軍事
擊敗貴霜
永元二年（公元90年），貴霜帝國君主卡德菲茲二世（《後漢書》稱為“閻膏珍”[]）發兵攻打西域，但被班超阻遏。貴霜久攻不下，便向龜茲借軍糧，卻被埋伏在路上的漢軍截殺，貴霜方麵隻得求和，並時常向東漢納貢。
討滅匈奴
永元四年（公元92年）東漢連番重創北匈奴後，北匈奴西遷，漠北地空。其中有部分北匈奴退居伊吾附近，其首領於除鞬自立為新一任北匈奴單於，到蒲類海請求歸降東漢。於是，東漢在伊吾地區設立“護匈奴中郎將”，領護北匈奴[]，於是南北匈奴一並歸東漢都護，東漢自此“並恩兩護”[]。此後，南北匈奴時有叛亂，但均被討平。
永元五年（公元93年），北匈奴於除鞬單於叛亂，劉肇派遣“護匈奴中郎將”任尚將其討滅[]。同年，南匈奴單於安國叛亂，被骨都侯喜斬殺[]。永元六年（公元94年），新降的北匈奴部眾對南匈奴單於師子不服，於是十五部二十多萬人皆反叛，擁立逢侯為單於，殺略吏人，焚毀廬帳，將車重向北方，欲渡漠北。九月，劉肇以光祿勳鄧鴻為主將，統帥越騎校尉馮柱、行度遼將軍朱徽、護匈奴中郎將杜崇征討匈奴叛軍，十一月，任尚率鮮卑大都護蘇拔廆、烏桓大人勿柯八千騎兵，攔截逢侯軍隊於滿夷穀，大破之；馮柱遣兵追擊，再度擊破，前後共斬首一萬七千餘級，逢侯單於便率眾出塞[]。永元八年（公元96年）五月，逢侯單於的左部投降漢朝，南匈奴單於師子認為其中的右溫禺犢王烏居戰曾與安國同謀，想要拷問他，於是烏居戰便再度叛亂寇邊，七月，劉肇派度遼將軍龐奮、越騎校尉馮柱追討叛軍，斬殺烏居戰。
征服西域
永元三年（公元91年）劉肇西巡期間，班超製服了西域的龜茲、姑墨、溫宿等國。十二月，劉肇任命班超為西域都護，同時冊封隨行的龜茲國侍子白霸為王，派司馬姚光護送他回到龜茲國繼承王位。司馬姚光到達後，與班超聯手廢黜了龜茲老王尤利多，擁立白霸為新一任國王，並將尤利多押送至京師洛陽。班超駐守龜茲它乾城，西域隻剩焉耆國、危須國、尉犁國懷有二心，其餘皆定[]。永元六年（公元94年）七月，班超大破焉耆國、尉犁國、危須國、山國，並斬殺了焉耆、尉犁兩國的國王，為四國皆冊立新王[]。從此西域降服，向東漢送納人質的有五十餘國[]。
永元八年（公元96年）五月，車師後王叛亂。永元九年（公元97年）三月，西域長史王林擊破車師後王並殺之。[]
平定羌亂
東漢自光武帝建武年間以來，西羌叛亂的常從燒當羌開始。[
永元五年（公元93年），護羌校尉貫友派兵出塞攻打燒當羌王迷唐於大小榆穀，斬首八百餘級，迫使其遁逃[]。於是貫友便沿著逢留之河築造堡壘，製造大船，建立河橋，欲追擊迷唐，迷唐便率部落遠遷至賜支河[]。
永元九年（公元97年）八月，迷唐率眾八千侵犯隴西，繼而號召境內各羌造反，彙合諸羌三萬兵力，殺長史。劉肇派征西將軍劉尚、越騎校尉趙世等率兵3萬征討，最終將其攻破[]。次年（公元98年），在耿譚的招撫下，迷唐率領燒當羌投降，到洛陽納貢[]。
迷唐歸降後，劉肇讓迷唐率領燒當羌回到大小榆穀居住，迷唐卻說漢軍在大小榆穀建造了河橋，兵來無常，不可複居，且族人已不滿兩千，饑餓難立，便入居金城郡，不肯遠出。護羌校尉吳祉等便賞賜給迷唐很多金帛，讓他買足糧食與牲畜後率族人出塞，而燒當羌卻懷疑朝廷又有陰謀。永元十二年（公元100年），迷唐再度反叛，號召湟中諸胡抄掠而去，回到賜支河，將兵向塞。次年（公元101年）八月，護羌校尉周鮪與金城太守侯霸率兵出塞，在允川討伐迷唐，大破其部[]。自此燒當羌徹底瓦解，歸降者六千餘口，分彆遷徙到漢陽、安定、隴西。[]
進軍青海湖
永元十四年（公元102年）春，燒何羌造反，被安定郡兵擊滅，於是西海（青海湖）與大小榆穀之地不再有羌患。隃麋相曹鳳上奏說，大小榆穀土地肥美，有西海魚鹽之利，應當在此重新設立西海郡縣，劃定區域廣開屯田，隔絕羌胡交關之路，種植穀物開發邊境。劉肇采納了他的建議，修繕故西海郡，派金城郡西部都尉駐守西海郡，同時以曹鳳接任金城郡西部都尉，駐兵龍耆城。於是東漢在青海湖一帶廣增屯田，沿河駐紮的兵營共三十四部。直到漢安帝永初年間諸羌造反，才被裁撤。[]
擊破鮮卑、高句麗
永元十三年（公元101年）十一月，鮮卑進攻右北平郡，進入漁陽，被漁陽太守擊破。[]
永興元年（公元105年），高句麗太祖王高宮入遼東寇略，被遼東太守耿夔擊破，其統帥亦被殺。[]
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