明清時期，中國武術技法異彩紛呈，創造了眾多門派，拳種，尤其是少林拳已名揚天下。
養生術也與武術結合，內功就此形成，從而使“內外兼修”成為中國武術區彆於世界其他技擊術的重要特征之一。明清時期這些有關武術的著作大量出現，確立了中國武術在世界武壇的地位。
少林寺最早是北魏孝文（495年），為安頓印度高僧跋陀，詔令在嵩山少室山北麓修建少林寺。少林寺開辟譯場，佛學重鎮。被尊為“禪宗祖庭”。
到了北周武帝宇文邕在位時，下令禁佛、道活動，少林寺遭重創，佛像被毀，僧眾被遣散，寺院一度荒廢。
直至少林寺曇宗等十三位僧人擒拿王仁則，助秦王李世民奪取轅州城，受到封賞，少林寺名聲大振，習武之風代代相傳。
唐高宗、武則天等皇族對少林寺恩寵有加，禦書、題碑、留幡象及施物甚至親臨幸巡，少林寺逐漸成為禪學重鎮。
由於佛教盛行，佛教寺院經濟過分擴張損害國庫收入、與普通地主存在矛盾、唐武宗崇信道教以及政治鬥爭等因素。唐武宗李炎進行“會昌毀佛”運動，清查天下寺院及僧侶人數，規定全國東西二都可以留寺兩所，每寺留僧30人。
天下各節度使治所留寺一所，留僧5至30人不等；其它寺廟全部拆毀，僧尼全部還俗。
據記載，此次滅佛共拆毀寺院4600餘所，拆除山野中的小寺廟（蘭若）4萬餘所。沒收寺產良田數千萬頃（此數存疑，可能“頃”為“畝”之訛），奴婢15萬人，僧尼迫令還俗者共26萬零500人。
元朝時期少林寺經曆了從興盛到受戰亂衰落，雪庭福裕是元初少林寺住持，重整了少林寺的下院永慶寺，恢複白馬寺，建立少林寺的宗法製度，製定了七十字的傳法輩份，標誌著少林寺從此形成了一個子孫相繼的禪院，對少林寺的傳承和管理有著深遠意義。
在雪庭福裕的帶領和官方的支持下，吸引了眾多僧人和信徒前來，成為禪宗教派的重要朝聖地，湧現出了許多優秀的僧人。慶公（慧慶），俗姓蔣，為少林寺免除捐稅等事務積極奔走，還整理雪庭和尚的著述並刊刻傳世，還有足庵禪師、靈隱禪師等，他們在佛法的修行和弘揚方麵都有一定的貢獻，推動了少林寺的發展。
元代是少林禪醫大發展時期，建立了“主傷科兼修內科、兒科，醫眾僧兼俗疾，方為普渡眾生”的僧醫方針。
惠定禪師、慧炬、慧朋、慧遠等在醫學方麵有專長的僧人。惠定禪師著有《少林骨科旨要》《少林丸散譜》等；慧炬總結了此前僧醫針灸經驗，對經驗穴研究頗深，傳弟子甚多；慧朋主修內科，對於胃腸疾患治療尤長；慧遠善於使用少林寺周圍新鮮中草藥治療疾患，對中草藥炮製學研究甚深。
元末，紅巾軍起義，天下大亂，少林寺受到戰火波及。少林寺的建築和部分經書、武術書籍遭焚毀，寺僧大多逃散，少林寺再次衰落。
在這一艱難時期，嵩溪子定擔任少林寺住持。他帶領剩下的二十多名老弱殘僧“率眾農作，以身先之。日則耕耘，夜則參道”，使得僧眾漸漸回寺，但也難以恢複少林寺往日的輝煌。
到了明朝，少林武術的理論著作和實戰水平得到空前發展，是少林功夫武術水平精進、體係及門派形成的時期。少林僧兵多次受朝廷征調參與抗倭作戰等，屢建功勳，受到朝廷嘉獎。
清朝初期，少林寺重新受到朝廷重視，康熙帝禦書“寶樹芳蓮”“少林寺”及“天下第一祖庭”匾額，雍正帝禦批重修少林寺，整頓門頭。乾隆皇帝於乾隆十五年夜宿少林寺方丈室。他留下了《宿少林寺》一詩“明日瞻中嶽，今宵宿少林。心依六禪靜，寺據萬山深。樹古風留籟，地靈夕作陰。應教半岩雨，發我夜窗吟。”還為少林寺的殿堂題寫了五塊匾額、四副楹聯。
由於存在許多反清複明的組織，習武練功這在一定程度上推動了武術在民間的發展。門派林立、拳種豐富。
以區域分有南派、北派，南方如閩粵一帶的洪拳、五祖拳、白鶴拳等，北方則有通臂拳、梅花拳、義和拳、二郎拳、大小紅拳、八卦拳、太極拳、螳螂拳、蓮花拳等。
以山川分有少林派、武當派等；以宗教分有佛家外功、道家內功；以門類分有太極門、形意門、八卦門、迷蹤門等。不同的流派有著各自的傳承體係、技術特點和理論基礎。
道家的陰陽五行、儒家的仁義道德等，進一步深入地滲透到武術理論和實踐中。武術與導引養生術的結合更加緊密，內功的形成成為中國武術區彆於世界其他技擊術的重要特征之一。
1928年，國民軍石友三火燒少林寺，天王殿、大雄寶殿等主體建築除立雪亭與千佛殿、山門外，幾乎全部化為灰燼，寺僧被迫逃亡他鄉。
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新中國成立後，少林寺進行了大規模修複和擴建，被視為中國文化遺產，旅遊勝地。“天下武功出少林”的美譽。通成為連接世界人民友誼的紐帶，為中外文化交流搭建了重要的平台。
董海川是八卦掌的創始人，出生於嘉慶年間河北一個農民的孩子，身材高大、臂力過人，受堂兄董憲影響，喜愛鑽研武藝，性格剛烈、嫉惡如仇，常為貧弱者打抱不平。
在遊曆九華山時，在山中迷路，偶遇兩位童子，被引到懸崖絕壁處的“雲霞洞”拜見祖師畢澄霞，董海川拜其為師在山上苦練八年，並創造出八卦掌與師兄反複演練。
1862年，董海川因誤傷人性命，遠走他鄉，流落至京師。起初他在皇宮內充當宦官，改投肅親王府內當一名司菜太監。
董海川低調隱忍，一直保持著夜間練武的習慣。一日練武時被王府總管全凱亭窺見，全凱亭幾次接近董海川都以失敗告終，深知他武功高強、深不可測，但隻是暗中觀察，並未對外聲張。
在肅親王六十歲壽宴上，董海川端茶時展示了絕學“八步淩空”，茶水一滴未灑，引起肅親王注意，讓他獻藝。
他演示了自己創編的八卦掌，在場之人都被其武藝折服。肅親王府的武術總教習沙某不服，提出比試，兩三回合便敗下陣來。於是，肅親王任命董海川為王府武術總教習，領七品銜、護院總管。