八月十七日，魯王朱壽鋐封忻城伯趙之龍為“天下兵馬大元帥”，於揚州誓師北伐。
起事前，江南士紳集團就已經暗中控製了許多衛所軍隊，然後又以錦衣衛假傳軍令脅迫或者以通過殺害將領奪取兵權等方式掌控了更多軍隊。
不久，揚州府就已經聚集了邳州衛、淮安衛、大河衛、高郵衛、儀真衛、揚州衛及部分暗地招募訓練的私兵，共計六萬人。
趙之龍也不傻，他明白起兵造反沒那麼容易成功，所以也不著急北上，而是首先在揚州府改編重組軍隊，在軍中大量安插自己人，清除不穩定因素，掌控整支隊伍。
朱壽鋐任命柳祚昌為“左將軍”統率滁州衛、英武衛、飛熊衛、江淮衛、建陽衛、沈陽右衛共計四萬人駐守滁州，防備鳳陽府一帶的登萊軍。
任命張拱日為“右將軍”統帥南直隸的蘇州衛、鎮海衛、太倉衛、金山衛及浙江的海寧衛、杭州前衛、杭州右衛、紹興衛、臨山衛、寧波衛共計四萬人，向浙江、福建等地進軍。
張拱日率部南下，到達寧波府，本想乘船渡海攻打舟山島，但是他發現整個浙江沿海居然連一條稍微大一點的船隻都找不到了。
之前為了組建東海水師，就已經把浙江、福建、南直隸沿海幾乎所有戰船都抽調一空，現在江南叛軍能找到的也就剩下一些小漁船以及內河船隻，但內河船隻大多不適合航海。
張拱日無奈，隻能繼續南下，台州衛、處州衛、溫州衛都歸附。當張拱日繼續去尋找其他衛所和水師時才發現早已人去營空。
浙江沿海的觀海衛、昌國衛、海門衛、鬆門衛、盤石衛、金鄉衛大多是沿海的水師部隊，前麵南居仁整頓衛所時實際上已經把這幾個衛所掏空，還能用的精壯人員全都調到舟山島編入東海水師，老弱病殘就發了點銀子遣散歸家，所以這些衛所雖然編製還在，但已名存實亡。
張拱日率部準備南下進入福建，在分水關一帶遭到福建官兵頑強阻擊，無奈隻能放棄進入福建的想法。
福建都司指揮使王瑞栴和總兵官熊文燦收到朱由校的密信後就開始暗中準備，一收到朱壽鋐起事的消息便馬上調集兵力屯駐福寧府、福寧州一線。熊文燦也立刻給鄭芝龍去信，讓他率南海水師回援。
八月十八日，在北京的朱由校也收到了錦衣衛傳回的緊急報告。
“唉——終究還是來了，江南這幫人真的是作死。”在軍機處，朱由校仰天長歎。
郭允厚來到朱由校身邊，低聲道“陛下，府庫中的存糧已逐漸減少，現在江南反叛，漕運必然斷絕，當早做打算。”
聞言，朱由校看向徐光啟，問道“徐愛卿，現在新作物推廣如何了？”
徐光啟道
“稟陛下，去年開始改良推廣的主要有三種新作物。
第一是土豆，今年七月山東、北直隸的皇莊已經收獲了第一批，但是數量較少，隻能作為種苗分發到農戶手中，年底第二批就能成熟，但保守估計也隻能勉強補充當地百姓的吃食和育苗之用，真正收成還得看後續；
第二是玉米，去年就已完成了品種選育，今年山東和北直隸均有大麵積的種植，本月底就可以收獲，由於已無須再大量向農戶派發種苗，所以今年皇莊應該可以收獲到一定量的糧食來充實國庫；
今年三月，河南的動亂平定後朝廷就向回歸的農戶分發了玉米種苗，並遣人指導耕作種植，預計十月左右就能成熟收獲，可以為朝廷賑濟河南減輕負擔；
第三是甘薯，經過調研才發現，原來在兩廣和福建一帶已有大量百姓種植，早已完成了種苗的選育且收獲樂觀，所以農政局在南方購買了大量種苗，直接在南直隸一帶大麵積種植，去年就已經獲得了豐收，記錄最高畝產達到驚人的兩千六百斤，由於播種時間不同，今年八月至十一月每個月皆有收成，樂觀預計今年甘薯的產量將大大上升，朝廷也可以獲得大量糧食入庫。”
“哈哈哈……好好好！眾愛卿加把勁，相信不出幾年，我們就可以解決饑荒，安定天下，振興大明！”朱由校非常開心。
袁可立道“陛下，江南反賊勢大，也當早做準備，保護我鳳陽府的糧食產區。”
朱由校點點頭“召集軍機處群臣，開會！”
……
八月十九日，朱由校下旨公告天下，宣布江南諸軍叛國，魯王朱壽鋐為叛軍賊首。封曹文詔為‘江浙總督’加‘平南大將軍’，全權督辦平叛事宜。
曹文詔在鳳陽府召集了徐州左衛、武平衛、宿州衛、潁川衛、壽州衛、長淮衛、泗州衛，經過簡單的整頓改組，設立為“鳳陽軍臨時指揮使司”，任命馮舉為鳳陽軍臨時指揮使，曹鼎蛟為臨時指揮同知。
九月一日，曹文詔誓師南討叛逆。當天，馮舉、曹鼎蛟率鳳陽軍直撲滁州。曹文詔親率登萊軍一師、六安衛、廬州衛及巢湖水師水陸並進向和州進軍。盧象升派遣虎大威率天雄軍一師、楊廷麟率天雄軍二師出歸德府，沿大運河向淮安府攻擊前進。
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九月三日，馮舉率部到達滁州清流關，柳祚昌派了一衛兵力在此，馮舉派人每天到關外勸降叫陣，守將充耳不聞，堅守不出。馮舉也不著急，每天依舊。
同一日，曹文詔一路大張旗鼓，四處宣揚，大大方方把皇帝聖旨和平南大將軍印信展示出來，招搖過市，又嚴格約束士卒，對沿途百姓秋毫無犯。於是一路毫無阻攔，很快就收複了防備空虛的和州城，然後沿江繼續進軍江浦縣。
駐守江浦縣的江淮衛聽聞朝廷平南大將軍率軍親至，士兵鬥誌全無，任憑指揮使催促驅趕，說做什麼也不願意再上陣廝殺。指揮使無奈，隻能派人通知滁州的柳祚昌。
柳祚昌聞訊，生怕曹文詔和馮舉一南一北把自己給吃掉，慌忙帶著滁州守軍撤往揚州。駐守清流關的沈陽右衛和江浦縣的江淮衛聞訊，主動向朝廷大軍投降。
曹文詔和馮舉會於江浦縣，與南京城隔江相望。
曹文詔看著長江對岸若隱若現的南京城，輕鬆地對屬下笑道“這江南的反動勢力看來也不過就是一群紙老虎。”
馮舉道“督師，咱們何不渡過長江，消滅叛軍，一舉平定叛亂？”
曹文詔搖搖頭，道“陛下說了，讓他們先蹦躂一會兒，讓更多牛鬼蛇神露出頭才能一網打儘，一勞永逸。”
天雄軍一師、二師沿大運河一路攻擊前進，也是沒有遇到任何一點阻礙，順利渡過淮河，收複淮安府，南驅高郵州，最後在揚州府北郊安營紮寨。
趙之龍率軍駐紮在揚州府江都縣周邊，也不敢輕舉妄動。柳祚昌帶著部下逃到六合縣堅守不出，登萊軍也未曾追擊。
至此，叛軍大致控製了南直隸的江南、浙江、江西北部、湖廣一帶，據長江天險而守，與朝廷隔江對峙。
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