由於之前內閣輔臣楊景辰、刑部右侍郎蘇茂相和禮部左侍郎蔡毅中等病逝還未任命新官員，以及江南亂黨案的影響，導致朝廷中樞出現多個空缺，於是朱由校就順手調整朝廷中樞職位架構
勒令內閣輔臣來宗道、右都禦史解學龍、刑部尚書薛貞、刑部左侍郎喬允升、吏部左侍郎周應秋致仕歸鄉；
遷北直隸巡撫錢龍錫為刑部尚書，入閣參預機務；
遷兵部右侍郎黃道周為禮部左侍郎；
遷太仆寺少卿侯恂為吏部左侍郎；
遷戶部右侍郎畢懋良為刑部左侍郎；
任命左副都禦史王紹徽巡撫北直隸；
任命閻鳴泰為兵部右侍郎；
破格提拔王潤珠為戶部右侍郎，他是成化年間著名數學家王文素的後人，還是戊辰年算科進士第二名，與華三省同為滿分高中；
破格提拔宋惠牧為刑部右侍郎，他是宋代著名官員宋慈的後代，原本是安慶知府安上達屬下推官，被叛軍囚禁，為錦衣衛所救。
朝中大量大小官員職位變動，一批受到江南亂黨案影響的官員也隨之落馬，朝廷中江南士紳和文官集團勢力受到巨大限製。
朱由校也開始醞釀財稅製度和工部架構的改革，但這必將是一個艱難且漫長的過程，不可能一步到位。
朱由校把在山東和北直隸已經施行落實到基層的“攤丁入畝”製度全麵推開，並首先在南直隸和浙江施行“官紳一體當差納糧”及“火耗歸公”製度。
考慮到明代官員俸祿太低，官員生活困窘，很容易造成貪汙腐敗的現象。朱由校直接廢除太祖朱元璋祖製中對官員俸祿的規定，製定施行新的俸祿製度，大幅度提高官員待遇。
基本俸祿上，全麵提高各等級官員的月俸，一至三品官提高一倍，四至六品官提高二倍，七至九品官提高三倍；
各等級官員在職時可在皇莊中獲得職田，可以自耕或出租，致仕時收回；
仿照後世的退休養老製度創立針對官員和官府當差人員的“養老金”；
在張居正製定的“考成法”的基礎上，建立“績效法”給予補充完善。如果朝廷官員未能完成皇帝下達的任務、達成目標，會受到訓斥、罰俸、貶謫甚至下獄的懲罰，反之，能正常完成甚至超額完成的則有相應的榮譽、津貼、升遷等作為獎勵。
前期為了安撫流民，朝廷主要實行了幾大舉措
第一是招募流民中的精壯人員組建新軍補充兵源；
第二是積極興修水利、大規模建設基礎設施，招募流民作為工匠勞力，以工代賑；
第三是遷移流民墾荒屯田。從天啟九年七月開始，朝廷就組織船隻每個月定時定量向台灣運送流民。己巳戰役後為了建設、鞏固遼南，又從山東和北直隸遷移了一大批流民；
第四是平定河南農民起義後，朝廷重新掌控了河南地方，就使河南籍流民返回故土。而許多地方因為戰火等原因造成十室九空，土地變成無主之地，收回朝廷所有，朝廷就遷移了一些陝西流落過來的流民使他們安居在這些土地上；
但這些遠遠不夠，多年的天災饑荒，使得整個陝西土地荒蕪，人民流散，以上措施雖然可以緩解流民問題，但在平定江南叛亂的過程中，又催生了更多因戰亂破產逃亡的流民。
於是，在抄獲江南巨額財富之後，朱由校決定將“以工代賑”擴大化，下詔征募百萬勞力進行幾項龐大的工程
第一是展開大運河工程，對京杭運河主河道挖掘清淤，疏浚修複部分年久廢棄的輔助河道；
第二是展開兩京高速工程，修築一條從北京直達南京的寬闊水泥路，並在沿途各州府之間的官道上也進行拓寬，鋪上水泥；
第三是展開開海工程，拿出工部前期的規劃圖，從北京到南直隸沿海修建數十個大小港口碼頭，大力支持海上貿易的發展。
以上工程的開展不僅能安撫流民、穩定人心、恢複生產、重建秩序，而且還能迅速把從江南士紳那裡獲取的巨額財富花銷掉，使大量白銀重新流通到民間，農民生活開始好轉，百姓對朝廷的信心和支持得以逆轉。
江南亂黨案後，王永光主政南京，朝廷強力掌控江南，“海禁”全麵廢除，海貿發展的障礙被掃除。
王永光借鑒完善了南居仁在浙江實施的海關稅收和頒發造船許可的辦法，快速在南直隸建立起海關，收取海稅。南方沿海各省海關在舊有市舶司的基礎上也很快就建立起來。
海貿巨額利潤的吸引，朝廷政策的支持，國內生產生活的困窘，對未知世界的好奇，對發家致富的向往，不斷驅使著沿海的人奔向海洋，讓大明百姓對出海趨之若鶩。東南沿海的海上貿易、修造船業、養殖漁業等等猶如雨後春筍，突然間就爆發出極強的活力，蓬勃發展。
舟山島船務工程的開展本就是為了建立東海水師，然後附帶的才是激起民間造船業。叛亂的發生使得工程中斷，東海水師這兩年多來也隻能憋屈地使用那些從各處水寨征調募集來的破舊船隻，空有水師的名頭，卻沒有水師的規模和威勢。
叛亂平定，朝廷支持，資金充盈，人力豐足，技術雄厚，市場前景廣闊，還靠近原料產地。
天時地利人和集於一身，舟山島船務工程全麵複蘇，並且規模較原規劃還要翻上一番！
王永光在南京頒發出了數以百計的造船許可，官營、民營造船廠遍地開花，船家、商人紛至遝來，造船訂單激增。以至於到後麵舟山島的官營造船廠為了完成東海水師戰船的建造，就隻承接大型海船的建造訂單，將小型船隻和內河船隻的訂單全部推到民間，間接地推動民間造船業發展。
而華夏勞動人民的智慧是無窮無儘的，在無數訂單的支持下，有了無數次試驗試錯改進的機會，設計水平極速提高，船匠們的製造技藝不斷進步，打造出的船隻也越來越先進。
僅在江南叛亂平定的兩年後，也就是天啟十二年九月，南直隸常州府一家民營造船廠就設計打造出了一種後世兩百多年後才出現的船型——飛剪船。
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