦國土暫劃為北雍州，以王鎮惡為刺史，主持軍政事務；陰績為州彆駕、岑明虎為州治中、蒯恩為州司馬；又命秦國降臣趙琨為京兆尹，讓他安撫長安城中士族百姓，組織補種、補耕。
根據黃富提供的名單，任用了一批暗中向晉軍投誠的秦國官員，這批新貴多是熟人，見麵後方知對方早已向晉軍投誠。
這批人原本處於秦國的低層，上位後為了表現出自己的價值，做事賣力，唯恐被人取代，對待曾經的上司、同僚分外嚴苛，楊安玄借助他們迅速地穩定住官場政體。
待局麵控製住後，楊安玄留下兩萬兵馬歸王鎮惡統轄，將蒯恩、岑明虎、陰績、周超、馮衡等人留在其麾下，自己與朱齡石、張鋒、沈慶之等人帶了兩萬四千兵馬出城駐紮在南門軍營中。
長安城內有人不堪國破家亡的慘狀，飲藥、懸梁、投井而死，哀泣之聲時現。對於另一些人來說新主到來意味著新的機會，歌功頌德有之，敬獻祥瑞有之，進貢美女珍寶有之。
城門處發放的賑災粥倒是不限量，性命無憂，普通百姓可不管城頭變幻了大王旗。
廣平公府被改為刺史府，每天前來求見獻寶的車輛排到裡許外，王鎮惡忙得腳打後腦跟，痛並快樂著。
後秦雖滅，餘孽尚存，要穩定住局麵得等到六月麥收之後，百姓手中有了吃食才會安穩下來，屆時推行仁政、減免稅賦，吸附部落來投，通過儒學、戲曲等文化的手段增強凝聚力。要做的事很多，楊安玄腦中泛起“任重道遠”四個字。
姚泓歸降後，楊安玄讓他發出詔書，命令秦國境內的城池歸降，有不少縣城接詔後歸降，也有人據城而守，誓死不降。
殘存的最大三股勢力分彆是陳倉一帶的姚恢、姚諶；池陽一帶的姚讚、姚益男；河東郡的姚懿，這三股勢力不滅，楊安玄不能安心回師。
河東郡的姚懿所占地盤最大，但北魏長孫嵩南攻被阻，得知長安城破後秦已亡，命駐軍溫縣的安平公乙旃眷攻取河東郡東垣，待長孫嵩率一萬六千兵馬彙合後，繼續西進取安邑城北的聞喜，從東、北兩麵合圍安邑城(河東郡治所，今山西夏縣西北、運城東北)。
姚成都率軍出戰，兵敗，據城而守。姚懿命姚成都之弟姚和都守猗氏城，自己以蒲阪為國都，發動百姓抗擊魏軍，沒人響應。
諜報送到楊安玄手中，看來蒲阪秦軍殘餘先不用忙著對付。楊安玄的視線從河東郡暫時挪開，投向長安城北的池陽城(今涇陽和三原一帶)。
池陽離長安城不過百餘裡，不過姚讚、姚益男的率兵馬不過一萬二千人，無力南下，等自己平定陳倉之後再率軍前去剿滅。
陳倉的姚恢、姚諶麾下有近二萬兵馬，這些將士常年與諸涼作戰，皆是精銳，不好對付，而且西秦的乞伏熾磐率軍相幫，姚恢駐陳倉東北的雍縣、姚諶駐陳倉城，乞伏熾磐則鎮守在故道城，將孟龍符攔在故道城之南。
楊安玄率大軍一路往西，槐裡、邕平、武功、美陽、郿縣等城望風而降，五日後到達陳倉東二十裡處。