故事將以各個時代的指揮官作為主角，將紅色警戒2、紅警之尤裡複仇和心靈終結者三個遊戲故事有機地連貫在一起，同時涵蓋一些紅警1和紅警3的內容。故事始於紅警世界。隨著尤裡通過時間機器不斷穿插每個時代而導致的每個時代的變化，直到心靈終結戰爭的結束，僅存的焚風和厄普西隆軍團繼續對抗後的中後期，引發了生化危機和機械危機；以及在這之前盟軍和蘇軍各個勢力相互勾心鬥角，為了利益和地緣政治的考慮展開了複雜的博弈。總的