關於時間線的梳理，方晨給出了從08、以及維羅妮卡、啟示錄等等的全部時間線，大致的劇情也全部寫了出來，剩下的細節和一些劇情上的瑕疵和bug，則是交給新招來的劇情策劃來補全。
黃島列車案發生後，浣熊市的精英部隊stars的b隊前來調查事故現場，然後便是經典的直升機故障，一行人被迫在森林中迫降，展開調查。
在已經充斥著僵屍的列車上，0代女主瑞貝卡遇到了男主比利，兩人從一開始的相互警惕，到後來的聯手合作，為了避免無人駕駛的列車出軌撞毀的結局，兩人現學如何緊急刹車，最終列車有驚無險的衝進了乾部培養所的正下方，兩人也因此順理成章的進入探索。
而此時，保護傘公司的威斯克和威廉也在監視著二人的一舉一動。水蛭女王馬庫斯闖進了監控中，質問著兩人是否曾經參與過對他的謀殺，心神大亂的兩人分道揚鑣。
至此，威廉與威斯克二人分道揚鑣，威廉決定去啟動設施的自毀裝置，而威斯克決定再次回到自己一直潛伏的stars小隊的a隊，利用小隊來取得生物武器的實戰數據，也從此引出了1代的劇情。
在培養所中，二人攜手解密，同時比利再次救了瑞貝卡一命，這讓瑞貝卡覺得比利絕不是檔案裡說的那種殺人魔。在瑞貝卡的一再逼問下，比利說起了往事。
原來，在一次任務中，他所在的小隊被派到很遠的地點去消滅那裡的遊擊隊，光是趕路就已經讓隊員們死傷慘重，到達目的地後，他們小隊僅剩下四人。但更致命的是，情報是錯誤的，這裡沒有遊擊隊，隻有無辜的平民。
隊長接受不了這樣的錯誤，下令射殺無辜的平民，而意圖阻止的比利被打暈了過去。回國後，隊長聯合其他兩位同樣參與屠殺的戰士，將這件事嫁禍給了比利。
這裡也同樣給五代的劇情埋下了伏筆。
抒情結束，二人繼續探索培養所，一隻狒狒再次跳了出來，襲擊了比利。而瑞貝卡僅僅是個醫療兵，沒能救下比利，比利與狒狒一同跌入了水流之中。
瑞貝卡繼續前行，希望可以找到比利的行蹤。在路上，她也同樣遇到了自己的隊長，但她對比利也有些好感，因此拒絕了隊長的邀請，繼續在培養所裡尋找比利。
告彆了隊長後，瑞貝卡還遇到了長相恐怖的怪物——暴君試作型。作為實驗失敗的產物，它並不像後來的暴君一般強大，瑞貝卡一人稍微來了個秦王繞柱，便戰勝了它。
功夫不負有心人，瑞貝卡終於找到了被水流衝上岸的比利。但劇情還沒有結束，二人在升降機旁，遇到了馬庫斯。馬庫斯向二人表示自己的悲慘遭遇和宏大理念，但卻越說越激動，直接被水蛭女王操控了身體，發生了巨變。
二人合力暫時戰勝了人形態的水蛭女王，而在即將逃出生天之際，水蛭女王再次追了上來。變成第二形態的它更加凶狠耐揍，幸好天窗上露出的一道亮光，讓二人意識到水蛭女王畏光，合力打開天窗後，終於成功壓製了水蛭女王。
麵對虛弱的水蛭女王，比利接過了瑞貝卡扔過來的麥林，一發開花彈打的水蛭女王血肉橫飛。
與此同時，威廉啟動了設施的自毀裝置，二人趕緊離開了這片區域。
二人互換禮物，瑞貝卡向更深處的洋館進發。
生化危機0的主線劇情到此結束，但方晨的第一代生化危機劇情還有一半沒有講。
在生化危機1中，作為生化危機的傳奇建築——洋館，正式露麵。
a隊來到阿克雷山區後，見到了b隊迫降的直升機和慘死的駕駛員，當眾人還在疑惑這裡發生了什麼的時候，喪屍犬衝了出來，給隊伍造成了減員。
除了逃跑的駕駛員外，其餘隊員在威斯克的帶領下進入了洋館。在這裡，他們見到了許多慘死的、中毒的b隊隊員，當然，還有醫療兵瑞貝卡。
在對洋館的探索中，隊員克裡斯發現了一個隱藏在洋館之下的悲慘故事。
斯賓塞為了研究病毒並隱藏地下的阿克雷研究所，聘請了著名的設計師喬治來設計洋館。作為除了斯賓塞之外唯一一個了解洋館的人，喬治自然難逃一死。
喬治一家被斯賓塞假意邀請前來度假，卻將其妻子女兒控製了起來，並注射了始祖病毒的變異株。妻子沒能挺過來，喬治在尋找出路的過程中，發現洋館的機關被改動過，也是死在了自己設計的洋館中。
唯一活著的女兒，變成了怪物。出於對母親的思念，女兒瘋狂的襲擊女研究員，並將她們的臉皮撕下來貼在自己的身上，也正因為身上貼著無數的臉皮，普通的武器對女兒造成不了傷害，隻好想辦法繞過去。
接著探索洋館，克裡斯見到了自己的隊長威斯克，和b隊瀕死的隊長恩裡克。恩裡克臨死前告訴他，隊伍裡有一個叛徒，但還沒來得及說出名字，就咽氣了。克裡斯隻好繼續執行威斯克的命令。
在探索洋館的途中，他再次遇到了設計師女兒，但這一次，克裡斯經過解密，打開了棺材，裡邊正是其母親的屍體。女兒認出了母親，無暇顧及旁邊的克裡斯，嗚咽著抱著媽媽的頭骨，跳下了懸崖。
接著探索，克裡斯成功進入了地下研究所，在這裡也同樣為後麵幾代的女主艾達王埋下了伏筆。在解密過程中，會發現實驗室主任被艾達王深深的吸引了，將實驗室終端的密碼改成了自己和艾達的名字。
解密完成後，克裡斯赫然發現，威斯克竟然也在保護傘生物武器研究人員的合影之中。
在繼續前行的路上，克裡斯與0代女主瑞貝卡彙合。二人與威斯克對峙，而威斯克也不打算再做隱瞞，他見保護傘公司大廈將傾，決定取得bow的作戰數據作為見麵禮，轉投敵對公司。
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