這幾年大明北方天災頻發，山西也不可幸免，大量沒有能力抵禦天災的農民破產，被迫淪為佃農，變成地主商人的附屬，任由剝削。
山西大量優質土地被實力雄厚的地主收購持有，商業活動也被本地少數大商人所壟斷。旱災導致糧食減產，商人士紳又囤積居奇、哄抬物價，平民百姓的生活愈加艱難。
在朱由校掀起晉商案之前，山西的社會狀況與大明北方大多數地方的情況差不多，都非常糟糕，幾任當權者也無力施行大規模的改革來改變局勢。
黃立極之前的幾任山西巡撫也是依附魏忠賢的閹黨，手下地方官員自然多為閹黨。這些人花了大價錢從閹黨手上買官上位，自然是要把錢賺回來，但他們不敢從地主士紳身上搜刮，那自然隻能盤剝百姓。
一年又一年，一任接一任，山西百姓更是民不聊生，水深火熱。農民百姓過不下去，在地主、商人和官府底下連苟且偷生都做不到了，走投無路之下隻能鋌而走險，偷盜搶劫，占山為王。
隨後陝北爆發了大規模的農民起義，山西當地的百姓也群起響應，迅速形成了多支義軍隊伍。
山西多山，地形奇峻險要，起義軍躲到山中與前來圍剿的官兵周旋，官府一時之間也無法將他們徹底鎮壓剿滅，逐漸形成了晉西北和晉東南兩片主要的義軍活躍地域。
黃立極上任後才剛開始著手整治山西官場，晉商案就爆發了，使得黃立極手上掌握了巨量的資源，有了進行大規模社會變革的資本。
但黃立極的各項改革舉措還未完全落實到位，沒等到利民效果呈現出來的時候，就等到了王自用、王嘉胤招惹延綏鎮邊軍，被迫東渡黃河逃入山西，與晉西北義軍合流。山西的衛所官兵戰力孱弱、屢戰屢敗，高迎祥等部又進犯晉西南，官軍首尾不能相顧，黃立極也無能為力。
等到朝廷派遣大軍入晉鎮剿，在曹文詔、孫傳庭、周遇吉的配合下，在臨縣一戰大敗義軍，將盤踞在晉西北的義軍驅逐到了晉南。
隨後陝西義軍與山西義軍聯合發動了潞安之戰，企圖憑借優勢兵力將晉南的官府勢力一舉消滅，將晉南打造成根據地。可是遭到官軍迎頭痛擊，被打得一敗塗地，陝西義軍渡過黃河逃入河南，山西義軍隻能躲藏在晉東南的太行山脈中苟延殘喘。
得益於晉商案的巨大影響以及各路義軍在晉東南、晉西南、晉西北的秋風掃落葉，山西地方上的大量頑固勢力被鏟除。義軍被驅逐後，朝廷的影響力成功深入到山西各處，盤踞在晉中一帶的士紳地主獨木難支，不得不向以黃立極為首的代表朝廷的官府屈服，並尋求合作。
由於山西北部是邊關，時常受到蒙元威脅，所以晉北的幾個衛所與大明內地的衛所相比起來還是頗具戰力的。後來宣大軍李邦華為了組建專業火器部隊，用七千有實戰經驗的老兵換走了山西的幾乎所有火器。
晉北的鎮西衛、振武衛及太原三衛和宣大軍的七千老兵就成為了晉綏軍組建的基本盤。
孫傳庭從陝西韓城縣回來後，開始著手準備剿滅山西的各路義軍。
隨著時間的推移，黃立極在山西的各項改革措施逐漸顯示出卓越的成效。他倡導廉潔、公正和透明的治理方式，嚴厲打擊貪汙腐敗行為，建立起嚴格的監督機製，使得整個官場風氣發生了顯著的轉變。
百姓們的生活迅速好轉，感受到官府的變化，對未來有了希望，也就不再像之前那樣熱衷於上山造反當賊，而是積極投身到正常的生產和生活中去。
於是，孫傳庭決定剿撫並重，一方麵派軍封鎖太行山各處險要，切斷山中義軍的補給來源，另一方麵到處張貼告示，將官府政策廣而告之，並挑選當地百姓上山勸誘親人回家。
這一招著實還是有點效果的，許多義軍小卒聽聞風聲後紛紛下山逃回家，一見果真如此便留在家中不再上山。有些下山的跑到官府或者軍營告知山上情況，官府也直接赦免他們的罪名，遣返歸家。
消息在山中傳開，各路義軍內部出現了巨大的動搖。
有些小支義軍每天都有人跑掉，很快就原地自行解散了。有些義軍發生內訌，通天柱、掌世王兩人就因為內鬥被手下所殺，手下拿著他們的人頭直接下山到官府拿了懸賞就回家。
雖然這種方式耗時漫長，但不需要耗費士兵的血汗生命去攀山攻堅，孫傳庭也非常樂見其成的。
不過有時候老天爺也會給人開點玩笑。
山西官府接納了大量從陝西逃難過來的流民，而山西的義軍中還有不少陝西籍的義兵，一些流民就會偷摸上山尋親，投奔義軍。然而，這時候的陝西爆發了瘟疫，隨著流民傳播到山西，又隨之傳播到山中的義軍身上。
在山下，官府早早收到了皇帝的聖旨和朝廷的指示，齊心協力組織抗疫，病人有大夫郎中診斷、有藥物治療，進行隔離阻斷，道路有官兵封鎖，很快就把疫區控製在山西南部，沒有大規模傳播到山西其他地方。
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而山中的義軍天天生活在一起、擠在一起，細菌病毒滋生，各種交叉感染，天氣一轉暖，疫病立刻就集中爆發開來。在山上缺乏治療，缺乏藥物，而鼠疫一旦感染，發病極快，死亡率極高。
一時間許多發病之人紛紛逃離義軍隊伍，跑下山尋求醫治，但很多都沒撐住發病死在了半道上，那一段時間，平順縣和壺關縣一帶的山道上時不時就可以看到紫黑發臭的屍體。
而那些成功活著下了山的人則是被送到隔離營寨進行隔離治療。接著越來越多義軍走出太行山向官軍投降，並乞求得到治療，無一例外全都被送去隔離。
眼見山中瘟疫肆虐如此嚴重，孫傳庭也不敢讓屬下官兵進山圍剿，便全都停在山下等著義軍出來投降。直到一個月後再也沒見到有人從山中出來，便找來之前投降的義兵帶路，帶著鋤頭、鐵鍬和石灰上山，將死在山路上的屍體挖坑灑上石灰然後掩埋。
最後在引導下找到義軍營寨，卻發現外麵靜悄悄一片，沒有一個人影，攀上牆頭打開寨門才發現裡麵的人早已病發死去，整座寨子臭氣熏天，蠅蟲彌漫。
無奈之下，官兵隻能一把火把寨子連同腐爛發臭的屍體一燃燒掉。
後麵再找到了其他幾個山寨，有些已人去寨空，有些已經自行放火焚毀，有些也如前麵的寨子一樣全部死於瘟疫之手。
終於，山西義軍或降、或逃、或死於瘟疫，全都自行潰散，至此山西民亂基本平定。
於是，孫傳庭率晉綏軍進入陝西。
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