穿越到彌彥時期的曉組織，白夜原本想要趁早跑路，避免成為佩恩誕生的犧牲品，但卻意外獲得和曉組織綁定的係統，隻要讓曉組織發展壯大，就可以獲得係統獎勵。為了避免曉組織被團滅，白夜隻好開始引導曉組織發展，讓曉組織走上一條截然不同的道路。當半藏和團藏聯手絞殺曉組織的時候，驚訝發現曉組織原來真的有推翻雨隱村的實力。許多年後，五大國猛然發現，曉組織已經在悄然無息間顛覆了整個忍界，成為了忍界的無冕之王。這一切都.

被宇智波少女從戰場上撿出來後，日向空來到了這個熟悉又陌生的世界，獲得大筒木桃式的複製眼，可以好好了解這個世界。當四代火影再思考著如何對付九尾，曉組織的佩恩還在思考捕捉尾獸計劃的時候。日向空已經掀起了改變忍界的颶風，在不知不覺天下無敵。