在河南、湖廣等地官軍與義軍激戰正酣時，東南沿海地區也在一步步醞釀著巨大的變革。
熊文燦自去年六月巡撫福建後就著手全力整治福建水師，並不斷接觸鄭芝龍嘗試招安，促進福建沿海的和平穩定。
十一月時，熊明遇頂替熊文燦巡撫福建，熊文燦遷為福建總兵、提督水師。此時，鄭芝龍已經接受了朝廷的招安，跟隨熊文燦乘船北上去往京師麵聖。
十二月，熊文燦和鄭芝龍到達京師秘密麵見了朱由校，朱由校在禦書房麵授機宜，暢聊一日後，倆人又秘密離京，返回福建。
鄭芝龍返回金門老巢，召集部下商議，到會的全都是自己的家人和最為信任的下屬，分彆為鄭芝虎、鄭芝豹、鄭芝莞、鄭芝鳳、施大瑄、洪旭和甘輝。
鄭芝龍拿出皇帝聖旨和海防遊擊的印信，告知眾人“聖上已冊封我為從三品南安伯，任命我為南海水師指揮使。你們七個是我最親近、最信任的兄弟和家人，如果願意，我也會為你們向聖上請封職位。”
頓了頓，繼續道“我不想為難你們，如果你們不想效忠大明朝廷，大可現在就帶著船隻和部下離開，我決不攔著，但以後再見麵你我就再也不是家人兄弟了。”
說完就喝起了茶，不再言語。
鄭芝虎愣了一會兒，不理會還在震驚之中的眾人，道“我十四歲就隨大哥漂泊在外，無論大哥做什麼，我都聽大哥的！”
言罷，鄭芝虎就站到鄭芝龍身邊，鄭芝豹、鄭芝莞、鄭芝鳳三人也隨之。
施大瑄笑道“我一直以來跟隨大哥走南闖北，自然是大哥去哪我去哪，現在還能在朝廷混個一官半職，何樂而不為呢？”
施大瑄說完後，洪旭和甘輝也是同樣的態度。
“哈哈哈……好！不愧是我鄭芝龍的兄弟！以後我們兄弟八人同生死，共進退！”
鄭芝鳳提出問道“那其餘十八芝的兄弟怎麼辦呢？”
鄭芝龍歎了口氣道“你們也清楚，十八芝名義上以我為主，但平時他們各乾各的，我也管不了他們。後麵我會通告他們的，願意效忠朝廷的我也會為他們求得一官半職。但我怕他們有什麼彆的心思，所以我們幾人先做好準備，以防萬一。”
天啟九年二月一日，皇帝正式頒布聖旨
冊封鄭芝龍為從三品南安伯，設立“南海水師指揮使司”，任命鄭芝龍為南海水師指揮使，鄭芝虎為南海水師指揮同知，鄭芝鳳為南海水師指揮僉事，鄭芝豹、鄭芝莞、施大瑄、洪旭、甘輝為遊擊；
開放福建沿海多個海港，設立福建海關，征收海商賦稅，允許百姓憑證出海通商；
並命鄭芝龍“剪除夷寇、剿平諸盜”，整頓海商，招撫或剿滅海盜。
隨即，鄭芝龍給十八芝其餘人分彆去信告知投效朝廷一事。不久之後，十八芝就分裂開來，主要是以鄭芝龍為首的“一官派”和以劉香為首的“劉香派”。
特彆是在台灣島上屯墾的各部。楊天生和陳衷紀都是願意追隨鄭芝龍，同在島上的何斌和郭懷一既不願意投效朝廷，也不願意跟著劉香，就選擇投靠到荷蘭人那邊求得安身。
前首領李旦之子李國助不願看到兄弟相殘，憑著父親的餘威和聲望，也聚集了一批願意追隨他的人，便帶著人駕船離去，到琉球、日本一帶尋生計去了。
劉香極為痛恨官府，拒絕投降朝廷，帶著楊六、楊七、鐘斌、李魁奇直接與鄭芝龍決裂。
南居仁、南居益、南居業於天啟九年正月全部上任後。南居業在南京工部調集資源，南居仁統籌浙江地區的人力物力，開始集中力量於舟山島建設水寨、港口、造船廠，南居益負責組建“東海水師”。
早在天啟四年九月，南居益時任福建巡撫，就已經整頓福建水師打敗荷蘭人，收複了澎湖。當時的福建水師也是頗為精銳，但自從南居益升遷工部侍郎，就又開始逐漸懈怠糜爛。再到天啟七年，時任福建副總兵的俞谘皋在漳州府詔安縣銅山被鄭芝龍擊敗，所部全軍覆沒，福建水師精銳也損失殆儘。
南居益無奈，隻能調集浙江水師、福建水師、南直隸水師進行整頓改編。把報廢船隻拆除，利用木料修補尚好的船隻；成立造船廠、建設大型船塢，建造修補戰船；效仿當年戚少保招募浙江沿海居民訓練為水手。
三人之中，最頭疼的就是南居仁，他是負責後勤調度，人力、資源都好說，大明什麼都缺，就是不缺人、不缺工匠人才，南方也不缺造船要用的木料。目前最主要的就是缺錢！
之前南居益擔任戶部左侍郎就已經見識到了太倉的窘迫。然後皇帝在各地改革軍政，幾次大案中抄家搜刮得來錢財也是流水一樣花銷。南居益巡撫浙江第一件事就是裁撤冗官冗員、徹查空員空餉，開源節流，節省開支。
到南居仁接手，府庫中好不容易積攢的幾十萬兩銀子及皇帝從內帑調撥了三百萬兩，投入到舟山島基礎設施建設和組建水師，也就是扔到水裡，隻聽了個響。
麵對如此巨大的花銷，普通百姓已經夠苦了，不能再從百姓頭上搜刮，南居仁抓頭撓耳，好不容易想了些法子斂財。
第一是裁撤衛所。目前浙江都司是十六個衛所，在前期南居益已經查空員空餉的基礎上，南居仁把已經不滿編或缺員嚴重的衛所裁撤合並；
第二是靈活運用海關稅收。
根據朝廷製定、還未正式頒行的《海稅法（試行）》，海商關稅按照商品貨物種類不同，征收最低一成到最高六成的關稅。
南居仁設立浙江海關後規定以最低三千兩價格發放出海憑證的船隻，稅率不變；以五千兩價格發放的稅率打八折；以一萬兩發放的打五折；以兩萬兩發放的打三折；一次性交納五萬兩的，三年免稅。
第三是競標造船許可。
前期山東已經完成了海關的設立，開始海稅的征收，大量士紳地主也憑著雄厚的經濟實力投資出海行商。
民間的造船業也逐漸興旺起來，官府考察有實力、有技術的船工船匠，頒給他們造船許可，征收一定的商稅。
浙江這邊大把有雄厚資本實力的船工船匠，南居仁便放出限量造船許可，通過競標來獲取。
通過這一係列政策措施南居仁短時間內就籌集到大量資金投入到下一步的建設生產中。
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